Questa volta tra i nemici figurano anche dei granchi giganti (mutati radicalmente dalle radiazioni sprigionate da alcuni esperimenti prolungati condotti dall'esercito della Ribellione) e anche dei non-morti e degli abominevoli uomini delle nevi.
L'esercito della Ribellione, nuovamente riformatosi e riorganizzatosi, attacca ancora una volta l'Esercito Regolare (ancora sparso in tutto il mondo) in vari punti del globo, sopraffacendolo ed insediandovicisiinsediandovisi grazie alla loro nuova tecnologia e sottraendogli di nuovo tutti i suoi Super Vehicles 001. L'Esercito Regolare è così costretto a schierare nuovamente lo squadrone speciale dei Falchi Pellegrini per contrattaccare. Intanto il Generale Morden ha fatto apparentemente pace con i Marziani, ma sembra essere scomparso dalla circolazione. Dopo l'ennesima battaglia gli eroi scoprono che in verità il generale ribelle è stato rapito dagli alieni e che colui che hanno ucciso non è altro che uno di essi, così, assieme ai soldati ribelli, partono a bordo di alcuni missili spaziali per raggiungere l'astronave madre delle creature, ancora orbitante attorno alla Terra. Dopo varie battaglie l'astronave viene distrutta, il capo alieno Rootmars viene sconfitto (anche se in verità non muore, ma ritorna infatti in Metal Slug 6, dove, completando alcune missioni secondarie, dopo aver ucciso il boss finale, salverà il personaggio, che è caduto al posto dei soldati ribelli), e la pace sembra tornare.
