CASP: differenze tra le versioni
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== Valutazione ==
Il principale metodo di valutazione<ref>{{Cita pubblicazione|autore=Cozzetto, D.|anno=2009|titolo=Evaluation of template-based models in CASP8 with standard measures|rivista=Proteins|volume=77|numero=Suppl 9|pp=18-28|doi=10.1002/prot.22561|PMID=19731382}}</ref> è un confronto della previsione della posizione del carbonio α con quella nel dominio. Il confronto è mostrato visivamente dai grafici cumulativi delle distanze tra coppie dicarbonio αcarbonio α equivalenti nell'allineamento del modello e della struttura, come mostrato nella figura (un modello perfetto rimarrebbe a zero completamente), e viene assegnato un punteggio numerico GDT-TS (Global Distance Test - Total Score) che descrive la percentuale di residui ben modellati nel modello rispetto al dominio.<ref name="Zemla2003">{{Cita pubblicazione|autore=Zemla A|anno=2003|titolo=LGA: A method for finding 3D similarities in protein structures|rivista=Nucleic Acids Research|volume=31|numero=13|pp=3370-3374|doi=10.1093/nar/gkg571|PMID=12824330}}</ref> La modellazione libera (senza modelli o ''de novo'') viene valutata anche visivamente dai valutatori, poiché i punteggi numerici non funzionano altrettanto bene per trovare ampie somiglianze nei casi più difficili.<ref>{{Cita pubblicazione|autore=Ben-David, M.|anno=2009|titolo=Assessment of CASP8 structure predictions for template free targets|rivista=Proteins|volume=77|numero=Suppl 9|pp=50-65|doi=10.1002/prot.22591|PMID=19774550}}</ref> Le previsioni basate su modelli di alta precisione sono state valutate in CASP7 valutando se funzionavano per la sostituzione molecolare della struttura cristallina nativa<ref>{{Cita pubblicazione|autore=Read, R.J.|autore2=Chavali, G.|anno=2007|titolo=Assessment of CASP7 predictions in the high accuracy template-based modeling category|rivista= Proteins: Structure, Function, and Bioinformatics |volume=69|numero=Suppl 8|pp=27-37|doi=10.1002/prot.21662|PMID=17894351}}</ref> con successi seguiti successivamente,<ref>{{Cita pubblicazione|autore=Qian, B.|anno=2007|titolo=High-resolution structure prediction and the crystallographic phase problem|url=https://archive.org/details/sim_nature-uk_2007-11-08_450_7167/page/258|rivista=Nature|volume=450|numero=7167|pp=259-264|doi=10.1038/nature06249|PMID=17934447}}</ref> e dal modello completo (non solo carbonio αcarbonio α) qualità e corrispondenza del modello completo con l'obiettivo in CASP8.<ref>{{Cita pubblicazione|autore=Keedy, D.A.|autore2=Williams|autore3=Headd|nome2=CJ|nome3=JJ|anno=2009|titolo=The other 90% of the protein: Assessment beyond the α-carbon for CASP8 template-based and high-accuracy models|rivista=Proteins|volume=77|numero=Suppl 9|pp=29-49|doi=10.1002/prot.22551|PMID=19731372}}</ref>
La valutazione dei risultati viene effettuata nelle seguenti categorie di previsione:
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