Insieme al vicepresidente di [[Google (azienda)|Google]] [[Vint Cerf]] e all'AD di [[AT&T]] [[Randall L. Stephenson|Randall Stephenson]], Cook ha partecipato a un vertice tenuto dal presidente statunitense [[Barack Obama]], l'8 agosto 2013, per quanto riguarda la sorveglianza del governo e [[Internet]] a seguito delle [[Divulgazioni sulla sorveglianza di massa del 2013]].<ref>{{Cita news|nome=Juliette|cognome=Garside|url=https://www.theguardian.com/technology/2013/aug/09/nsa-surveillance-apple-google-obama|titolo=Apple, Google and AT&T meet Obama to discuss NSA surveillance concerns|pubblicazione=[[The Guardian]]|data=9 agosto 2013|accesso=12 agosto 2013}}</ref><ref>{{Cita web|url=http://www.politico.com/story/2013/08/tim-cook-barack-obama-technology-95362.html|sito=[[Politico]]|accesso=12 agosto 2013}}</ref>
A seguito della [[Strage di San Bernardino]] del dicembre 2015, in California, in cui 14 persone sono state uccise da Rizwan Farook e Tashfeen Malik, [[Federal Bureau of Investigation|l'[[FBI]] ha sollecitato Apple ad aiutare a "sbloccare un iPhone 5C usato da Farook.<ref name="NYT FBI">{{Cita news|nome=Eric|cognome=Lichtblau|nome2=Katie|cognome2=Benner|url=https://www.nytimes.com/2016/02/18/technology/apple-timothy-cook-fbi-san-bernardino.html|titolo=Apple Fights Order to Unlock San Bernardino Gunman's iPhone|pubblicazione=[[The New York Times]]|città=Washington, D.C.|data=17 febbraio 2016|accesso=21 febbraio 2016}}</ref> Il 16 febbraio 2016, in risposta a una richiesta del [[Dipartimento della giustizia degli Stati Uniti d'America|Dipartimento della giustizia]], un giudice del magistrato federale ha ordinato ad Apple di creare una versione [[firmware]] iOS personalizzata che avrebbe consentito agli investigatori di eludere le funzionalità di sicurezza del telefono.<ref>{{Cita web|url=https://arstechnica.com/tech-policy/2016/02/judge-apple-must-help-fbi-unlock-san-bernardino-shooters-iphone/|sito=[[Ars Technica]]|accesso=21 febbraio 2016}}</ref> Cook ha risposto in una lettera aperta, in cui ha denunciato le richieste del governo come una "violazione della privacy" con conseguenze "agghiaccianti".<ref name="NYT FBI" /><ref>{{Cita web|url=https://www.apple.com/customer-letter/|accesso=21 febbraio 2016}}</ref>