Saul Perlmutter è uno dei tre figli di Daniel D. Perlmutter, di famiglia [[Aschenaziti|aschenazita]], professore emerito di chimica all'[[Università di Pennsylvania]], e di Felice (Feige) D. Perlmutter (nata Davidson), professoressa emerita alla[[Temple University]]’s's School of Social Administration.<ref>{{cite web|url=http://www.cbe.seas.upenn.edu/about-people/faculty/profile-perlmutter.php|title=CBE Faculty – Daniel D. Perlmutter|work=upenn.edu}}</ref><ref>{{cite web|url=http://bulletin.brynmawr.edu/archways/gsswsr-august-2011/|title=Graduate School of Social Work and Social Research – Bryn Mawr Alumnae Bulletin|work=brynmawr.edu}}</ref> in una famiglia [[Aschenaziti|aschenazita]]. Suo nonno materno, Samuel Davidson (1903–1989), ha emigrato in [[Canada]] (e in seguito con sua moglie Chaika Newman a [[New York City|New York]]) dalla [[Bessarabia]] nel 1919.<ref>{{cite web|url=http://articles.philly.com/1989-12-05/news/26157213_1_yiddish-culture-yiddish-language-jewish-cultural-organization|title=Samuel Davidson; Led Yiddish Culture Revival|work=philly-archives}}</ref>