Next Generation Sequencing: differenze tra le versioni
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**small RNA (<30 nt)
*Epigenoma:
**ChIP-Seq (''Chromatin immunoprecipitation sequencing'': DNA o RNA a cui sono legati specifiche [[proteine]])
**Metil-Seq (studio del pattern di [[metilazione del DNA]], [[epigenetica]])
**[[Sequenziamento bisolfito dell'intero genoma]] (''Whole genome bisulfite sequencing, WGBS)''
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* End repair: I frammenti ottenuti possono avere le estremità overhangs al -5’ e al -3’ che vanno modificate in delle estremità blunt. Per fare questo si possono adottare due strategie:
*# ''DNA polimerasi I'': dal momento che è dotata di attività esonucleasica 3’-5’, i frammenti di DNA con l’estremità 5’ overhang possono essere smussati aggiungendo un dNTP al -3’ e le sporgenze al -3’ possono essere rimosse per attività esonucleasica 3' --> 5';
*# ''Mung Bean Nuclease'': i nucleotidi terminali non appaiati ad una estremità di DNA possono essere rimossi da questo singolo [[enzima]] specifico dotato di attività esonucleasica che idrolizza un legame fosfodiestere terminale, eliminando così la base “in eccesso” una alla volta.
*Selezione dei frammenti secondo le dimensioni: In questa fase è necessario separare i frammenti in base alla loro dimensione. La tecnologia Illumina permette di sequenziare fino a 500 bp per singola corsa per questo motivo sono ideali frammenti di DNA con dimensione comprese tra 350-500 bp. Per ottenere frammenti della dimensione corretta si utilizzano dei kit commerciali.
:I frammenti vengono messi in un buffer con un rapporto differente di Sample Purification Beads SPB e PEG che ne permette la separazione. I primi ad essere rimossi sono i frammenti più lunghi e poi quelli più corti che vengono lavati via. Per separare questi frammenti si utilizzano ''magnetic beads''<ref>{{Cita news|lingua=en-us|nome=Lluis|cognome=Martinez|url=https://www.sepmag.eu/blog/magnetic-dna-purification-history-recent-developments|titolo=Magnetic DNA Purification: History and recent developments|accesso=2018-03-03}}</ref>.
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