Le cicatrici visibili indicano che le [[Orcinus orca|orche]] predano le giovani megattere.<ref name=claphamj/> Uno studio del 2014 nell'Australia Occidentale ha reso noto che, se disponibili in gran numero, le giovani megattere possono essere attaccate e talvolta uccise dalle orche. Inoltre, le madri e altri esemplari adulti (forse loro parenti) accompagnano i piccoli per scoraggiare i predatori. Gli studiosi ritengono che le orche si siano rivolte verso altre prede dopo che le megattere furono spinte sull'orlo dell'estinzione all'epoca della baleneria,mae che ora stiano riprendendo le loro precedenti abitudini.<ref name=RESGA>{{cita pubblicazione | autore=R. L. Pitman, J. Totterdell, H. Fearnbach, L. T. Ballance, J. W. Durban e H. Kemps | anno=2014 | titolo=Whale killers: Prevalence and ecological implications of killer whale predation on humpback whale calves off Western Australia | rivista=Marine Mammal Science | volume=31 | numero=2 | pp=629-657 | doi=10.1111/mms.12182}}</ref> Vi sono perfino prove che indicano che le megattere aggrediscano o molestino le orche che stanno attaccando neonati o giovani di megattera, nonché membri di altre specie, compresi i [[Pinnipedia|pinnipedi]]. La protezione delle megattere nei confronti di altre specie potrebbe essere involontaria, una «ricaduta» del comportamento inteso a proteggere i membri della sua specie. Le potenti pinne pettorali delle megattere, spesso infestate da grandi [[Coronula|cirripedi]] acuminati, sono armi formidabili contro le orche,. Quando si sentono minacciate, queste balene rivolgono verso le orche le pinne pettorali e la coda, cercando di tenerle alla larga.<ref name=mobbing>{{cita pubblicazione | titolo=Humpback whales interfering when mammal-eating killer whales attack other species: Mobbing behavior and interspecific altruism? | rivista=Marine Mammal Science | doi=10.1111/mms.12343 | volume=33 | pp=7-58 | anno=2016 | autore=Robert L. Pitman}}</ref>
Un altro predatore confermato della megattera è lo [[Carcharodon carcharias|squalo bianco]]. Nel 2020, i biologi marini Dines e Gennari ''et al.'' hanno documentato il caso di un gruppo di squali bianchi che, operando in branco, è riuscito ad attaccare e uccidere una megattera adulta.<ref name=DinesandGennari>{{cita pubblicazione | url=https://www.publish.csiro.au/mf/MF19291 | titolo=First observations of white sharks (Carcharodon carcharias) attacking a live humpback whale (Megaptera novaeangliae) | autore=Sasha Dines e Enrico Gennari | data=9 settembre 2020 | rivista=Marine and Freshwater Research | volume=71 | numero=9 | pp=1205-1210 | sito=www.publish.csiro.au | doi=10.1071/MF19291 | s2cid=212969014 | accesso=18 aprile 2021 | urlarchivio=https://web.archive.org/web/20210308080042/https://www.publish.csiro.au/mf/MF19291 | urlmorto=no}}</ref> Un secondo caso di uccisione di megattera da parte di uno squalo bianco è stato documentato al largo della costa del Sudafrica. Lo squalo in questione era una femmina soprannominata «Helen». Operando da sola, ha attaccato una megattera di 10 metri emaciata e impigliata in una rete, mordendole la coda per psaralizzarlaparalizzarla e farla sanguinare prima di riuscire ada farla annegare mordendole la testa e trascinandola sott'acqua.<ref name=Independent>{{cita web | url=https://www.independent.co.uk/news/world/africa/great-white-shark-drowns-humpback-whale-predator-south-africa-a9620251.html | titolo=Drone footage shows a great white shark drowning a 33ft humpback whale | data=15 luglio 2020 | sito=The Independent | accesso=18 luglio 2020 | urlarchivio=https://web.archive.org/web/20200718124150/https://www.independent.co.uk/news/world/africa/great-white-shark-drowns-humpback-whale-predator-south-africa-a9620251.html | urlmorto=no}}</ref><ref name=express>{{cita web | url=https://www.express.co.uk/news/science/1309559/shark-attack-great-white-shark-attack-humpback-whale-drone-video | titolo=Shark attack: Watch 'strategic' Great White hunt down and kill 10 Metre humpback whale | autore=Tom Fish | data=15 luglio 2020 | sito=Express.co.uk | accesso=18 luglio 2020 | urlarchivio=https://web.archive.org/web/20200718230137/https://www.express.co.uk/news/science/1309559/shark-attack-great-white-shark-attack-humpback-whale-drone-video | urlmorto=no}}</ref>
