IlDopo due anni di inattività, il 23 maggio [[2006]] viene annunciato il suo ritorno al [[Borussia Verein für Leibesübungen 1900 Mönchengladbach|Borussia Mönchengladbach]]. Il 31 gennaio [[2007]] annuncia le sue dimissioni dopo una striscia di 14 partite senza vittorie e con la squadra al 17º posto in Bundesliga. Il 27 aprile [[2009]] viene annunciato il suo ritorno come allenatore ad interim del [[Fußball-Club Bayern München|Bayern Monaco]] a seguito dell'esonero di [[Jürgen Klinsmann]].<ref>{{cita web|url=http://www.repubblica.it/2009/04/sport/calcio/calciomercato/klisman-esonerato/obietivo-heynckes/obietivo-heynckes.html|titolo=Heynckes fissa l'obiettivo "Ritornare in Champions" |editore=larepubblica.it|data=28 aprile 2009}}</ref> Chiude il [[Fußball-Bundesliga 2008-2009|campionato]] al secondo posto a due punti dal [[Verein für Leibesübungen Wolfsburg|Wolfsburg]].
