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L'areale del rinoceronte di Giava si è andato sempre più riducendo nel corso di almeno 3000 anni. Ancora verso il 1000 a.C., il limite settentrionale dell'areale del rinoceronte si spingeva fino in Cina, ma iniziò a ritirarsi verso sud alla velocità di circa mezzo chilometro all'anno, a seguito dell'aumento degli insediamenti umani nella regione<ref name="Biotropica">{{cita libro|periodico=Biotropica|volume='''39''' (3)|pagine=202-303|anno=2007|titolo=The Impact of Hunting on the Mammalian Fauna of Tropical Asian Forests|autore=Richard T. Corlett|doi=10.1111/j.1744-7429.2007.00271.x}}</ref>. Probabilmente esso scomparve dall'India durante il primo decennio del XX secolo<ref name="NE India"/>. Il rinoceronte di Giava venne cacciato nella penisola malese fino all'estinzione, avvenuta nel 1932<ref name="Straits">{{cita web|sito=New Straits Times|titolo=On the horns of a dilemma|autore=Faezah Ismail|data=9 giugno 1998}}</ref>. L'ultimo esemplare di Sumatra scomparve durante la [[seconda guerra mondiale]]. Nella regione di [[Divisione di Chittagong|Chittagong]] e nelle [[Sundarbans]] scomparve attorno alla metà del XX secolo. Dopo la fine della guerra del Vietnam, si riteneva che il rinoceronte del Vietnam fosse completamente scomparso dall'Asia continentale. In Cambogia cacciatori e raccoglitori di legna locali sostenevano di aver avvistato dei rinoceronti di Giava sulla [[Monti Cardamomi|catena dei Cardamomi]], ma una serie di sopralluoghi nell'area non riuscì a rinvenire alcuna prova della loro esistenza<ref name="FFI">{{cita libro|titolo=Cardamom Mountains biodiversity survey|anno=2000|autore=J. C. Daltry and F. Momberg|editore=Fauna and Flora International|città=[[Cambridge]]|isbn=190370300X}}</ref>. Alla fine degli anni '80, venne rinvenuta una piccola popolazione nell'area di Cat Tien in Vietnam. Tuttavia, l'ultimo rappresentante di quella popolazione venne abbattuto nel 2010<ref>[http://vietnam.panda.org/en/newsroom/news/?202075/Inadequate-protection-causes-Javan-rhino-extinction-in-Vietnam WWF - Inadequate protection causes Javan rhino extinction in Vietnam].</ref>. Forse in passato potrebbe essere esistita una popolazione anche sull'isola del Borneo, ma è probabile tuttavia che gli esemplari in questione siano stati dei rinoceronti di Sumatra, dei quali una piccola popolazione vive tuttora sull'isola<ref name="Raffles"/>.
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[[File:JavanRhino-PeterMaas-NaturalisLeiden.jpg|thumb|
Il rinoceronte di Giava è un animale solitario, fatta eccezione per le coppie riproduttive e le madri con i piccoli. Talvolta più esemplari si radunano in piccoli gruppi presso gli affioramenti di sale e le pozze di fango. Sguazzare nel fango è un comportamento comune a tutti i rinoceronti; quest'attività consente loro di mantenere fresca la temperatura corporea e aiuta a prevenire malattie e infestazioni di parassiti. Generalmente il rinoceronte di Giava non scava da sé le proprie pozze di fango, preferendo di gran lunga utilizzare quelle scavate da altri animali o quelle che si creano in avvallamenti naturali, che poi adatta alle proprie dimensioni raspando con il corno. Anche gli affioramenti di sale sono molto importanti, dati i nutrienti essenziali che il rinoceronte ricava dal sale. I territori dei maschi - di 12-20 km² - sono più estesi di quelli delle femmine - di circa 3-14 km². I territori dei maschi si sovrappongono molto meno tra loro rispetto a quelli delle femmine. Non sappiamo se vi siano combattimenti territoriali<ref name="IZY">{{cita libro|periodico=International Zoo Yearbook|anno=2006|volume='''40''' (1)|pagine=150-173|titolo=Rhinoceros behaviour: implications for captive management and conservation|autore=M. Hutchins and M. D. Kreger|editore=[[Società zoologica di Londra|Zoological Society of London]]|doi= 10.1111/j.1748-1090.2006.00150.x}}</ref>.
Males [[territorial marking|mark their territories]] with dung piles and by [[urine spraying]]. Scrapes made by the feet in the ground and twisted saplings also seem to be used for communication. Members of other rhino species have a peculiar habit of defecating in massive rhino dung piles and then scraping their back feet in the dung. The Sumatran and Sunda rhinos, while defecating in piles, do not engage in the scraping. This adaptation in behavior is thought to be ecological; in the wet forests of Java and Sumatra, the method may not be useful for spreading odors.<ref name="IZY" />
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The Sunda rhinoceros never fared well in captivity. The oldest lived to be 20, about half the age that the rhinos can reach in the wild. No records are known of a captive rhino giving birth. The last captive Sunda rhino died at the [[Adelaide Zoo]] in [[Australia]] in 1907, where the species was so little known that it had been exhibited as an Indian rhinoceros.<ref name="van Strien" />
<ref name="
{{cite news | title = Scientists Find Surviving Members of Rhino Species | last = Stanley | first = Bruce | date = June 22, 1993 | agency = Associated Press | url = http://www.apnewsarchive.com/1993/Scientists-Find-Surviving-Members-of-Rhino-Species/id-c348379a851bbead36991c551c6d6b7a
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