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Considerando che vi sono [[organismo|oganismi]] che presentano delle variazioni nella sequenza del codone d'inizio, la ricerca di una ORF può essere differente, sfruttando ad esempio degli [[algoritmo|algoritmi]] basati costruiti su tutti i codici genetici esistenti (inclusi quelli alterati) e su tutte le possibili modalità di lettura.
 
E'È risaputo che, l'esistenza di una ORF, particolarmente se lunga, è una buona indicazione della presenza di un gene nella sequenza posta nelle immediate vicinanze. In tal caso, la ORF stessa fa parte della sequenza che verrà tradotta dai [[ribosoma|ribosomi]], comprendendo in tutta la sua lunghezza anche le parti che verranno eliminate prima della [[sintesi proteica]], vale a dire gli [[introne|introni]].
 
===La ricerca delle ORF negli procarioti e negli eucarioti===