ImageJ: differenze tra le versioni

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(9 versioni intermedie di 6 utenti non mostrate)

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|Didascalia = varie schermate di plugin diversi di ImageJ<br />per la microscopia, in esecuzione.

|Sviluppatore = Wayne Rasband ([[National Institutes of Health|NIH]])

|UltimaVersione = 1.52t

|DataUltimaVersione = 30 gennaio 2020

|UltimaVersioneBeta =

|DataUltimaVersioneBeta =

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}}

'''ImageJ''' è un programma informatico di [[elaborazione digitale delle immagini]], rilasciato nel [[pubblico dominio]], basato su [[Sun Microsystems|Sun]]-[[Java (linguaggio di programmazione)|Java]]; sviluppato dal [[National Institutes of Health]] degli [[Stati Uniti]].<ref>{{Cita pubblicazione |autore=Collins TJ |titolo=ImageJ for microscopy |rivista=BioTechniques |volume=43 |numero=1 Suppl |pp=25–3025-30 |anno=2007 |mese=luglio|pmid=17936939 |doi= 10.2144/000112517}}</ref> ImageJ è stato progettato con una [[open architecture]] che prevede la possibilità di avere estensioni tramite piccoli sottoprogrammi "[[plugin (informatica)|plugin]] Java" e molte [[macro (informatica)|macro]] registrabili.<ref>{{Cita pubblicazione |autore=Girish V, Vijayalakshmi A |titolo=Affordable image analysis using NIH Image/ImageJ |rivista=Indian J Cancer |volume=41 |numero=1 |p=47 |anno=2004 |url=http://www.bioline.org.br/request?cn04009 |pmid=15105580 }}</ref>

Sono disponibili dei plugin "ad hoc" per l'acquisizione, l'analisi ed il processamento delle immagini, che possono essere "stacks", cioè fettine impilate di una sezione cubica (formati da [[voxel]] di dati a 8, 16 o 32 bit, caratterizzati da avere coordinate topografiche tridimensionali) memorizzate come un unico file, che possono essere in seguito evidenziate (ROI), trasformate, rigirate o deformate in base a diversi criteri.

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== Caratteristiche ==

=== Editor di plugin ===

ImageJ possiede un editor di plugin incorporato ed un [[compilatore]] Java. Molti plugin scritti dagli utenti gli rendono possibile risolvere molti problemi di processamento delle immagini e di analisi, dalla visualizzazione di cellule viventi tridimensionali,<ref>{{Cita pubblicazione |autore=Eliceiri K, Rueden C |titolo=Tools for visualizing multidimensional images from living specimens |rivista=Photochem Photobiol |volume=81 |numero=5 |pp=1116–221116-22 |anno=2005 |pmid=15807634 |doi=10.1562/2004-11-22-IR-377}}</ref> all'image processing in [[radiologia]],<ref>{{Cita pubblicazione |autore=Barboriak D, Padua A, York G, Macfall J |titolo=Creation of DICOM–aware applications using ImageJ |rivista=J Digit Imaging |volume=18 |numero=2 |pp=91–991-9 |anno=2005 |pmid=15827831 |doi=10.1007/s10278-004-1879-4}}</ref> il confronto tra i dati di molteplici sistemi di imaging<ref>{{Cita pubblicazione |autore=Rajwa B, McNally H, Varadharajan P, Sturgis J, Robinson J |titolo=AFM/CLSM data visualization and comparison using an open-source toolkit |rivista=Microsc Res Tech |volume=64 |numero=2 |pp=176–84176-84 |anno=2004 |pmid=15352089 |doi=10.1002/jemt.20067}}</ref> fino a sistemi automatizzati per l'[[ematologia]].<ref>{{Cita pubblicazione |autore=Gering E, Atkinson C |titolo=A rapid method for counting nucleated erythrocytes on stained blood smears by digital image analysis |rivista=J Parasitol |volume=90 |numero=4 |pp=879–81879-81 |anno=2004 |pmid=15357090 |doi=10.1645/GE-222R}}</ref>

L'architettura a plugin di imageJ e l'ambiente di sviluppo in esso incorporato lo hanno reso una piattaforma molto popolare per l'insegnamento del processamento delle immagini.<ref>{{Cita libro | autore = Burger W, Burge M| titolo = Digital Image Processing: An Algorithmic Approach Using Java | editore = [[Springer Science+Business Media|Springer]] | data = 2007 | url = http://www.imagingbook.com/ |isbn = 1-84628-379-5 }}</ref><ref>{{Cita libro | autore = Dougherty, G | titolo = Digital Image Processing for Medical Applications | editore = [[Cambridge University Press]] | data = 2009 | url = http://www.cambridge.org/9780521860857 |isbn = 978-0-521-86085-7 }}</ref>

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=== Funzioni di calcolo e trasformazioni ===

ImageJ può calcolatecalcolare l'area e le statistiche dei valore dei [[pixel]] in selezioni definite dall'utente e di oggetti segmentati in base a soglie di intensità. Può anche misurare distanze e angoli. Può creare [[Istogramma|istogrammi]] di densità e tracciare delle linee profilo (tra punti definiti). Supporta le funzioni di elaborazione standard delle immagini, come operazioni di tipo logico e aritmetico tra immagini, regolazione di luminosità e contrasto, [[convoluzione]], [[analisi di Fourier]], incremento della [[nitidezza]], lo [[smoothing]], riconoscimento dei contorni e [[filtraggio mediano]], morfologia matematica. Esegue anche trasformazioni geometriche come lo ''[[Scaling (geometria)|scaling]]'', rotazione e riflessione. Il programma può aprire qualsiasi numero di immagini simultaneamente, limitato soltanto dalla memoria [[RAM]] disponibile nel computer.

=== Manuali in italiano ===

* [https://web.archive.org/web/20100331082003/http://svg.dmi.unict.it/iplab/imagej/downloads/relazione.pdf Manuale-relazione su alcuni comandi e plugin di ImageJ] (scritto da studenti dell'Università di Catania)

* {{collegamento interrotto|1=[http://www.fcm.in.cnr.it/lsbm/testi/tecnofisica/docs/mr-Lezione_1b.ppt Manuale-tutorial del CNR] |datedata=marzo 2018 |bot=InternetArchiveBot }} ([[powerpoint]])

* [http://www.di.uniba.it Università di Bari]: [http://www.di.uniba.it/~ig/TextureAnalysis/GuidaApplet.html come costruire e distribuire un plugin-applet java per Image J]

* {{cita web|http://mitel.dimi.uniud.it/lavim/immagini/|Università di Udine: esercizi online di introduzione a ImageJ}}

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== Collegamenti esterni ==

* {{Collegamenti esterni}}

* [https://web.archive.org/web/20100331082003/http://svg.dmi.unict.it/iplab/imagej/downloads/relazione.pdf Manuale in italiano] (pdf scaricabile ma non stampabile)

* {{cita web|http://rsb.info.nih.gov/ij|ImageJ home|lingua=en}}

* {{cita web|http://imagejdocu.tudor.lu/|ImageJ Documentation Wiki|lingua=en}}

* {{en}} [https://web.archive.org/web/20070312052602/http://www.sas.org/tcs/weeklyIssues_2005/2005-10-21/feature2/ Review of ImageJ] by [[Forrest Mims III]] in ''The Citizen Scientist'', the journal of the [[Society for Amateur Scientists]].

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* {{cita web|http://rsb.info.nih.gov/ij/plugins/index.html|ImageJ Plugin home|lingua=en}}

* {{en}} [http://ij-plugins.sourceforge.net/ ImageJ Plugin Project] @ Sourceforge.net

* {{cita web|1=http://bij.isi.uu.nl/|2=Bio-medical Imaging plugins|lingua=en|accesso=25 novembre 2009|dataarchivio=15 gennaio 2020|urlarchivio=https://web.archive.org/web/20200115172438/http://bij.isi.uu.nl/|urlmorto=sì}}

* {{cita web|1=http://www.kangli.org/code/Image_Stabilizer.html|2=The Image Stabilizer plugin for ImageJ|lingua=en|accesso=28 dicembre 2021|urlarchivio=https://web.archive.org/web/20160422073227/http://www.kangli.org/code/Image_Stabilizer.html|dataarchivio=22 aprile 2016|urlmorto=sì}}

* {{en}} [https://web.archive.org/web/20070312023744/http://www.optinav.com/imagej.html OptiNav plugin set]: Aeroacoustics, real time histograms, deconvolutions.

* Large [https://web.archive.org/web/20070210085531/http://www.dentistry.bham.ac.uk/landinig/software/software.html set of plugins] by Gabriel Landini

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* {{en}} [http://www.ulfdittmer.com/imagej/ Various plugins] by Ulf Dittmer: Expression, HPGLReader, OpenGLExample, Pixellate, Seam Carving, Warp

* {{en}} [https://web.archive.org/web/20110501063712/http://fly.mpi-cbg.de/~saalfeld/ SIFT-implementation] by Stephan Saalfeld: A lightweight SIFT-implementation under GPL, see more about [[Scale-invariant feature transform|SIFT algorithm]]

* {{es}} [http://biocomp.cnb.csic.es/~iarganda/bUnwarpJ/ bUnwarpJ] {{Webarchive|url=https://web.archive.org/web/20091214155055/http://biocomp.cnb.csic.es/%7Eiarganda/bUnwarpJ/ |datedata=14 dicembre 2009 }} by Ignacio Arganda-Carreras: a plugin for consistent and elastic image registration.

* {{en}} [http://bigwww.epfl.ch/algorithms.html Plugins] of the Biomedical Imaging Group (EPFL)

* {{en}} [http://bigwww.epfl.ch/iplab/ Teaching image-processing programming in Java] {{Webarchive|url=https://web.archive.org/web/20110706225754/http://bigwww.epfl.ch/iplab/ |date=6 luglio 2011 }} with plugins of ImageJ

* {{cita web|url=http://imagejdocu.tudor.lu/doku.php?id=plugin:inputoutput:the_tudor_dicom_toolkit:start|titolo=Tudor DICOM Tools|lingua=en}}

=== NIH Image ===

* {{cita web|1=http://rsb.info.nih.gov/ij/|2=Home page del National Institute of Health Image|lingua=en|accesso=25 novembre 2009|dataarchivio=3 gennaio 2013|urlarchivio=https://web.archive.org/web/20130103131010/http://rsb.info.nih.gov/ij/|urlmorto=sì}}

* {{cita web|1=http://www.scioncorp.com/pages/scion_image_windows.htm|2=Scion Image Download|lingua=en|accesso=25 novembre 2009|urlarchivio=https://web.archive.org/web/20090420124343/http://www.scioncorp.com/pages/scion_image_windows.htm|dataarchivio=20 aprile 2009|urlmorto=sì}}