Per questa sua carica e per il modo di dirigere la guerra, ebbe notevoli contrasti con il legato pontificio Matteucci, il quale lo accusò di disperdere il denaro per le paghe dei soldati e nominò una commissione con due commissari per procedere alla retribuzione degli uomini. Fu a questo punto che Appio decise di dimettersi dalle sue cariche, lasciando la guida delle operazioni a [[Karl von Mansfeld]].
Il 13 marzo [[1593]], le forze cattoliche posero vittoriosamente [[assedio di Noyon|assedio a Noyon]],; il giorno di [[venerdì]] [[26 marzo]] [[1593]] il duca di Mayenne [[Carlo di Guisa (1554-1611)|Carlo di Guisa]] mandò il generale Appio Conti a reclutarreclutare ben cinquatacinquanta [[Lanzichenecchi]] delle armate pontificie da spostare sul campo di battaglia, ma quest'ultimiquesti si rifiutarono di obbedire agli ordini del generale per via delle continue sortite aai loro danni da parte delle truppe nemiche, e perciò non fu possibile trasferirle sul campo di battaglia.
Tuttavia, dopo due ore di tempo, un emissario del [[Carlo di Guisa (1554-1611)|Duca]] tornò al campo ove erano le truppe tedesche, per prendere i cinquanta soldati, ma il generale Appio Conti si scusò per il contrattempo dicendo che si sarebbe personalmente recato dal Duca per le dovute spiegazioni, e successivamente lo stesso generale ricevette l'ordine di spostare tutte le suo truppe presso il sergente [[Francesco da Milano]], nel tempo stesso ordinò che venisse avvertito dello spostamento il colonnello dei [[Lanzichenecchi]], G. Bayer von Boppart, del quale un suo luogotenente portò la notizia al generale Appio Conti che il colonnello non voleva mandare le proprie truppe a quel campo, e allora lo stesso Appio Conti ordinò che venissero immediatamente eseguiti gli ordini, ma quest'ultimo si rifiuto a più riprese di sottostare agli ordini del generale, tant'è che in seguito a un violento litigio lo stesso generale Appio Conti smontò da cavallo e si batté a duello con il colonnello G. Bayer von Boppart il quale lo uccise con un colpo all'orecchio destro mentre il colonnello riportò solamente una ferita al braccio. Il duca [[Carlo di Guisa (1554-1611)|Carlo di Guisa]], venuto a conoscenza dell'uccisione del generale Appio Conti, ordinò che il colonnello venisse immediatamente arrestato, ma quest'ultimo riuscì a fuggire dal campo imperiale; inoltre. molteMolte altre notizie riguardo a questo fatto furono redatte dal segretario personale del generale, Orazio Silvestri.
