Negli ultimi anni di vita, isolato dall'ambiente intellettuale ma non dai suoi discepoli più stretti, soffrì di gravi problemi fisici e [[disturbo depressivo|depressivi]] (aggravatiacuiti dalla morte della sorella Olimpia, che viveva a casa sua, nel [[1907]]), che lo condussero a un primo tentativo di suicidio a [[Padova]] nel [[1918]] (dopo aver appreso della [[disfatta di Caporetto]] e della morte di molti giovani italiani), fallito perché la ferita non era grave<ref name=allegri/>, ma che si sarebbe ripetuto il 27 agosto 1920<ref>[http://www.treccani.it/enciclopedia/roberto-ardigo_%28Il_Contributo_italiano_alla_storia_del_Pensiero:_Filosofia%29/ ''Ardigò, Roberto - Il Contributo italiano alla storia del Pensiero – Filosofia (2012) di Alessandro Savorelli''], Treccani</ref>, questa volta riuscendo: Ardigò morì infatti [[suicidio|suicida]] all'età di 92 anni nella sua casa mantovana, abitazione che era stata di [[Ippolito Nievo]], a causa della ferita che si era autoinflitto colpendosi con un [[rasoio]] (o una [[roncola (attrezzo)|roncola]]) arrugginito alla gola.<ref name=ard/> Le testimonianze dell'epoca riferiscono che venne trovato seduto alla scrivania, con la barba bianca del tutto sporca di sangue (barba che gli fu tagliata dai soccorritori ed è tuttora conservata come cimelio nella sala blindata della Biblioteca di Mantova<ref name=ard/>); soccorso dai medici, perse comunque conoscenza dopo aver ribadito le sue intenzioni, e morì due settimane dopo, il 15 settembre.<ref name=allegri>[http://www.liceoaselli.it/Allegri/Il%20realismo%20positivo%20di%20Roberto%20Ardig_.pdf Marco Paolo Allegri, ''Il realismo positivo di Roberto Ardigò. L'apogeo teoretico del positivismo''] {{webarchive|url=https://web.archive.org/web/20141210033115/http://www.liceoaselli.it/Allegri/Il%20realismo%20positivo%20di%20Roberto%20Ardig_.pdf |data=10 dicembre 2014 }}, pagg. 1-14</ref><ref name=ard>[http://lnx.societapalazzoducalemantova.it/2010/pdf/2006/Pagina5-12-06.pdf ''Roberto Ardigò 1828-1920'']</ref>
