Open reading frame: differenze tra le versioni

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== Definizioni ==

Ci sono le [[Definizione|definizioni]] diverse per una ORF: La puòPuò essere la sequenza limitata di un codone d'inizio e un codone di stop, però anche di due codoni di stop (ciascuno all'inizio e alla fine della ORF). <ref>Claverie, J.-M. (1997) Computational methods for the identification of genes in vertebrate genomic sequences. ''Hum. Mol. Genet.'' '''6''', 1735–1744.</ref><ref>P. Sieber, M. Platzer, S. Schuster (2018) The definition of open reading frame revisited. ''Trends Genet.'' '''34''', 167-170.</ref>

Nei geni [[eucarioti|eucariotici]] con [[esone|esoni]] multipli, gli [[introne|introni]] sono rimossi e gli esoni vengono uniti dopo la [[trascrizione]] per produrre l'[[RNA messaggero|mRNA]] finale per la [[Sintesi proteica|traduzione]] della proteina. Quindi, la definizione di ORF da start a stop si applica solo agli mRNA dopo lo [[splicing]], non al DNA genomico. Gli introni possono contenere codoni di stop e/o causare spostamenti tra i quadri di lettura. La definizione alternativa dice che una ORF è una sequenza che ha una lunghezza divisibile per tre ed è senza codoni di stop. Questa definizione più generale può essere utile anche nel contesto della [[trascrittomica]] e della [[metagenomica]], dove il codone di inizio e/o stop può non essere presente nelle sequenze ottenute. In questo caso, una ORF corrisponde a una parte di un gene piuttosto che al gene completo.

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Nel DNA, la CDS si trova all'interno degli esoni ed inizia con una sequenza abbastanza ricorrente detta [[sequenza di Kozak]], composta dalla sequenza ATG la quale si può presentare in 3 varianti:

# La prima presenta in posizione -3 rispetto alla CDS, intendendo con (-) i [[nucleotide|nucleotidi]] presenti nella sequenza, una [[adenosina]] o una [[guanina]] (es. '''A'''CG'''ATG''')

# La seconda presenta una [[guanosina]] subito dopo la sequenza di inizio (es. '''ATGGATG'''C'''G''')

# La terza presenta in posizione +3 una guanosina ('''ATGG''').