Tuttavia le unità della flottiglia del Garda, compresa la ''Frassineto'', non erano in stato d'approntamento: come constatò [[Giuseppe Garibaldi]] dopo essersi recato a [[Salò]], tutte le cannoniere (ad eccezione di una, la ''[[Torrione (cannoniera)|Torrione]]'', armata ma «''interamente vuota''») si trovavano «''in grave disordine''»<ref name="Ogliari"/>.
Le 6 cannoniere italiane (''Frassineto'', ''Torrione'', ''[[Castenedolo (cannoniera)|Castenedolo]]'', ''[[Pozzolengo (cannoniera)|Pozzolengo]]'', ''[[Adda (cannoniera)|Adda]]'' e ''[[Mincio (cannoniera 1860)|Mincio]]'') furono rimesse in efficienza e [[dislocazione|dislocate]] a Salò insieme al requisito ''Benaco'', ma l'operatività delle navi italiane fu alquanto scarsa: a fronte delle sei cannoniere italiane, provviste di un solo [[cannone]] ciascuna, vi erano i grossi piroscafi armati ''[[San Marco (avviso)|Hess]]'' e ''[[Principe Oddone (avviso)|Franz Joseph]]'', 9 cannoniere (3 a [[vela (sistema di propulsione)|vela]] e 6 ad [[elica]]) ed 11 [[lancia (imbarcazione)|lance]] armate, per un totale di 62 cannoni e 10 [[spingarda|spingarde]]<ref name="Ogliari"/>. La flottiglia italiana non riuscì quindi a contrastare efficacemente l'attività delle navi austroungariche, che poterono [[bombardamento navale|bombardare]] la [[stazione ferroviaria|stazione]] di Desenzano (30 giugno 1866) ed i paesi di Bogliaco (10 luglio 1866) e [[Gargnano]] (2 e 18 luglio 1866), catturare il piroscafo ''Benaco'' ed affondare il barcone ''Poeta'' carico di viveri (20 luglio 1866)<ref name="Ogliari"/>. L'attività delle navi italiane si limitò sostanzialmente ad alcuni viaggi di [[trasporto truppe|trasporto di truppe]] e di alcuni pezzi d'[[artiglieria]]<ref name="Ogliari"/>: l'unica vera azione bellica compiuta da unità della Regia Flottiglia si svolse l'8 luglio 1866, quando due cannoniere attaccarono e misero in fuga un'unità austroungarica, che si rifugiò a [[Malcesine]].
Terminata la guerra, la Regia Flottiglia del Garda incorporò tutte le più moderne unità ex austriache (''Hess'', ''Franz Joseph'' e 6 cannoniere ad elica), ben più grandi e ben armate delle cannoniere della classe Frassineto.
