ImageJ: differenze tra le versioni

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{{Software

{{T|lingua=inglese|argomento=informatica|mese=novembre 2009}}

|Nome = ImageJ

|DimensioneLogo = 60px

<!--

|Screenshot = ImageJScreenshot.png

{{Infobox Software

|Didascalia = varie schermate di plugin diversi di ImageJ<br />per la microscopia, in esecuzione.

| name = ImageJ

|Sviluppatore = Wayne Rasband ([[National Institutes of Health|NIH]])

| logo = [[Image:ImageJLogo.png|25px|ImageJ]]

|UltimaVersione =

| screenshot = [[Image:ImageJScreenshot.png|250px]]

|DataUltimaVersione =

| caption = Screenshot of ImageJ

|UltimaVersioneBeta =

| developer = Wayne Rasband ([[National Institutes of Health|NIH]])

|DataUltimaVersioneBeta =

| latest_release_version = 1.42

|SistemaOperativo = GNU/Linux

| latest_release_date = {{release date|2009|6|8}}

|SistemaOperativo2 = Mac OS X

| operating_system = Any ([[Java platform|Java]]-based)| genre = [[Image processing]]

|SistemaOperativo3 = Unix

| license = [[Public Domain]]

|Genere = Elaborazione digitale delle immagini

| genre = [[Image processing]]

|Licenza = [[Dominio pubblico]]

| website = http://rsb.info.nih.gov/ij/

|Lingua =

|SoftwareLibero = sì

|SitoWeb = https://imagej.nih.gov/ij/index.html

|SistemaOperativo4 = Windows

}}

-->

'''ImageJ''' è un programma informatico di [[elaborazione digitale delle immagini]], rilasciato nel [[pubblico dominio]], basato su [[Sun Microsystems|Sun]]-[[Java (linguaggio)|Java]]; sviluppato dal [[National Institutes of Health]] degli [[Stati Uniti]].<ref>{{cite journal |author=Collins TJ |title=ImageJ for microscopy |journal=BioTechniques |volume=43 |issue=1 Suppl |pages=25–30 |year=2007 |month=July |pmid=17936939 |doi= 10.2144/000112517|url=}}</ref> ImageJ è stato progettato con una [[:en:open architecture]] che provede la possibilità di avere estensioni tramite piccoli sottoporgrammi "[[plugin]] Java" e molte [[macro]] registrabili. <ref>{{cite journal |author=Girish V, Vijayalakshmi A |title=Affordable image analysis using NIH Image/ImageJ |journal=Indian J Cancer |volume=41 |issue=1 |pages=47 |year=2004 |url=http://www.bioline.org.br/request?cn04009 | pmid=15105580}}</ref>

'''ImageJ''' è un programma informatico di [[elaborazione digitale delle immagini]], rilasciato nel [[pubblico dominio]], basato su [[Sun Microsystems|Sun]]-[[Java (linguaggio di programmazione)|Java]]; sviluppato dal [[National Institutes of Health]] degli [[Stati Uniti]].<ref>{{Cita pubblicazione |autore=Collins TJ |titolo=ImageJ for microscopy |rivista=BioTechniques |volume=43 |numero=1 Suppl |pp=25-30 |anno=2007 |mese=luglio|pmid=17936939 |doi= 10.2144/000112517}}</ref> ImageJ è stato progettato con una [[open architecture]] che prevede la possibilità di avere estensioni tramite piccoli sottoprogrammi "[[plugin (informatica)|plugin]] Java" e molte [[macro (informatica)|macro]] registrabili.<ref>{{Cita pubblicazione |autore=Girish V, Vijayalakshmi A |titolo=Affordable image analysis using NIH Image/ImageJ |rivista=Indian J Cancer |volume=41 |numero=1 |p=47 |anno=2004 |url=http://www.bioline.org.br/request?cn04009 |pmid=15105580 }}</ref>

Sono disponibili dei [[plugin]] "ad hoc" per l'acquisizione, l'analisi ed il processamento delle immagini, che possono essere "stacks" cioè fettine impilate di una sezione cubica (formati da [[voxel]] di dati a 8, 16 o 32 bit, caratterizzati da avere coordinate topografiche tridimensionali) memorizzate come un unico file, che possono essere in seguito evidenziate (ROI), trasformate, rigirate o deformate in base a diversi criteri.

Sono disponibili dei plugin "ad hoc" per l'acquisizione, l'analisi ed il processamento delle immagini, che possono essere "stacks", cioè fettine impilate di una sezione cubica (formati da [[voxel]] di dati a 8, 16 o 32 bit, caratterizzati da avere coordinate topografiche tridimensionali) memorizzate come un unico file, che possono essere in seguito evidenziate (ROI), trasformate, rigirate o deformate in base a diversi criteri.

ImageJ possiede un editor di plugin incorporato ed un [[compilatore]] Java compiler. Molti plugin scritti dagli utenti gli rendono possibile risolvere molti problemi di processamento delle immagini e di analisi, dalla visualizzazione di cellule viventi tridimensionali, <ref>{{cite journal |author=Eliceiri K, Rueden C |title=Tools for visualizing multidimensional images from living specimens |journal=Photochem Photobiol |volume=81 |issue=5 |pages=1116–22 |year=2005 |pmid=15807634 |doi=10.1562/2004-11-22-IR-377}}</ref> to [[Radiology|radiological]] image processing,<ref>{{cite journal |author=Barboriak D, Padua A, York G, Macfall J |title=Creation of DICOM&ndash;aware applications using ImageJ |journal=J Digit Imaging |volume=18 |issue=2 |pages=91–9 |year=2005 |pmid=15827831 |doi=10.1007/s10278-004-1879-4}}</ref> il confronto tra i dati di molteplici sistemi di imaging <ref>{{cite journal |author=Rajwa B, McNally H, Varadharajan P, Sturgis J, Robinson J |title=AFM/CLSM data visualization and comparison using an open-source toolkit |journal=Microsc Res Tech |volume=64 |issue=2 |pages=176–84 |year=2004 |pmid=15352089 |doi=10.1002/jemt.20067}}</ref> fino a sistemi automatizzati per l'[[ematologia]]. <ref>{{cite journal |author=Gering E, Atkinson C |title=A rapid method for counting nucleated erythrocytes on stained blood smears by digital image analysis |journal=J Parasitol |volume=90 |issue=4 |pages=879–81 |year=2004 |pmid=15357090 |doi=10.1645/GE-222R}}</ref> L'architettura a plugin di Image ed l'ambiente di sviluppo in esso incorporato lo hanno reso una piattaforma molto popolare per l'insegnamento del processamento delle immagini. <ref>{{cite book | author = Burger W, Burge M| title = Digital Image Processing: An Algorithmic Approach Using Java | publisher = [[Springer Science+Business Media|Springer]] | date = 2007 | url = http://www.imagingbook.com/ | isbn = 1846283795 | ISBN status = May be invalid - please double check }}</ref><ref>{{cite book | author = Dougherty, G | title = Digital Image Processing for Medical Applications | publisher = [[Cambridge University Press]] | date = 2009 | url = http://www.cambridge.org/9780521860857 | isbn = 9780521860857 | ISBN status = May be invalid - please double check }}</ref>

== Caratteristiche ==

ImageJ può essere fatto girate come un [[applet]] online, come un'[[applicazione]] scaricabile dalla rete, oppure su qualsiasi computer (Mac, Linux, Windows) che abbia caricata la [[:en:virtual machine]] Java 1.4 o versioni posteriori. Versioni scaricabili dalla rete sono disponibili per [[Microsoft Windows]], [[Mac OS]], [[Mac OS X]], [[Linux]], e per l'[[organizer]] [[Sharp Zaurus|Sharp Zaurus PDA]]. Il [[codice sorgente]] per ImageJ è il seguente: [http://rsb.info.nih.gov/ij/developer/index.html freely available].<ref>{{cite journal |author=Rueden CT, Eliceiri KW |title=Visualization approaches for multidimensional biological image data |journal=BioTechniques |volume=43 |issue=1 Suppl |pages=31, 33–6 |year=2007 |month=July |pmid=17936940 |doi= 10.2144/000112511|url=}}</ref>

=== Editor di plugin ===

ImageJ possiede un editor di plugin incorporato ed un [[compilatore]] Java. Molti plugin scritti dagli utenti gli rendono possibile risolvere molti problemi di processamento delle immagini e di analisi, dalla visualizzazione di cellule viventi tridimensionali,<ref>{{Cita pubblicazione |autore=Eliceiri K, Rueden C |titolo=Tools for visualizing multidimensional images from living specimens |rivista=Photochem Photobiol |volume=81 |numero=5 |pp=1116-22 |anno=2005 |pmid=15807634 |doi=10.1562/2004-11-22-IR-377}}</ref> all'image processing in [[radiologia]],<ref>{{Cita pubblicazione |autore=Barboriak D, Padua A, York G, Macfall J |titolo=Creation of DICOM–aware applications using ImageJ |rivista=J Digit Imaging |volume=18 |numero=2 |pp=91-9 |anno=2005 |pmid=15827831 |doi=10.1007/s10278-004-1879-4}}</ref> il confronto tra i dati di molteplici sistemi di imaging<ref>{{Cita pubblicazione |autore=Rajwa B, McNally H, Varadharajan P, Sturgis J, Robinson J |titolo=AFM/CLSM data visualization and comparison using an open-source toolkit |rivista=Microsc Res Tech |volume=64 |numero=2 |pp=176-84 |anno=2004 |pmid=15352089 |doi=10.1002/jemt.20067}}</ref> fino a sistemi automatizzati per l'[[ematologia]].<ref>{{Cita pubblicazione |autore=Gering E, Atkinson C |titolo=A rapid method for counting nucleated erythrocytes on stained blood smears by digital image analysis |rivista=J Parasitol |volume=90 |numero=4 |pp=879-81 |anno=2004 |pmid=15357090 |doi=10.1645/GE-222R}}</ref>

L'architettura a plugin di imageJ e l'ambiente di sviluppo in esso incorporato lo hanno reso una piattaforma molto popolare per l'insegnamento del processamento delle immagini.<ref>{{Cita libro | autore = Burger W, Burge M| titolo = Digital Image Processing: An Algorithmic Approach Using Java | editore = [[Springer Science+Business Media|Springer]] | data = 2007 | url = http://www.imagingbook.com/ |isbn = 1-84628-379-5 }}</ref><ref>{{Cita libro | autore = Dougherty, G | titolo = Digital Image Processing for Medical Applications | editore = [[Cambridge University Press]] | data = 2009 | url = http://www.cambridge.org/9780521860857 |isbn = 978-0-521-86085-7 }}</ref>

ImageJ può essere fatto girate come un [[applet]] online, come un'[[applicazione (informatica)|applicazione]] scaricabile dalla rete, oppure su qualsiasi computer (Mac, Linux, Windows) che abbia installato la [[macchina virtuale]] Java 1.4 o versioni posteriori. Versioni scaricabili dalla rete sono disponibili per [[Microsoft Windows]], [[Mac OS]], [[macOS]], [[Linux]], e per il [[computer palmare]] [[Sharp Corporation|Sharp]] [[Zaurus]]. Il [[codice sorgente]] per ImageJ è [http://rsb.info.nih.gov/ij/developer/index.html liberamente scaricabile].<ref>{{Cita pubblicazione |autore=Rueden CT, Eliceiri KW |titolo=Visualization approaches for multidimensional biological image data |rivista=BioTechniques |volume=43 |numero=1 Suppl |pp=31, 33–6 |anno=2007 |mese=luglio|pmid=17936940 |doi= 10.2144/000112511}}</ref>

Lo sviluppatore del progetto, Wayne Rasband, è un membro dell'istituto "Research Services Branch" del [[National Institute of Mental Health]] (USA).

=== Formati di immagine supportati ===

== Caratteristiche ==

ImageJ può visualizzare, editare, analizzare, processare, salvare, e stampare immagini a livelli di grigio (8 bit, 16 bit e 32 bit) ed a colori ([[8-bit color|8 bit]] e [[Truecolor|24 bit]]). Può leggere molti [[formati di immagine]] inclusi [[Tagged Image File Format|TIFF]], [[Portable Network Graphics|PNG]], [[Graphics Interchange Format|GIF]], [[JPEG]], [[Windows bitmap|BMP]], [[DICOM]], [[FITS]], così come anche alcuni formati "raw". ImageJ supporta gli ''stack'' di immagini, serie di immagini sovrapposte (sia spazialmente come "sezioni" di un corpo tridimensionale, sia temporalmente come una sequenza di immagini bi o tri-dimensionali, comunque denominate "slices") che condividono una singola finestra, ed è abilitato al [[Thread (informatica)|multithreading]], in modo che alcune operazioni che richiedono molto tempo di calcolo possano essere eseguite in parallelo su [[hardware]] multi-[[CPU]].

<!--

ImageJ can display, edit, analyze, process, save, and print [[8-bit color|8-bit]], [[Highcolor|16-bit]] and [[Truecolor|32-bit]] images. It can read many [[image formats]] including [[TIFF]], [[Portable Network Graphics|PNG]], [[GIF]], [[JPEG]], [[BMP]], [[DICOM]], [[FITS]], as well as raw formats. ImageJ supports image ''stacks'', a series of images that share a single window, and it is [[multithreaded]], so time-consuming operations can be performed in parallel on multi-CPU hardware. ImageJ can calculate area and pixel value statistics of user-defined selections and intensity thresholded objects. It can measure distances and angles. It can create density [[histograms]] and [[line profile plots]]. It supports standard image processing functions such as logical and arithmetical operations between images, contrast manipulation, [[convolution]], [[Fourier analysis]], sharpening, [[smoothing]], edge detection and [[median filtering]]. It does [[geometric transformations]] such as [[scaling]], rotation and flips. The program supports any number of images simultaneously, limited only by available memory.

=== Funzioni di calcolo e trasformazioni ===

-->

ImageJ può calcolare l'area e le statistiche dei valore dei [[pixel]] in selezioni definite dall'utente e di oggetti segmentati in base a soglie di intensità. Può anche misurare distanze e angoli. Può creare [[Istogramma|istogrammi]] di densità e tracciare delle linee profilo (tra punti definiti). Supporta le funzioni di elaborazione standard delle immagini, come operazioni di tipo logico e aritmetico tra immagini, regolazione di luminosità e contrasto, [[convoluzione]], [[analisi di Fourier]], incremento della [[nitidezza]], lo [[smoothing]], riconoscimento dei contorni e [[filtraggio mediano]], morfologia matematica. Esegue anche trasformazioni geometriche come lo ''[[Scaling (geometria)|scaling]]'', rotazione e riflessione. Il programma può aprire qualsiasi numero di immagini simultaneamente, limitato soltanto dalla memoria [[RAM]] disponibile nel computer.

=== Manuali in italiano ===

* [https://web.archive.org/web/20100331082003/http://svg.dmi.unict.it/iplab/imagej/downloads/relazione.pdf Manuale-relazione su alcuni comandi e plugin di ImageJ] (scritto da studenti dell'Università di Catania)

* {{collegamento interrotto|1=[http://www.fcm.in.cnr.it/lsbm/testi/tecnofisica/docs/mr-Lezione_1b.ppt Manuale-tutorial del CNR] |data=marzo 2018 |bot=InternetArchiveBot }} ([[powerpoint]])

* [http://www.di.uniba.it Università di Bari]: [http://www.di.uniba.it/~ig/TextureAnalysis/GuidaApplet.html come costruire e distribuire un plugin-applet java per Image J]

* {{cita web|http://mitel.dimi.uniud.it/lavim/immagini/|Università di Udine: esercizi online di introduzione a ImageJ}}

== Storia ==

Prima dell'uscita di ImageJ nel [[1997]], era disponibile ''NIH Image'', un sistema di analisi di immagini simile rilasciato come [[freeware]], che era stato sviluppato per il [[Macintosh]] per l'omonimo sistema operativo. Successivi sviluppi di questo codice continuano sotto il nome di [[Image SXM]], una variante messa a punto per la ricerca su immagini prodotte dal [[microscopio elettronico a scansione]]. Venne sviluppata anche una versione per [[Microsoft Windows|Windows]], [[Portabilità|portato]] su questa piattaforma dalla Scion Corporation. Entrambe le versioni sono ancora disponibili.<ref>{{Cita web |url=http://rsbweb.nih.gov/nih-image/about.html |titolo=NIH File: About |accesso=18 novembre 2008}}</ref>

<!--

Prior to the release of ImageJ in 1997, a similar freeware image analysis program known as ''NIH Image'' had been developed for [[Macintosh computers]] running pre-[[Mac OS X]] operating systems. Further development of this code continues in the form of [[Image SXM]], a variant tailored for physical research of scanning microscope images. A [[Microsoft Windows|Windows]] version – [[Porting|ported]] by Scion Corporation – was also developed. Both versions are still available.<ref>{{cite web |url=http://rsbweb.nih.gov/nih-image/about.html |title=NIH Image: About |accessdate=2008-11-18}}</ref>

-->

== Voci correlate ==

* [[:en:Microscope image processing]]

* [[:en:FIJI (software)|Fiji (Fiji Is Just ImageJ)]], an image processing package based on ImageJ

== Note ==

<references/>

<!-- ---------------------------------------------------------------

See http://en.wikipedia.org/wiki/Wikipedia:Footnotes for a

== Altri progetti ==

discussion of different citation methods and how to generate

{{interprogetto}}

footnotes using the <ref> & </ref> tags and the {{Reflist}} template

-------------------------------------------------------------------- -->

{{Reflist|2}}

== Collegamenti esterni ==

* {{Collegamenti esterni}}

* {{en}} [http://rsb.info.nih.gov/ij ImageJ home]

* [https://web.archive.org/web/20100331082003/http://svg.dmi.unict.it/iplab/imagej/downloads/relazione.pdf Manuale in italiano] (pdf scaricabile ma non stampabile)

* {{en}} [http://imagejdocu.tudor.lu/ ImageJ Documentation Wiki]

* {{cita web|http://imagejdocu.tudor.lu/|ImageJ Documentation Wiki|lingua=en}}
* {{en}} [https://web.archive.org/web/20070312052602/http://www.sas.org/tcs/weeklyIssues_2005/2005-10-21/feature2/ Review of ImageJ] by [[Forrest Mims III]] in ''The Citizen Scientist'', the journal of the [[Society for Amateur Scientists]].

=== Distribuzioni ===

* {{en}} [https://web.archive.org/web/20091125081210/http://www.macbiophotonics.ca/imagej/ ImageJ for Microscopy] - from the [[McMaster University|McMaster]] Biophotonics Facility

* {{en}} [httphttps://pacificfiji.mpi-cbg.de/wikisc/ Fiji] (Fiji is Just ImageJ): An ImageJ bundled distribution; many scripting languages supported (see [https://web.archive.org/web/20110131173036/http://pacific.mpi-cbg.de/wiki/index.php/Category:Scripting Scripting]). Fiji focuses on image registration, stitching, segmentation and 3D visualization.

* {{en}} [http://imagejdocu.tudor.lu Wiki di istruzioni per il Tudor DICOM Tools] (sito nel [[Lussemburgo]])

=== Plugins ===

* {{en}}cita [web|http://rsb.info.nih.gov/ij/plugins/index.html |ImageJ Plugin home]|lingua=en}}

* {{en}} [http://ij-plugins.sourceforge.net/ ImageJ Plugin Project] @ Sourceforge.net

* {{en}}cita [web|1=http://bij.isi.uu.nl/ |2=Bio-medical Imaging plugins]|lingua=en|accesso=25 novembre 2009|dataarchivio=15 gennaio 2020|urlarchivio=https://web.archive.org/web/20200115172438/http://bij.isi.uu.nl/|urlmorto=sì}}

* {{en}}cita [web|1=http://www.cs.cmukangli.edu/~kangliorg/code/Image_Stabilizer.html |2=The imageImage stabilizerStabilizer plugin for ImageJ]|lingua=en|accesso=28 dicembre 2021|urlarchivio=https://web.archive.org/web/20160422073227/http://www.kangli.org/code/Image_Stabilizer.html|dataarchivio=22 aprile 2016|urlmorto=sì}}

* {{en}} [https://web.archive.org/web/20070312023744/http://www.optinav.com/imagej.html OptiNav plugin set]: Aeroacoustics, real time histograms, deconvolutions.

* Large [https://web.archive.org/web/20070210085531/http://www.dentistry.bham.ac.uk/landinig/software/software.html set of plugins] by Gabriel Landini

* {{en}} Albert Cardona's [https://web.archive.org/web/20070311081420/http://www.mcdb.ucla.edu/research/hartenstein/software/imagej/index.html 3D editing plugins].

* {{en}} Plugins for [http://www.gcsca.net surface assessment] from GCSCA

* {{en}} [https://web.archive.org/web/20070310233134/http://www.ini.unizh.ch/~acardona/trakem2.html TrakEM2]: a plugin for morphological data mining, 3D modeling, and image stitching, registration, editing and annotation.

* {{en}} [http://www.ulfdittmer.com/imagej/ Various plugins] by Ulf Dittmer: Expression, HPGLReader, OpenGLExample, Pixellate, Seam Carving, Warp

* {{en}} [https://web.archive.org/web/20110501063712/http://fly.mpi-cbg.de/~saalfeld/ SIFT-implementation] by Stephan Saalfeld: A lightweight SIFT-implementation under GPL, see more about [[Scale-invariant feature transform|SIFT algorithm]]

* {{es}} [http://biocomp.cnb.csic.es/~iarganda/bUnwarpJ/ bUnwarpJ] {{Webarchive|url=https://web.archive.org/web/20091214155055/http://biocomp.cnb.csic.es/%7Eiarganda/bUnwarpJ/ |data=14 dicembre 2009 }} by Ignacio Arganda-Carreras: a plugin for consistent and elastic image registration.

* {{en}} [http://bigwww.epfl.ch/algorithms.html Plugins] of the Biomedical Imaging Group (EPFL)

* {{en}} [http://bigwww.epfl.ch/iplab/ Teaching image-processing programming in Java] {{Webarchive|url=https://web.archive.org/web/20110706225754/http://bigwww.epfl.ch/iplab/ |date=6 luglio 2011 }} with plugins of ImageJ

* {{cita web|url=http://imagejdocu.tudor.lu/doku.php?id=plugin:inputoutput:the_tudor_dicom_toolkit:start|titolo=Tudor DICOM Tools|lingua=en}}

=== NIH Image ===

* {{en}}cita [web|1=http://rsb.info.nih.gov/ij/ |2=Home page del National Institute of Health Image]|lingua=en|accesso=25 novembre 2009|dataarchivio=3 gennaio 2013|urlarchivio=https://web.archive.org/web/20130103131010/http://rsb.info.nih.gov/ij/|urlmorto=sì}}

* {{en}}cita [web|1=http://www.scioncorp.com/pages/scion_image_windows.htm |2=Scion Image Download]|lingua=en|accesso=25 novembre 2009|urlarchivio=https://web.archive.org/web/20090420124343/http://www.scioncorp.com/pages/scion_image_windows.htm|dataarchivio=20 aprile 2009|urlmorto=sì}}

{{Portale|informatica|medicina}}

<!--

[[Category:Free science software]]

[[Category:Image processing]]

[[Category:Java libraries]]

[[Category:Java platform software]]

[[Category:Free software programmed in Java]]

[[Category:Public ___domain software]]

-->

[[Categoria:Software per la matematica]]

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