Amplified fragment length polymorphism: differenze tra le versioni

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Riga 2: La '''AFLP-PCR''' o semplicemente '''AFLP''' è un'analisi basata sulla [[Reazione a catena della polimerasi\|PCR]] utilizzata in [[genetica]], per il [[DNA fingerprint]]ing, ed in [[Ingegneria genetica]]. È un metodo estremamente sensibile per individuare [[Polimorfismo (biologia)\|polimorfismi]] a livello del [[DNA]], descritto per la prima volta da Vos et al. nel 1993.<ref>Zabeau, M and P. Vos. 1993. ''Selective restriction fragment amplification: a general method for DNA fingerprinting''. European Patent Office, publication 0 534 858 A1, bulletin 93/13.</ref><ref name=autogenerato1>{{Cita pubblicazione \|autore=Vos P, Hogers R, Bleeker M, ''et al.'' \|titolo=AFLP: a new technique for DNA fingerprinting \|rivista=Nucleic Acids Res. \|volume=23 \|numero=21 \|~~pagine~~pp=~~4407–14~~4407-14 \|anno=1995 \|mese=novembre\|id=PMID 7501463 \|pmc=307397 \|url=~~http~~https://nar.oxfordjournals.org/cgi/pmidlookup?view=long&pmid=7501463 \|doi=10.1093/nar/23.21.4407}}</ref><br/> La procedura è divisa in tre passaggi:<ref>{{cita web \|url=http://www.keygene.com/keygene/techs-apps/FLASH3.php \|titolo=Copia archiviata \|accesso=16 marzo 2013 \|urlmorto=sì \|urlarchivio=https://web.archive.org/web/20081221174501/http://www.keygene.com/keygene/techs-apps/FLASH3.php ~~\|dataarchivio=21 dicembre 2008~~ }}</ref> # Digestione del DNA cellulare totale con uno o più [[Enzimi di restrizione]] e legame delle [[Enzimi di restrizione\|semi-sequenze di restrizione]] presenti sui frammenti a specifici ''adattori'' (frammenti a sequenza conosciuta); # Amplificazione selettiva di alcuni di questi frammenti (''ampliconi'') con due primer per PCR complementari alla sequenza "'adattore + semisequenza di restrizione + sequenza selettiva;<ref>una sequenza arbitraria e non degenerata (tipicamente tra 1 e tre nucleotidi) utile per una selezione di precisione"</ref>~~'";~~ # Separazione degli ''ampliconi'' mediante elettroforesi su gel seguita da visualizzazione delle bande. AFLP non è un acronimo ed è incorretto, nonostante numerosissime pubblicazioni tendano a farlo, riferirsi a questo metodo come "Amplified fragment length polymorphism",<ref name=autogenerato1 /> poiché quelli analizzati da questo metodo non si considerano polimorfismi di lunghezza quanto piuttosto polimorfismi di presenza-assenza. Una variante dell'AFLP è la cDNA-AFLP,<ref>[{{cita testo\|url=http://www.keygene.com/keygene/techs-apps/technologies_gene.php \|titolo=cDNA-AFLP~~] {{webarchive~~\|~~url~~urlarchivio=https://web.archive.org/web/20090820163328/http://www.keygene.com/keygene/techs-apps/technologies_gene.php ~~\|data=20 agosto 2009~~ }}</ref> utilizzata per quantificare le differenze in termini di espressione genica. ==Applicazioni== Riga 16: La tecnologia AFLP è stata usata in test di paternità e per analisi forensi, nonché per determinare sottili differenze tra popolazioni, ed in studi di [[Geni associati\|linkage]] al fine di generare mappe per l'analisi dei [[Tratto quantitativo\|Tratti quantitativi]]. Esistono numerosi vantaggi nell'usare l'AFLP piuttosto che altre metodiche di [[Marcatori genetici\|marcatura]] come ad esempio [[RAPD]], [[RFLP]], e [[microsatelliti]]. L'AFLP non solo è caratterizzata da maggiore riproducibilità, risoluzione e sensibilità a livello genomico rispetto alle tecniche citate,<ref>{{Cita pubblicazione \|autore=Mueller UG, Wolfenbarger LL \|titolo=AFLP genotyping and fingerprinting \|rivista=Trends Ecol. Evol. (Amst.) \|volume=14 \|numero=10 \|~~pagine~~pp=~~389–394~~389-394 \|anno=1999 \|mese=ottobre\|id=PMID 10481200 ~~\|url=http://linkinghub.elsevier.com/retrieve/pii/S0169534799016596~~ \|doi=10.1016/S0169-5347(99)01659-6}}</ref> ma ha anche la capacità di amplificare un elevato numero di frammenti simultaneamente. Inoltre, non è necessaria per l'amplificazione alcuna informazione preventiva sulla natura della sequenza.<ref>{{Cita pubblicazione \|autore=Meudt HM, Clarke AC \|titolo=Almost forgotten or latest practice? AFLP applications, analyses and advances \|rivista=Trends Plant Sci. \|volume=12 \|numero=3 \|~~pagine~~pp=~~106–17~~106-17 \|anno=2007 \|mese=marzo\|id=PMID 17303467 \|doi=10.1016/j.tplants.2007.02.001 }}</ref> Per questo, l'AFLP è diventata estremamente vantaggiosa nello studio di quei taxa per i quali le informazioni relative al genoma sono limitate, come batteri, funghi e piante. La tecnologia AFLP è sottoposta a brevetti e applicazioni di brevetti da parte di Keygene N.V. Riga 25: == Collegamenti esterni == Software ~~for~~per l'analisi di dati AFLP [{{cita testo\|url=http://www.keygene.com/keygene-products/software/quantarsuite.php\|titolo=KeyGene Quantar Suite\|accesso=6 febbraio 2018\|dataarchivio=21 maggio 2008\|urlarchivio=https://web.archive.org/web/20080521013412/http://www.keygene.com/keygene-products/software/quantarsuite.php ~~KeyGene Quantar Suite]~~\|urlmorto=sì}} ''Versatile marker scoring software'' [{{cita testo\|url=http://www.softgenetics.com/ \|titolo=SoftGenetics]}} '''''GeneMarker''''' fragment analysis software Software gratuito per l'analisi di dati AFLP ~~[http~~{{cita testo\|url=https://sourceforge.net/projects/genographer/ \|titolo=SourceForge]}} '''''Genographer''''' Free software for manual scoring (Java application) ~~[http~~{{cita testo\|url=https://sourceforge.net/projects/rawgeno/ \|titolo=SourceForge]}} '''''RawGeno''''' Free automated scoring (R CRAN environment, including a user-friendly GUI) Programmi online per la simulazione di AFLP-PCR [{{cita testo\|url=http://www.hpa-bioinfotools.org.uk/aflp.html \|titolo=ALFIE]\|accesso=17 maggio 2019\|dataarchivio=4 febbraio 2012\|urlarchivio=https://web.archive.org/web/20120204224018/http://www.hpa-bioinfotools.org.uk/aflp.html\|urlmorto=sì}} - BProkaryotes or uploaded sequences In silico AFLP-PCR for [{{cita testo\|url=http://insilico.ehu.es/AFLP \|titolo=prokaryotes]\|postscript=nessuno}}, some [{{cita testo\|url=http://insilico.ehu.es/AFLP/index.php?mo=eukarya \|titolo=eukaryotes]}} or [{{cita testo\|url=http://insilico.ehu.es/user_seqs/ \|titolo=uploaded sequences]}} Enzymes for AFLP [{{cita testo\|url=http://www.neb.com \|titolo=New England Biolabs]}} {{cita web \|url=http://www.keygene.com/keygene/techs-apps/index.php \|titolo=AFLP Technology note at KeyGene \|accesso=16 marzo 2013 \|urlarchivio=https://web.archive.org/web/20080314031423/http://www.keygene.com/keygene/techs-apps/index.php \|urlmorto=sì }} * {{cita web \|url=http://www.softgenetics.com/AFLPApplicationNote.pdf \|titolo=AFLP Applications \|accesso=16 marzo 2013 \|urlarchivio=https://web.archive.org/web/20070923020002/http://www.softgenetics.com/AFLPApplicationNote.pdf \|urlmorto=sì }} {{Portale\|chimica}} [[Categoria:DNA]]