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Amplified fragment length polymorphism: differenze tra le versioni

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{{C|Il titolo è in inglese, viene utilizzato tal quale in italiano oppure esiste una traduzione? Inoltre nell'incipit vengono citate solo delle sigle, non l'espressione intera, e nel testo c'è scritto che AFLP non è un acronimo e che non corrisponde a "Amplified fragment length polymorphism"|genetica|marzo 2013}}
La '''AFLP-PCR''' o semplicemente '''AFLP''' è un'analisi basata sulla [[Reazione a catena della polimerasi|PCR]] utilizzata in [[genetica]], per il [[DNA fingerprint]]ing, ed in [[Ingegneria genetica]].
 
E'È un metodo estremamente sensibile per individuare [[Polimorfismo_Polimorfismo (biologia)|polimorfismi]] a livello del [[DNA]], descritto per la prima volta da Vos et al. nel 1993.<ref>Zabeau, M and P. Vos. 1993. ''Selective restriction fragment amplification: a general method for DNA fingerprinting''. European Patent Office, publication 0 534 858 A1, bulletin 93/13.</ref><ref name=autogenerato1>{{citeCita journalpubblicazione |authorautore=Vos P, Hogers R, Bleeker M, ''et al.'' |titletitolo=AFLP: a new technique for DNA fingerprinting |journalrivista=Nucleic Acids Res. |volume=23 |issuenumero=21 |pagespp=4407–144407-14 |yearanno=1995 |monthmese=November novembre|pmidid=PMID 7501463 |pmc=307397 |url=httphttps://nar.oxfordjournals.org/cgi/pmidlookup?view=long&pmid=7501463 |doi=10.1093/nar/23.21.4407}}</ref> La procedura e' divisa in tre passaggi:<ref>[http:br//www.keygene.com/keygene/techs-apps/FLASH3.php]</ref>
La procedura è divisa in tre passaggi:<ref>{{cita web |url=http://www.keygene.com/keygene/techs-apps/FLASH3.php |titolo=Copia archiviata |accesso=16 marzo 2013 |urlmorto=sì |urlarchivio=https://web.archive.org/web/20081221174501/http://www.keygene.com/keygene/techs-apps/FLASH3.php }}</ref>
 
# Digestione del DNA cellulare totale con uno o più [[Enzimi di restrizione]] e legame delle [[Enzimi di restrizione|semi-sequenze di restrizione]] presenti sui frammenti a specifici ''adattori'' (frammenti a sequenza conosciuta);
# Amplificazione selettiva di alcuni di questi frammenti (''ampliconi'') con due primer per PCR complementari alla sequenza "'adattore + semisequenza di restrizione + sequenza selettiva;<ref>una sequenza arbitraria e non degenerata (tipicamente tra 1 e tre nucleotidi) utile per una selezione di precisione"</ref>'";
# Separazione degli ''ampliconi'' mediante elettroforesi su gel seguita da visualizzazione delle bande.
AFLP non è un acronimo ed è incorretto, nonostante numerosissime pubblicazioni tendano a farlo, riferirsi a questo metodo come "Amplified fragment length polymorphism",<ref>{{cite journal |author=Vos P, Hogers R, Bleeker M, ''et al.'' |title=AFLP: a new technique for DNA fingerprinting |journal=Nucleic Acids Res. |volume=23 |issue=21 |pages=4407–14 |year=1995 |month=November |pmid=7501463 |pmc=307397 |url=http://nar.oxfordjournals.org/cgi/pmidlookup?view=long&pmid=7501463 |doi=10.1093/nar/23.21.4407}}</ref> poichè quelli analizzati da questo metodo non si considerano polimorfismi di lunghezza quanto piuttosto polimorfismi di presenza-assenza.
 
Una variante dell'AFLP e'è la cDNA-AFLP,<ref>[{{cita testo|url=http://www.keygene.com/keygene/techs-apps/technologies_gene.php |titolo=cDNA-AFLP]|urlarchivio=https://web.archive.org/web/20090820163328/http://www.keygene.com/keygene/techs-apps/technologies_gene.php }}</ref> utilizzata per quantificare le differenze in termini di espressione genica.
 
==Applicazioni==
La tecnologia AFLP ha la capacità di individuare contemporaneamente diversi polimorfismi in differenti regioni [[genoma|genomiche]], ed è inoltre caratterizzata da elevate sensibilità e riproducibilità. Di conseguenza, questa tecnica è largamente usata per l'identificazione di variazione genetica in ceppi o specie strettamente correlate di piante, funghi, animali e batteri.
La tecnologia AFLP è stata usata in test di paternità e per analisi forensi, nonché per determinare sottili differenze tra popolazioni, ed in studi di [[Geni associati|linkage]] al fine di generare mappe per l'analisi dei [[Tratto_quantitativo|Tratti quantitativi]].▼
 
▲La tecnologia AFLP è stata usata in test di paternità e per analisi forensi, nonché per determinare sottili differenze tra popolazioni, ed in studi di [[Geni associati|linkage]] al fine di generare mappe per l'analisi dei [[Tratto_quantitativoTratto quantitativo|Tratti quantitativi]].
Esistono numerosi vantaggi nell'usare l'AFLP piuttosto che altre metodiche di [[Marcatori genetici|marcatura]] come ad esempio [[RAPD]], [[RFLP]], e [[Microsatelliti|microsatelliti]]. L'AFLP non solo è caratterizzata da maggiore riproducibilità, risoluzione e sensibilità a livello genomico rispetto alle tecniche citate,<ref>{{cite journal |author=Mueller UG, Wolfenbarger LL |title=AFLP genotyping and fingerprinting |journal=Trends Ecol. Evol. (Amst.) |volume=14 |issue=10 |pages=389–394 |year=1999 |month=October |pmid=10481200 |url=http://linkinghub.elsevier.com/retrieve/pii/S0169534799016596 |doi=10.1016/S0169-5347(99)01659-6}} </ref> ma ha anche la capacità di amplificare un elevato numero di frammenti simultaneamente. Inoltre, non e' necessaria per l'amplificazione alcuna informazione preventiva sulla natura della sequenza.<ref>{{cite journal |author=Meudt HM, Clarke AC |title=Almost forgotten or latest practice? AFLP applications, analyses and advances |journal=Trends Plant Sci. |volume=12 |issue=3 |pages=106–17 |year=2007 |month=March |pmid=17303467 |doi=10.1016/j.tplants.2007.02.001 }}</ref> Per questo, l'AFLP è diventata estremamente vantaggiosa nello studio di quei taxa per i quali le informazioni relative al genoma sono limitate, come batter, funghi e piante.▼
 
▲Esistono numerosi vantaggi nell'usare l'AFLP piuttosto che altre metodiche di [[Marcatori genetici|marcatura]] come ad esempio [[RAPD]], [[RFLP]], e [[Microsatelliti|microsatelliti]]. L'AFLP non solo è caratterizzata da maggiore riproducibilità, risoluzione e sensibilità a livello genomico rispetto alle tecniche citate,<ref>{{citeCita journalpubblicazione |authorautore=Mueller UG, Wolfenbarger LL |titletitolo=AFLP genotyping and fingerprinting |journalrivista=Trends Ecol. Evol. (Amst.) |volume=14 |issuenumero=10 |pagespp=389–394389-394 |yearanno=1999 |monthmese=October ottobre|pmidid=PMID 10481200 |url=http://linkinghub.elsevier.com/retrieve/pii/S0169534799016596 |doi=10.1016/S0169-5347(99)01659-6}} </ref> ma ha anche la capacità di amplificare un elevato numero di frammenti simultaneamente. Inoltre, non e'è necessaria per l'amplificazione alcuna informazione preventiva sulla natura della sequenza.<ref>{{citeCita journalpubblicazione |authorautore=Meudt HM, Clarke AC |titletitolo=Almost forgotten or latest practice? AFLP applications, analyses and advances |journalrivista=Trends Plant Sci. |volume=12 |issuenumero=3 |pagespp=106–17106-17 |yearanno=2007 |monthmese=March marzo|pmidid=PMID 17303467 |doi=10.1016/j.tplants.2007.02.001 }}</ref> Per questo, l'AFLP è diventata estremamente vantaggiosa nello studio di quei taxa per i quali le informazioni relative al genoma sono limitate, come batterbatteri, funghi e piante.
La tecnologia AFLP è sottoposta a brevetti e applicazioni di brevett ida parte di Keygene N.V.▼
 
▲La tecnologia AFLP è sottoposta a brevetti e applicazioni di brevettbrevetti idada parte di Keygene N.V.
 
== Note ==
 
{{Reflist|30em}}
<references />
 
== Collegamenti esterni ==
Software forper l'analisi di dati AFLP
*[{{cita testo|url=http://www.keygene.com/keygene-products/software/quantarsuite.php |titolo=KeyGene Quantar Suite]|accesso=6 febbraio 2018|dataarchivio=21 maggio 2008|urlarchivio=https://web.archive.org/web/20080521013412/http://www.keygene.com/keygene-products/software/quantarsuite.php|urlmorto=sì}} ''Versatile marker scoring software''
*[{{cita testo|url=http://www.softgenetics.com/ |titolo=SoftGenetics]}} '''''GeneMarker''''' fragment analysis software
 
Software gratuito per l'analisi di dati AFLP
*[http{{cita testo|url=https://sourceforge.net/projects/genographer/ |titolo=SourceForge]}} '''''Genographer''''' Free software for manual scoring (Java application)
*[http{{cita testo|url=https://sourceforge.net/projects/rawgeno/ |titolo=SourceForge]}} '''''RawGeno''''' Free automated scoring (R CRAN environment, including a user-friendly GUI)
 
Programmi online per la simulazione di AFLP-PCR
*[{{cita testo|url=http://www.hpa-bioinfotools.org.uk/aflp.html |titolo=ALFIE]|accesso=17 maggio 2019|dataarchivio=4 febbraio 2012|urlarchivio=https://web.archive.org/web/20120204224018/http://www.hpa-bioinfotools.org.uk/aflp.html|urlmorto=sì}} - BProkaryotes or uploaded sequences
*In silico AFLP-PCR for [{{cita testo|url=http://insilico.ehu.es/AFLP |titolo=prokaryotes]|postscript=nessuno}}, some [{{cita testo|url=http://insilico.ehu.es/AFLP/index.php?mo=eukarya |titolo=eukaryotes]}} or [{{cita testo|url=http://insilico.ehu.es/user_seqs/ |titolo=uploaded sequences]}}
*Enzymes for AFLP [{{cita testo|url=http://www.neb.com |titolo=New England Biolabs]}}
* [{{cita web |url=http://www.keygene.com/keygene/techs-apps/index.php |titolo=AFLP Technology note at KeyGene] |accesso=16 marzo 2013 |urlarchivio=https://web.archive.org/web/20080314031423/http://www.keygene.com/keygene/techs-apps/index.php |urlmorto=sì }}
* [{{cita web |url=http://www.softgenetics.com/AFLPApplicationNote.pdf |titolo=AFLP Applications] |accesso=16 marzo 2013 |urlarchivio=https://web.archive.org/web/20070923020002/http://www.softgenetics.com/AFLPApplicationNote.pdf |urlmorto=sì }}
 
{{Portale|chimica}}
 
[[Categoria:DNA]]
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