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Sulle Cerbaie sono stati più volte avvistati uccelli appartenenti alla famiglia degli Ardeidi come l'airone cenerino (''[[Ardea cinerea]]''), la garzetta (''[[Egretta garzetta]]''), la sgarza ciuffetto (''[[Ardea ralloides]]'') e la nitticora (''[[Nycticorax nycticorax]]''); pochi anni fa, in una zona boscosa nei pressi del Padule di Fucecchio si è insediata una colonia di Ardeidi (cioè una "garzaia") con la contemporanea presenza nidificante di garzetta, sgarza ciuffetto, nitticora e dell'airone guardabuoi (''[[Bubulcus ibis]]''). Sebbene tutte queste specie di uccelli siano protette, il sito di nidificazione delle Cerbaie ha subìto più volte azioni di disturbo tali da indurle ad abbandonare la parte collinare per insediarsi definitivamente nella Riserva naturale del Padule di Fucecchio.
=== Mammiferi ===
Ricca la fauna presente, con numerosi esemplari di volpe, istrice, tasso e cinghiale. Vivono nei boschi anche alcune specie di serpenti tra cui l'innocua natrice dal collare e la velenosa vipera. È presente una popolazione piuttosto numerosa di upupe e gruccioni<ref name =cerb/>.
==== Mammiferi di piccole dimensioni ====
Tra i piccoli mammiferi è da segnalare la presenza di numerosi roditori e mammiferi alloctoni come la nutria (''[[Myocastor coypus]]''), e la minilepre (''[[Sylvilagus floridanus]]''), introdotta a scopo venatorio.
Tra gli Insettivori sono presenti: il toporagno (''[[Sorex araneus]]''), il mustiolo (''[[Suncus etruscus]]'') e il riccio (''[[Erinaceus europaeus]]'').
==== Mammiferi di grandi dimensioni ====
Tra i mammiferi di maggiori dimensioni non mancano i Carnivori predatori quali la volpe (''[[Vulpes vulpes]]''), la faina (''[[Martes foina]]''), la donnola (''[[Mustela nivalis]]'') e il tasso (''[[Meles meles]]''). Sono presenti anche i grandi ungulati: i cinghiali (''[[Sus scrofa]]''), i caprioli (''[[Capreolus capreolus]]''), i daini (''[[Dama dama]]'') e i cervi (''[[Cervus elaphus]]'').
Non sono invece più da tempo riscontrati i predatori di maggiori dimensioni come il lupo (''[[Canis lupus]]'') e l'orso bruno (''[[Ursus arctos]]'') riferito come ''mercanzia'' nello Statuto del Comune di Santa Maria a Monte del 1391 e sul quale era applicata una gabella.
==== Altri invertebrati ====
La fauna che vive nei punti più bassi dei vallini è maggiormente legata agli ambienti acquatici e palustri, poiché ci sono brevi corsi d'acqua che solcano i terreni delle Colline delle Cerbaie e i chiari, ovvero dei temporanei specchi d'acqua. La fauna invertebrata di questi luoghi è simile a quella delle zone umide di Fucecchio e di Bientina vicine ad essa: presenta insetti tipici delle zone ricche di acqua dolce come le libellule (''[[Aeshna]] sp.''), i ragni acquatici (''[[Dolomedes fimbriatus]]'') e quelli che vivono tra la vegetazione delle rive (''[[Argiope bruennichi]]'').
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