Nel 1488, poco dopo aver recuperato la Mela dell'Eden da Rodrigo, Ezio si incontra con Mario, Leonardo e il giovanementore assassinodegli fiorentinoassassini [[Niccolò Machiavelli]] per discutere su come proteggere l'artefatto, decidendo infine di spedirlo da Caterina Sforza a Forlì. Tuttavia, quando Ezio e Machiavelli arrivano in città, scoprono che essa è sotto assedio da parte di un esercito di mercenari guidati da [[Orsi (famiglia)|Checco e Ludovico Orsi]], assoldati da Rodrigo Borgia perché trovino una mappa che li conduca alle pagine del Codice di [[Altaïr Ibn-La'Ahad|Altaïr]]. Gli Orsi rapiscono i figli di Caterina per obbligarla a consegnare loro la mappa, ma Ezio riesce a salvarli uccidendo Ludovico. I rapimenti si rivelano però essere un mero diversivo per permettere a Checco di impadronirsi della Mela, che Ezio aveva lasciato in mano a Caterina. Nonostante Ezio riesca a uccidere Checco e a recuperare l'artefatto, viene gravemente ferito da una pugnalata inflittagli da un misterioso individuo vestito di nero, che si impossessa della Mela. Dopo essere stato guarito da Caterina, Ezio recupera la mappa e parte alla ricerca dell'artefatto, scoprendo dall'[[abate]] dell'abbazia vicina, Darby O'Callahan, che il ladro è [[Girolamo Savonarola]].
