Il ''controllo sugli organi'' è volto ad assicurare la funzionalità di [[organo monocratico|organi monocratici]] o [[organo collegiale|collegiali]], di [[ente pubblico|enti pubblici]] o privati, mediante verifiche, intimazioni e,fino in certi casi, laalla rimozione del titolare o lo scioglimento del collegio. A differenza del controllo sugli atti, non ha ad oggetto singoli atti ma la complessiva attività dell'organo controllato. Rientra nel controllo sugli organi anche il ''controllo sostitutivo'' quando la sostituzione non è parziale, limitata al compimento di singoli atti omessi (con esclusione della ''legitimatio ad agendum'' dell'organo controllato), ma totale, con esclusione della ''legitimatio ad officum'' dei titolari degli organi ordinari sostituiti da ''organi straordinari''.
