Nel giugno 1812 le armate francesi invadono la Russia. Armfelt partecipa alla guerra contro Napoleone, ma per un breve periodo a causa del peggioramento della sua salute. Per proteggere la frontiera occidentale la Russia cerca un accordo con la Svezia e nel mese di agosto lo zar, accompagnato da Armfelt, incontra Bernadotte a Turku. Ne scaturì un trattato nel quale la Svezia si impegnava alla neutralità nella guerra russo-francese e rinunciava a qualsiasi pretesa sulla Finlandia. Da parte sua la Russia avrebbe assecondato le mire espansionistiche della Svezia sulla Norvegia.
Armfelt, nella sua azione politica fece più di ogni altro perperchè ottenere allala Finlandia ottenesse la più ampia autonomia. Il suo più importante successo fu, all'inizio del 1812, l'unificazione della "Vecchia Finlandia" (territorio strappato alla Svezia nel 1743) con la Finlandia costituendo un unico Granducato Autonomo. Lo stesso anno la capitale fu spostata da Turku ad Helsinki essendo considerata Turku troppo vicina alla Svezia sia culturalmente che geograficamente. In Finlandia Armfelt riebbe la nomina di Cancelliere della ora Accademia Imperiale di Turku, carica che ricoprirà dal 1812 al 1814. Fu brevemente governatore della Finlandia nel 1813. Morì nella sua residenza estiva a Tsarskoje Selo, nonvicino lontano daa San Pietroburgo il 19 agosto 1814. E' sepolto nella chiesa di Halikko in Finlandia. Fu il primo finlandese ad entrare a far parte dell'Ordine dei Cavalieri di Malta. Uno dei suoi figli, conte Alexander Armfelt (1794-1876) sarà ministro-segretario di stato per la Finlandia dal 1841 al 1876 rappresentando gli interessi finlandesi alla corte imperiale di San Pietroburgo. Armfelt è ricordato in Finlandia come uno dei fondatori della nazione.
