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Tra il 2000 e il 2003 si realizzò la diramazione [[Ferrovia Portomaggiore-Dogato|Portomaggiore-Dogato]], lunga circa 13 [[chilometro|chilometri]], che avrebbe collegato la [[stazione di Dogato]] alla [[Ferrovia Bologna-Portomaggiore|linea Bologna-Portomaggiore]]<ref name=notatecnica>[http://www.fer.it/wp-content/uploads/2016/09/Breve-nota-tecnica-Portomaggiore-Dogato.pdf Breve nota tecnica sulla linea Portomaggiore-Dogato], di [[Ferrovie Emilia-Romagna]] (www.fer.it)</ref>, gestita prima dalla "gestione commissariale governativa della Ferrovia Bologna-Portomaggiore" (FBP) e in seguito dalla stessa FER. A marzo [[2012]] la linea risultava quasi completata, con i binari che si interrompevano a un chilometro dalla [[stazione di Portomaggiore]]; quest'ultimo impianto, di competenza di [[Rete Ferroviaria Italiana]] in quanto posto sulla [[ferrovia Ferrara-Rimini|Ferrara-Rimini]], necessitava di essere adeguato all'accoglimento del binario, ma i lavori non erano stati ancora effettuati a causa di un mancato accordo fra l'azienda statale e quella emiliana<ref>{{cita web| url=http://www.striscialanotizia.mediaset.it/video/videoextra.shtml?14980| titolo=Il fantasma della ferrovia - Antonio Casanova alle prese con un curioso mistero che viaggia su rotaie| autore=Antonio Casanova| editore=www.striscialanotizia.mediaset.it| data=10 marzo 2012| accesso=10 marzo 2012| dataarchivio=22 febbraio 2014| urlarchivio=https://web.archive.org/web/20140222044641/http://www.striscialanotizia.mediaset.it/video/videoextra.shtml?14980| urlmorto=sì}}</ref>.
Nel [[2002]], la Ferrovie Padane confluì nella [[Ferrovie Emilia Romagna]] che da quell'anno assunsero la gestione della linea.
[[File:Progetto servizio ferroviario metropolitano di Ferrara.svg|thumb|Progetto della cosiddetta "metropolitana di superficie"]]
Nei primi [[anni 2000]] vennerofurono avviati alcuni lavori di riqualificazione tra Ferrara e Quartesana nell'ambito della cosiddetta ''metropolitana di superficie'', un collegamento urbano promosso dal comune di Ferrara con l'obiettivo di realizzare un collegamento con il nuovo ospedale di Cona mitigando nel contempo l'inquinamento acustico nella tratta cittadina ed eliminando i [[passaggio a livello|passaggi a livello]] per unire due quartieri della città<ref name=a>[http://ferrara.comune.fe.it/index.phtml?id=399 Progetto 14 - La metropolitana di superficie - Comune di Ferrara]</ref>.
Nell'ambito di tali lavori, nel febbraio [[2011]] furono chiuse la fermata di [[Stazione di Ferrara Aleotti|Ferrara Aleotti]] e la [[stazione di Ferrara Porta Reno]]<ref>{{cita news| url=http://www.fer-online.it/it/news/news/Dadomenicainuoviorarisututtelelinee| titolo=Da domenica i nuovi orari su tutte le linee - (vedi linea FERRARA-CODIGORO)| pubblicazione=www.fer-online.it| data=7 dicembre 2010| accesso=25 settembre 2021| urlarchivio=https://archive.today/20120731132627/http://www.fer-online.it/it/news/news/Dadomenicainuoviorarisututtelelinee| dataarchivio=31 luglio 2012}}</ref>, {{Senza fonte|soppresso il Deposito locomotive di Ferrara Porta Reno}} e aperti i cantieri per l'interramento della tratta ferroviaria [[Ferrovia Ferrara-Rimini|linea RFI per Rimini]] destinata a diventare comune alla Ferrara-Codigoro stessa. Contestualmente fu attivato il "Bivio Rivana", posto nei pressi della dismessa stazione, e il traffico della linea RFI è statofu deviato sulla linea FER tra questa località ferroviaria e lo [[stazione di Ferrara|scalo di Ferrara]], in attesa della conclusione dei lavori<ref>{{cita news| autore=Jacopo Fioravanti| url=http://www.ferrovie.it/ferrovie.vis/timdettvp.php?id=2775| titolo=Ferrara, al via l'interramento delle tratte ferroviarie urbane| pubblicazione=ferrovie.it| accesso=15 febbraio 2011}}</ref>.
Nel [[2002]]2012, la società [[Trasporto Passeggeri Emilia-Romagna]] (TPER) assunse la gestione del servizio passeggeri<ref>{{cita web|url=http://www.fer-online.it/it/news/news/tper.html|titolo=È nata TPER: Trasporto Passeggeri Emilia-Romagna|editore=www.fer-online.it|data=28 febbraio 2012|accesso=2 giugno 2012|urlmorto=sì|urlarchivio=https://web.archive.org/web/20120801043155/http://www.fer-online.it/it/news/News/tper.html}}</ref>, mentre [[Ferrovie Emilia Romagna|FER]] ha mantenuto quella dell'infrastruttura<ref>{{cita web|url=http://www.fer-online.it/it/azienda|titolo=L'azienda|pubblicazione=www.fer-online.it|data=1º febbraio 2012|accesso=2 giugno 2012|urlmorto=sì|urlarchivio=https://web.archive.org/web/20120801043454/http://www.fer-online.it/it/azienda}}</ref>. L'8 maggio dello stesso anno, in seguito alla realizzazione di una variante di tracciato e alla contestuale dismissione del vecchio tracciato, venne aperta la fermata di [[stazione di Ferrara Cona Ospedale|Ferrara Cona Ospedale]], a servizio del vicino ospedale<ref>{{cita news| autore=Jacopo Fioravanti| url=httphttps://www.ferrovie.it/ferrovie.visportale/articoli/timdettvp.php?id=2886 | titolo=Ferrara, all'ospedale in treno| data=9 maggio 2012| pubblicazione=ferrovie.it| accesso=14 maggio 2012}}</ref>.
Nel febbraio [[2013]] i lavori di riqualificazione sono statisfurono parzialmente sospesi in attesa delle autorizzazioni alle varianti resesi necessarie per adeguare le opere di interramento alle norme antisismiche e sulla sicurezza delle gallerie ferroviarie emanate successivamente alla redazione del progetto esecutivo<ref name=FER_feb2013>{{cita web|url=http://www.cronacacomune.it/media/uploads/allegati/45/nota-fer-febbraio-2013.doc|titolo=Nota FER febbraio 2013 - CronacaComune |editore=www.cronacacomune.it |data=febbraio 2013|accesso=22 aprile 2013}}</ref>, in seguito al [[terremoto dell'Emilia del 2012]]. Sempre nel 2013 venne attivata, il 23 settembre, la variante di tracciato presso Migliarino vista la richiesta regionale di creare un canale navigale per imbarcazioni fino a 15 T, è stato costruito un nuovo ponte sul canale Navigabile<ref>Notizia su ''Tutto treno'', n. 278, ottobre 2013, p. 5.</ref>.
Il 15 dicembre 2013 è statafu attivata la fermata di [[stazione di Ferrara Via Boschetto|Ferrara Via Boschetto]], situata tra la stazione di Ferrara e la fermata di ''Città del Ragazzo''<ref name=tper_15_12_2013>{{cita web| url=http://www.tper.it/15dicembre#.Uq9lMCd0llM| titolo=TPER: Nuovi orari ferroviari dal 15 dicembre 2013| editore=www.tper.it| data=15 dicembre 2013| accesso=16 dicembre 2013}}</ref>, mentre nel 2016 è stata attivata la diramazione [[Ferrovia Portomaggiore-Dogato|Portomaggiore-Dogato]]<ref>{{cita web|url=http://www.fer.it/?p=4529|titolo=Linea Portomaggiore-Dogato: aperta al pubblico da lunedì 3 ottobre 2016|editore=www.fer.it|data=26 settembre 2016|accesso=28 settembre 2016}}</ref>, che tuttavia è stata chiusa il 18 giugno [[2017]]<ref>{{Cita web|url=https://www.ferrovie.info/index.php/it/13-treni-reali/1932-ferrovie-stop-ai-treni-sulla-portomaggiore-dogato|titolo=Ferrovie: stop ai treni sulla Portomaggiore-Dogato|autore=Lorenzo Pallotta|sito=Ferrovie.Info|lingua=it-it|accesso=29 settembre 2019}}</ref>.
Il 1º gennaio 2020, [[Trenitalia Tper]] è subentrata a [[TPER]] nella gestione dell'esercizio ferroviario.
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