Sofri ha partecipato attivamente al dibattito legato al provvedimento di [[Indulto#Il_caso_del_2006|indulto]] del [[2006]]. Nell'ambito di tale dibattito, ha avuta una certa eco mediatica una polemica col giornalista [[Marco Travaglio]]<ref>All'affermazione di Travaglio (nevedi ''La scomparsa dei fatti'' p.15-16) che «essendo [Sofri] condannato per omicidio e dunque beneficiario dell'indulto, lo farà uscire dal carcere tre anni prima», Sofri rispose ([[6 luglio]], da [[Il Foglio]]): «Lo squadrista Marco Travaglio scrive [...] una sequela di falsità indegne, allo scopo di galvanizzare l'indignazione pubblica contro l'indulto. Il quale, improvvisamente, diventa anche responsabile del mancato risarcimento ai caduti sul lavoro per le malattie professionali e i morti di amianto. E di mandare in fumo il maxiprocesso contro i boss svizzeri e i italiani dell'Eternit. Ma l'indulto non può mandare in fumo nessun processo. [...] E l'indulto non c'entra niente, né può toccare i risarcimenti [...] L'articolo che fa dire agli avvocati di parte civile, i quali avranno le migliori intenzioni, le cose più spericolate [...] è una bassezza, maggiore perché prende a pretesto le attese dei familiari di "caduti sul lavoro e morti di amianto"». La polemica prosegue e allo scritto di Travaglio Sofri risponde dandogli del «cretino» e su [[L'Unità]] ribadisce che si tratta di «falsità assolute e ciniche» allo scopo di tenere «decine di migliaia di miei simili boccheggiati nelle celle della repubblica»; gli risponde l'avvocato torinese [[Sergio Bonetto]] scrivendo a L'Unità e a Il Foglio, ma solo la prima pubblicherà la lettera. Nei giorni seguenti Travaglio verrà attaccato da [[Daria Bignardi]], nuora dello stesso Sofri, e da [[Gad Lerner]] su [[Vanity Fair (rivista)|Vanity Fair]], su [[Oggi (rivista)|Oggi]] da [[Claudio Martelli]] e su [[L'Unità]] da [[Sergio Staino]], che da anni conduce battaglie "pro-Sofri", ed in ultimo da [[Paolo Franchi]] su [[Il Riformista]].</ref>.
