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{{Nota disambigua|altri significati di questa parola|[[Blast]]|BLAST}}

In [[bioinformatica]], '''BLAST''' ('''B'''asic '''L'''ocal '''A'''lignment '''S'''earch '''T'''ool, ovvero strumento di ricerca di allineamento locale) è un [[algoritmo]] usato per comparare le informazioni contenute nelle [[struttura primaria|strutture biologiche primarie]], come ad esempio le sequenze [[proteina|proteiche]] o le sequenze [[nucleotide|nucleotidiche]] delle molecole di [[DNA]]. Una ''ricerca BLAST'' permette al ricercatore di confrontare una sequenza di interesse con un [[database]] di sequenze già conosciute, e di identificare tra queste ultime quelle che presentano delle somiglianze con la sequenza di interesse. Ad esempio, in seguito alla scoperta di un [[gene]] di [[Mus musculus|topo]], prima sconosciuto, gli scienziati tipicamente compiono una ricerca BLAST nel [[genoma umano]] per vedere se contiene geni con sequenze somiglianti; una volta trovati i due geni "affini" si può indagare sperimentalmente la funzione di quello proveniente dal topo e ottenere così indizi sulla possibile funzione di quello umano.

== Collegamenti esterniFunzionamento ==

Una ''ricerca BLAST'' permette al ricercatore di confrontare una sequenza di interesse con un [[database]] di sequenze già conosciute, e di identificare tra queste ultime quelle che presentano delle somiglianze con la sequenza di interesse.<ref>{{Cita web|url=https://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi?CMD%20=%20Web&PAGE_TYPE%20=%20BlastDocs&DOC_TYPE%20=%20DeveloperInfo|titolo=BLAST: Basic Local Alignment Search Tool|sito=blast.ncbi.nlm.nih.gov|lingua=en|accesso=23 febbraio 2022}}</ref><ref name=":0">{{Cita libro|autore=David W. Mount|titolo=Bioinformatics Sequence and Genome Analysis|annooriginale=2004|lingua=en|ISBN=978-0-87969-712-9}}</ref><ref>{{Cita pubblicazione|nome=Won Cheol|cognome=Yim|nome2=John C.|cognome2=Cushman|data=22 giugno 2017|titolo=Divide and Conquer (DC) BLAST: fast and easy BLAST execution within HPC environments|rivista=PeerJ|volume=5|pp=e3486|lingua=en|accesso=23 febbraio 2022|doi=10.7717/peerj.3486|url=https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC5483034/}}</ref> Ad esempio, in seguito alla scoperta di un [[gene]] di [[Mus musculus|topo]], prima sconosciuto, gli scienziati tipicamente compiono una ricerca BLAST nel [[genoma umano]] per vedere se contiene geni con sequenze somiglianti; una volta trovati i due geni "affini" si può indagare sperimentalmente la funzione di quello proveniente dal topo e ottenere così indizi sulla possibile funzione di quello umano.

* [http://www.ncbi.nlm.nih.gov/BLAST/ Il sito internet di NCBI-BLAST ]

* [http://www.fsa-blast.org/ FSA-BLAST] - Una nuova, più veloce, ma accurata versione NCBI BLAST basato miglioramenti dell'algoritmo.

* [http://services.nbic.nl:4080/bb/cgi-bin/bb_login.cgi NBIC mpiBLAST] - BLAST del Centro Bioinformatico Olandese.

È possibile suddividere l'algoritmo BLAST in 3 principali fasi:

# Creazione di un elenco di parole di lunghezza W della sequenza query.

# Ricerca delle parole W all'interno della banca dati.

# Elongazione delle sequenze di hit, cioè quelle trovate, ed assegnamento di uno score. Tali sequenze saranno date da un allineamento di tipo locale.

Le sequenze che si andranno a considerare saranno solo quelle il cui score supera una certa soglia di threshold T, che verranno chiamate HSP ('''H'''igh-scoring '''S'''egment '''P'''air).<ref name=":0" />

== Note ==

<references />

== Collegamenti esterni ==

* [http{{cita web|url=https://www.ncbi.nlm.nih.gov/BLAST/ |titolo=Il sito internet di NCBI-BLAST ]}}

* [https://web.archive.org/web/20180930185127/http://www.mpiblast.org/ mpiBLAST] - mpiBLAST è un'implementazione parallela e open-source di NCBI BLAST

{{Controllo di autorità}}

[[categoria:Bioinformatica]]

[[categoria:Biotecnologie]]

[[categoriaCategoria:Bioinformatica]]

[[ca:BLAST]]

[[categoriaCategoria:Biotecnologie]]

[[de:BLAST-Algorithmus]]

[[en:BLAST]]

[[es:BLAST]]

[[fr:Basic Local Alignment Search Tool]]

[[ja:BLAST]]

[[nl:BLAST]]

[[no:Blast]]

[[pt:BLAST]]

[[ru:BLAST]]

[[vi:BLAST]]

[[zh:BLAST (生物資訊學)]]