Nel [[novembre]] dello stesso anno Najibullah venne eletto presidente della repubblica: egli emanò una nuova costituzione che prevedeva il [[multipartitismo]], la [[Libertà di manifestazione del pensiero|liberta d'espressione]] e un sistema giudiziario indipendente. Tuttavia il PDPA, che dal [[1988]] cambiò nome in Hizb-i Watan, rimase il dominatore dello scenario economico-sociale afghano.
Il [[20 luglio]] del [[1987]] venne annunciato pubblicato ufficialmente l'inizio delle operazioni di ritiro delle truppe sovietiche dal paese: tuttavia il suo regime tuttavia, per qualche tempo, sopravvisse all'evento, grazie anche a una campagna miliare da lui personalmente guidata che in [[settembre]] portò all'arresto di circa 40.000 [[ribelli]].
Col passare dei mesi però, le forze a lui ostili, dei [[Mujaheddin]], [[Fondamentalismo islamico|fondamentalisti islamici]], si fecero sempre più aggressive: essi riuscirono a conquistare zone intorno a [[Herat]] e [[Kandahar]]. Najibullah fece delle mosse per cercare di venire a patti con i ribelli: promosse una nuova costituzione nel novembre del 1987, offrì seggi e ministri ai partiti d'opposizione e cambiò il nome dello Stato, che divenne semplicemente "Repubblica dell'Afghanistan".
Tuttavia glii agguerriti musulmani[[Mujaheddin]] non scesero a compromessi e a nulla valse la nomina dell'apartitico [[Mir Hussein Sharq]] come Primo Ministro: la lotta continuò e Najibullah espresse le sue preoccupazioni riguardo la [[guerra civile]] all'assemblea della [[Nazioni Unite]] il [[7 giugno]] [[1988]].
