Ha giocato principalmente tra l'Argentina, l'Australia ed in America. Con l'[[Adelaide United]] nel 2010-201112011 giocò una buona stagione, tanto da essere nominato MVP della stagione a fine anno.<ref>{{Cita web|url=http://www.dailytelegraph.com.au/sport/soccer/adelaide-uniteds-marcos-flores-named-a-league-player-of-the-year/story-e6frey4r-1226016737982|titolo=MVP Flores was in a league of his own}}</ref> Dopo una breve parentesi in Cina, all'[[Henan Jianye]]<ref>{{Cita news|nome= Val |cognome= Migliaccio |titolo= Reds star Flores to play in China |data= 27 giugno 2011 |editore= News Limited |url= http://www.adelaidenow.com.au/sport/reds-star-flores-to-play-in-china/story-e6frecj3-1226082380908 |pubblicazione= The Advertiser |accesso= 27 giugno 2011}}</ref><ref>{{Cita web|url=http://www.sportal.com.au/football-news-display/adelaide-rule-out-flores-return-183286|titolo=Adelaide rule out Flores return|urlmorto=sì|urlarchivio=https://archive.is/20121230213523/http://www.sportal.com.au/football-news-display/adelaide-rule-out-flores-return-183286|dataarchivio=30 dicembre 2012}}</ref>, torna in Australia, prima al [[Melbourne Victory]]<ref>{{Cita web|url=http://au.fourfourtwo.com/news/244722,marcos-flores-signs-for-melbourne-victory.aspx|titolo=Marcos Flores Signs For Melbourne Victory}}</ref>, poi al [[Newcastle Jets]]<ref>{{Cita web|url=http://www.footballaustralia.com.au/newcastlejets/news-display/Jets-sign-Marcos-Flores/90781|titolo=Jets sign Marcos Flores|data=9 giugno 2014|editore=[[Football Federation Australia]]}}</ref><ref>{{Cita web|url=http://theworldgame.sbs.com.au/article/2015/01/15/marcos-flores-leaves-newcastle-jets-move-overseas|titolo=Marcos Flores leaves Newcastle Jets to move overseas}}</ref> Si trasferisce quindi in Indonesia, giocando per il [[Persib Bandung]]<ref>{{Cita web|url=http://www.bola.com/tsc-2016/read/2604745/persib-kalah-laga-debut-marcos-flores-berakhir-mengecewakan|titolo=Persib Kalah, Laga Debut Marcos Flores Berakhir Mengecewakan|nome=|cognome=Bola.com}}</ref> e dal 2017 per il [[Bali United]].
