Cresce nella cantera del [[Defensor Sporting Club|Defensor]], col quale esordisce nel [[2006]] nel campionato uruguaiano.<ref name=":0">{{Cita web|lingua=en|url=https://www.mlssoccer.com/players/pablo-pintos/|titolo=Pablo Pintos {{!}} MLSsoccer.com|sito=mlssoccer|accesso=2025-01-08}}</ref> Gioca in tutto tre stagioni nel club di [[Montevideo]].<ref name=":0" />
Nel [[2009]] viene acquistato dagli argentini del [[Club Atlético San Lorenzo de Almagro|San Lorenzo]].<ref name=":0" />
Nell'estate del [[2010]] il cartellino del difensore uruguagiouruguaiano viene acquistato dalla [[Società Sportiva Lazio|Lazio]], che però, pur avendo avuto il calciatore nel ritiro estivo, si vede costretta a non poter depositare il contratto in [[Lega Nazionale Professionisti|Lega]] per il problema relativo alle restrizioni sul tesseramento degli extracomunitari.<ref>{{Cita web|lingua=it|url=https://www.lalaziosiamonoi.it/news/lazio-l-ex-pablo-pintos-ricorda-il-san-lorenzo-e-l-exploit-per-l-europa-180769|titolo=Lazio {{!}} L'ex Pablo Pintos ricorda il San Lorenzo e l'exploit per l'Europa|sito=La Lazio Siamo Noi|accesso=2025-01-08}}</ref> Con la rinuncia del club romano, Pintos va quindi a giocare per la stagione 2010-2011 nella squadra spagnola del [[Getafe Club de Fútbol|Getafe]], con la quale firma un contratto di cinque anni.<ref>{{Cita news|url=http://www.lagazzettadelmezzogiorno.it/notizia.php?IDNotizia=362384|titolo=Lazio: uruguaiano Pintos al Getafe|pubblicazione=[[La Gazzetta del Mezzogiorno]]|giorno=30|mese=agosto|anno=2010|accesso=13 luglio 2012|urlmorto=sì}}</ref>.
Il 2 febbraio [[2012]] torna in prestito semestrale al [[Defensor Sporting Club|Defensor]].<ref name=":0" />
Il 13 luglio [[2012]] viene ceduto dagli spagnoli, a titolo definitivo, ai turchi del [[Kasımpaşa Spor Kulübü|Kasimpaşa]].<ref>{{cita web|url=http://www.getafecf.com/index.php?option=com_content&task=view&id=3834&Itemid=22|lingua=es|data=13 luglio 2012|titolo=Pintos traspasado|editore=Getafecf.com|accesso=13 luglio 2012|urlmorto=sì}}</ref>. Successivamente, dopo vari trasferimenti, si accasa al [[Liverpool Fútbol Club|Liverpool di Montevideo]].
