Alcune specie di tartarughe sono state rimosse dal genere. Questo taxon, come precedentemente definito, era "[[Polifilia|polifiletico]], rappresentando almeno cinque [[Clade|cladi]] indipendenti".<ref name = "Le et al.">{{cita pubblicazione|cognome= Le |nome=M. |autore2=Raxworthy, C. J. |autore3=McCord, W. P. |autore4=Mertz, L. |titolo=A molecular phylogeny of tortoises (Testudines: Testudinidae) based on mitochondrial and nuclear genes |rivista=Molecular Phylogenetics and Evolution | volume = 40 |numero=2 |pp=517–531517-531 |data=5 maggio 2006 | url = http://www.iucn-tftsg.org/wp-content/uploads/file/Articles/Le_etal_2006.pdf | doi = 10.1016/j.ympev.2006.03.003 | id = |accesso=| pmid = 16678445 |urlarchivio=https://web.archive.org/web/20120316211953/http://www.iucn-tftsg.org/wp-content/uploads/file/Articles/Le_etal_2006.pdf |dataarchivio=16 marzo 2012 }}</ref> Le tartarughe rimosse da questo genere includono membri dei generi ''[[Aldabrachelys]]'' (dalle [[Seychelles]] e dal [[Madagascar]]), ''[[Astrochelys]]''<ref name = "Fritz"/> (Madagascar), ''[[Chelonoidis]]'' ([[Sud America]] e [[Isole Galápagos]]), ''[[Stigmochelys]]''<ref name = "Fritz">{{Cita pubblicazione|cognome= Fritz |nome=U. |autore2=Bininda-Emonds, O. R. P. |titolo=When genes meet nomenclature: Tortoise phylogeny and the shifting generic concepts of ''Testudo'' and ''Geochelone'' |rivista=Zoology | volume = 110 |numero=4 |pp=298–307298-307 |editore=[[Elsevier]] |data=3 luglio 2007 | url = | issn = | doi = 10.1016/j.zool.2007.02.003 | pmid = 17611092 }}</ref> e ''[[Centrochelys]]'' ([[Africa]]), e l'[[Estinzione|estinta]] ''[[Megalochelys]]'' (Asia meridionale).
Le seguenti specie, in passato attribuite al genere ''Geochelone'' sono collocate in generi differenti:
