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Nel 1991 partecipò con Nazionale di calcio dell'Italia Under-17 al [[Campionato mondiale di calcio Under-17|Mondiale di categoria]], realizzando una rete, e tra il 1992 ed il 1993 giocò 14 partite con l'Nazionale di calcio dell'Italia Under-18, segnando 12 gol.
Il 20 gennaio 1993, quando ancora militava nel Padova, esordì nella selezione |Under-21 di [[Cesare Maldini]], nell'amichevole vinta 1-0 contro la [[Nazionale di calcio della Romania Under-21|Romania]]. Nel 1994 partecipò alle qualificazioni all'[[Campionato europeo di calcio Under-21 1994|Europeo Under-21]]. In totale vestì in 12 occasioni la maglia dell'Under-21 realizzando 3 reti, una contro la Cecoslovacchia e due in amichevole contro l'[[Nazionale di calcio dell'Ungheria Under-21|Ungheria]].
==== Nazionale Amaggiore ====
Ha vestito 91 volte la maglia della Nazionale segnando 27 reti, miglior marcatore azzurro in attività e quarto di sempre, a pari merito con Roberto Baggio. Esordì nella Nazionale maggiore sotto la guida di [[Arrigo Sacchi]] a 20 anni, il 25 marzo 1995 in Italia-{{NazNB|CA|EST}} 4-1, mentre il primo gol lo segnò il 15 novembre 1995 a Reggio Emilia in Italia-Lituania 4-0. Ha disputato tre mondiali ([[mondiali 1998|1998]], [[mondiali 2002|2002]], [[mondiali 2006|2006]]) e quattro europei ([[euro 1996|1996]], [[euro 2000|2000]], [[euro 2004|2004]], [[euro 2008|2008]]). Fu protagonista di staffette famose con Roberto Baggio e Francesco Totti rispettivamente ai mondiali del '98 e ai mondiali del 2002; in quest'ultimi segnò una rete contro il {{NazNB|CA|MEX}}, decisiva ai fini del cammino azzurro nella competizione, dedicandola al padre da poco scomparso. Nel 2006 è [[Marcello Lippi]] il c.t. della Nazionale e viene convocato per il suo terzo Mondiale. È entrato a partita in corso nei primi due match contro {{NazNB|CA|GHA}}<ref>{{Cita web|url=http://www.fifa.com/worldcup/archive/germany2006/results/matches/match=97410009/report.html|titolo=Italy - Ghana Match Report|editore=fifa.com|lingua=en|accesso=5-12-2008}}</ref> e {{NazNB|CA|USA}}<ref>{{Cita news|url=http://www.gazzetta.it/Speciali/Mondiale_2006/Primo_Piano/2006/06_Giugno/17/Italia-Usa.shtml|titolo=Italia, pari pieno di rimpianti|pubblicazione=gazzetta.it|giorno=6|mese=6|anno=2006|accesso=5-12-2008}}</ref> e ha giocato da titolare contro l'{{NazNB|CA|AUS}}<ref name="gazzetta.it">{{Cita news|url=http://www.gazzetta.it/Speciali/Mondiale_2006/Primo_Piano/2006/06_Giugno/30/italia.shtml|titolo=Italia confermata: Totti+Toni|pubblicazione=gazzetta.it|giorno=30|mese=6|anno=2006|accesso=5-12-2008}}</ref>; ha giocato la semifinale contro la {{NazNB|CA|GER}} segnando la rete del 2-0 allo scadere del secondo tempo supplementare.<ref>{{Cita news|url=http://www.gazzetta.it/Speciali/Mondiale_2006/Primo_Piano/2006/07_Luglio/04/GERMANIA-ITALIA.shtml|titolo=Italia gran finale|pubblicazione=gazzetta.it|giorno=4|mese=7|anno=2006|accesso=5-12-2008}}</ref> Nella finale contro la {{NazNB|CA|FRA}} ha segnato il quarto dei cinque rigori che hanno fatto vincere all'{{NazNB|CA|ITA}} il quarto mondiale.<ref>{{Cita news|url=http://www.gazzetta.it/Speciali/Mondiale_2006/Primo_Piano/2006/07_Luglio/09/ITALIA-FRANCIA.shtml|titolo=Ci incoronano i rigori|pubblicazione=gazzetta.it|giorno=9|mese=7|anno=2006|accesso=5-12-2008}}</ref> Il 10 settembre 2008, contro la Georgia, ha disputato il suo ultimo incontro con la maglia azzurra. Non si è mai ufficialmente e spontaneamente ritirato dalla Nazionale, tanto da affermare più volte che in caso di una nuova chiamata lui sarebbe pronto.
==== Nazionale A ====
Ha vestito 91 volte la maglia della Nazionale segnando 27 reti, miglior marcatore azzurro in attività e quarto di sempre, a pari merito con [[Roberto Baggio]]. Esordì nella Nazionale maggiore sotto la guida di [[Arrigo Sacchi]] a 20 anni, il [[25 marzo]] [[1995]] in Italia-{{NazNB|CA|EST}} 4-1, mentre il primo gol lo segnò il [[15 novembre]] a [[Reggio Emilia]] in Italia-{{NazNB|CA|LTU}} 4-0. Il [[10 settembre]] [[2008]], contro la [[Nazionale di calcio della Georgia|Georgia]] nella gara di qualificazione ai [[Campionato mondiale di calcio 2010|Mondiali 2010]], ha disputato il suo ultimo incontro con la maglia azzurra.
===== Inghilterra 1996 =====
Nel 1996 fu convocato dallo stessoda [[commissarioArrigo tecnico]] di [[FusignanoSacchi]] per il [[Campionato europeo di calcio 1996|Campionato europeo]] in [[Inghilterra]], a cui partecipò con il numero 14. Nella breve avventura degli azzurri, conclusasi al primo turno, fu impiegato solamente nella gara inaugurale, giocata l'11 giugno ad [[Anfield]] ([[Liverpool]]) contro la {{NazNB|CA|RUS}}, come esterno di [[centrocampo]], uscendo alla fine del primo tempo per far posto a [[Roberto Donadoni]].<ref>{{Cita news|url=http://it.euro2008.uefa.com/history/season=1996/round=227/match=52507/index.html|titolo=Casiraghi ispira gli Azzurri|pubblicazione=euro2008.uefa.com|accesso=3-12-2008}}</ref>
===== Torneo di Francia 1997 =====
L'anno successivo fece parte della selezione del nuovo c.t Cesare Maldini che giocò il "[[Torneo di Francia]]", competizione amichevole svoltasi dal [[3 giugno|3]] all'11 giugno [[1997]] ed organizzata dalla [[Federazione calcistica della Francia|federazione francese]] come ''banchetto di prova'' del [[Campionato mondiale di calcio|mondiale]] che si sarebbe tenuto l'anno dopo, partecipandovi con il numero 20. Oltre ad Italia e {{NazNB|CA|FRA}}, {{NazNB|CA|BRA}} ed {{NazNB|CA|ENG}} erano le altre due squadre che si affrontarono nel torneo. Delle tre gare previste, giocò contro i brasiliani nella seconda giornata, realizzando due reti nel 3-3 finale, e contro i francesi nella terza, realizzando al 90º minuto la rete del definitivo 2-2. I tre gol realizzati gli permisero di laurearsi capocannoniere della competizione, che fu vinta dalla Nazionale inglese.
===== Francia 1998 =====
Nel [[1998]] venne convocato, ancora da Maldini, per il [[Campionato mondiale di calcio 1998|Mondiale]] tenutosi in [[Francia]], dopo la stagione positiva con la Juventus, terminata con 21 reti in campionato e 10 in [[UEFA Champions League 1997-1998|Champions League]], per cui scelse il numero 10. L'infortunio muscolare che patì pochi giorni prima dell'inizio della competizione mondiale, nella finale della Champions contro il [[Real Madrid]], lo fece arrivare in condizioni di forma precarie e favorì [[Roberto Baggio]].
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