Human microbiome project

Il “Human microbiome project” è una iniziativa del NIH (Agenzia della Ministero della Salute Statunitense) con il fine di identificare e caratterizzare i microrganismi ed il loro rapporto con lo stato di salute e di malattia dell'uomo. E' un progetto di 5 anni , con un budget complessivo di 115 millioni di $.
Cominciamo con il definire il microbioma come la somma di tutti i microorganismi presenti in un determinato individuo^[1].
Un aspetto importante per capire quest'area di ricerca è che i microorganismi oltre ad essere correlati alle malattie, paiono essere correlati anche allo stato di salute della persona^[2].
Quindi il fine ultimo di questo e di simili studi del NIH sul microbioma è la dimostrazione o la confutazione che pochi cambiamenti del microbioma umano, possano essere associati con la sanità o malattia umana.

Contesto ed importanza del HMP

Il numero totale di cellule microbiche associate agli umani, possono essere 10 volte il numero complessivo di cellule componenti il corpo umano.^[3]
Il genoma umano è composto di circa 20.000 geni, non tanto di più di quelli della Drosophila melanogaster.
Si può pensare che il genoma di un umano e del microbioma forniscano tratti non presenti nel genoma umano. Quindi in quest'ottica un essere umano va concepito come composto da cellule umane e microbiche^[4]
I geni associali al microbioma umano, può essere 100 volte il numero dei geni umani.
Molti di questi non sono ancora stati allevati in coltura, identificati od altrimenti caratterizzati. I microrganismi del microbioma umano sono: batteri, funghi, protozoi,elminti e virus , i quali contengono pure virus che infettano il microbioma umano (batteriofagi).
Il Human microbiome project è considerato come la ovvia continuazione del sequenziamento del genoma umano.

Aspetti della ricerca

Esistono diversi approcci (all'interno del Human microbiome project) per quanto concerne lo studio dell'interazione microbica, come la metagenomica (che fornisce una indagine approfondita su una singola comunità microbica) cosi' come il sequenziamento del genoma (che fornisce una profonda prospettiva genetica su perticolari aspetti di una data comunità microbica, ovvero su specie batteriche individuali).Quest'ultimo servirà come riferimento sequenze genomiche - 600 tali sequenze di singoli ceppi batterici sono attualmente previsto - a fini di confronto durante la successiva analisi metagenomica. Verranno effettuati studi in particolare sulla flora batterica di bocca, pelle, vagina, intestino, cavità nasali, polmoni.

Bibliografia

1. ^ http://phylogenomics.blogspot.com/2007/04/human-microbiome-program.html
2. ^ http://phylogenomics.blogspot.com/2007/04/human-microbiome-program.html
3. ^ Peter J. Turnbaug, Ruth E. Le, Micah Hamady, Claire M. Fraser-Liggett, Rob Knight & Jeffrey I. Gordon “The Human Microbiome Project” Nature 449, 804-810, 18 October 2007
4. ^ Peter J. Turnbaug, Ruth E. Le, Micah Hamady, Claire M. Fraser-Liggett, Rob Knight & Jeffrey I. Gordon “The Human Microbiome Project” Nature 449, 804-810, 18 October 2007

Collegamenti esterni

• Human microbiome project
• 2008, Request for applications, Human Microbiome Demonstration Projects (UH2/UH3) (May 22, 2008 = deadline for submission)
• 2008, Request for applications, Metagenomic Analyses of the Oral Microbiome (R01)
• 2007, Article, "The Human Microbiome Project", as published in Nature
• 2006, Lay summary of colon microbiome study (the actual study: Gill et al., 2006)
• 2006 (or 2005), Proposal, Human Gut Microbiome Initiative (HGMI)