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Il giaguaro è un felino dalla struttura compatta e muscolosa. È il più grande felino delle Americhe, nonché il terzo in assoluto: solo la tigre e il leone presentano dimensioni maggiori.<ref name=Seymour/><ref name="sizes">{{cita pubblicazione | autore=M. W. Hayward, J. F. Kamler, R. A. Montgomery e A. Newlove | anno=2016 | titolo=Prey Preferences of the Jaguar ''Panthera onca'' Reflect the Post-Pleistocene Demise of Large Prey | rivista=Frontiers in Ecology and Evolution | volume=3 | p=148 | doi=10.3389/fevo.2015.00148}}</ref><ref name="sizes22">{{cita pubblicazione | autore=M. K. Hope e S. L. Deem | anno=2006 | titolo=Retrospective Study of Morbidity and Mortality of Captive Jaguars (''Panthera onca'') in North America: 1982–2002 | rivista=Zoo Biology | volume=25 | numero=6 | pp=501-512 | url=https://repository.si.edu/bitstream/handle/10088/11687/Zoo%20Biology%2C%20Vol.%2025%2C%20Issue%206%20Retrospective%20Study%20of%20Morbidity%20and%20Mortality%20of%20Captive%20Jaguars....pdf?sequence=1&isAllowed=y | doi=10.1002/zoo.20112 | accesso=12 settembre 2018 | urlarchivio=https://web.archive.org/web/20180909000241/https://repository.si.edu/bitstream/handle/10088/11687/Zoo%20Biology%2C%20Vol.%2025%2C%20Issue%206%20Retrospective%20Study%20of%20Morbidity%20and%20Mortality%20of%20Captive%20Jaguars....pdf?sequence=1&isAllowed=y | urlmorto=no}}</ref> Misura 68-75 cm di altezza al garrese,<ref>{{cita pubblicazione | autore=M. S. Rich | anno=1976 | titolo=The jaguar | rivista=Zoonoz | volume=49 | numero=9 | pp=14-17}}</ref> ma il peso e le dimensioni variano considerevolmente: anche se la maggior parte degli esemplari rientra nel range compreso tra 56 e 96 kg, sono stati documentati maschi di dimensioni eccezionali che raggiungevano i 158 kg.<ref name=r10/><ref name="Animal">{{cita libro | autore=D. Burnie e D. E. Wilson | anno=2001 | titolo=Animal: The Definitive Visual Guide to the World's Wildlife | città=New York City | editore=[[Dorling Kindersley]] | isbn=978-0-7894-7764-4}}</ref> D'altro canto, le femmine più piccole pesano circa 36 kg. Il [[dimorfismo sessuale]] è evidente: le femmine sono del 10-20% più piccole dei maschi. La lunghezza dal naso alla base della coda varia tra 112 e 185 cm. La coda misura 45-75 cm ed è la più corta tra quelle di tutti i [[grandi felini]].<ref name=r10>{{cita libro | autore=R. M. Nowak, | anno=1999 | titolo=Walker's Mammals of the World | editore=[[Johns Hopkins University Press]] | città=Baltimora | volume=2 | p=831 | url=https://books.google.it/books?id=T37sFCl43E8C&pg=PAPA831&redir_esc=y#v=onepage&q&f=false | isbn=978-0-8018-5789-8}}</ref> Le zampe, molto muscolose, sono più corte di quelle delle altre specie del genere ''Panthera'' di dimensioni corporee simili.<ref name=Gonyea1976/>
Il mantello varia dal giallo pallido al marroncino o al giallo-rossastro, con la parte inferiore biancastra e ricoperta da macchie nere. La forma delle macchie è variabile: sui fianchi sono raggruppate a formare rosette che recano all'interno all'interno uno o due punti. Le macchie sulla testa e sul collo sono generalmente semplici, così come quelle sulla coda, che possono fondersi a formare bande verso l'estremità e creare una punta nera. Quelle al centro del dorso sono allungate e spesso si uniscono a creare una striscia mediana, mentre quelle sull'addome sono piene e di forma irregolare.<ref name=Seymour/> Questa colorazione funge da [[camuffamento]] nelle aree caratterizzate da una fitta vegetazione e da un'ombreggiatura irregolare.<ref>{{cita pubblicazione | autore=W. L. Allen, I. C. Cuthill, N. E. Scott-Samuel e R. Baddeley | anno=2010 | titolo=Why the leopard got its spots: relating pattern development to ecology in felids | rivista=Proceedings of the Royal Society B | volume=278 | numero=1710 | pp=1373-1380 | doi=10.1098/rspb.2010.1734 | pmc=3061134 | pmid=20961899}}</ref> I giaguari che vivono nelle foreste sono spesso più scuri e notevolmente più piccoli di quelli che vivono negli ambienti aperti, probabilmente a causa del minor numero di grandi prede erbivore nelle aree forestali.<ref name=CAP>{{cita libro | autore=K. Nowell e P. Jackson | anno=1996 | capitolo=Jaguar, ''Panthera onca'' (Linnaeus, 1758) | titolo=Wild Cats. Status Survey and Conservation Action Plan | editore=IUCN/SSC Cat Specialist Group | ___location=Gland, Svizzera | url=http://carnivoractionplans1.free.fr/wildcats.pdf#page=143 | pp=118-122 | accesso=31 agosto 2006 | urlarchivio=https://web.archive.org/web/20070807215533/http://carnivoractionplans1.free.fr/wildcats.pdf#page=143 | urlmorto=no}}</ref>
The jaguar closely resembles the leopard but is generally more robust, with stockier limbs and a more square head. The rosettes on a jaguar's coat are larger, darker, fewer in number and have thicker lines, with a small spot in the middle.<ref name=Gonyea1976>{{cite journal |author=Gonyea, W.J. |year=1976 |title=Adaptive differences in the body proportions of large felids |journal=Acta Anatomica |volume=96 |issue=1 |pages=81–96 |doi=10.1159/000144663 |pmid=973541}}</ref>
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