Cianina: differenze tra le versioni

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* ''Cianine a catena chiusa'':

: Aril=N⁺=CH[CH=CH]''_n''-N=Aril <span style="font-size: 120%;">'''(III)'''</span>

dove due atomi di azoto sono legati da una catena di polimetini.<ref name="ernst">{{Cita pubblicazione|coautori=Ernst LA, Gupta RK, Mujumdar RB, Waggoner AS|titolo=Cyanine dye labeling reagents for sulfhydryl groups|rivista=Cytometry|volume=10|numero=1|pp=3–103-10|data=Jan 1989|pmid=2917472|doi=10.1002/cyto.990100103}}</ref> Entrambi gli azoto prendono indipendentemente parte in un ciclo eteroaromatico, come pirrolo, imidazolo, tiazolo, piridina, indolo, chinolina, benzotiazolo, etc.

== Storia e usi in industria ==

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== Cianine per le biotecnologie ==

Le Cianine sono generalmente sintetizzate da 2, 3, 5 or 7 strutture di metini, con gruppi funzionali su uno od entrambi gli atomi di azoto delle catene, così da poter essere legati chimicamente agli [[acidi nucleici]] o alle [[proteine]]. La marcatura è effettuata con finalità di quantificazione o visualizzazione. Alcune applicazioni biologiche possibili includono l'ibridazione genomica comparativa, i [[Microarray di DNA|microarray]] usati in trascrittomica e vari studi applicati alla [[proteomica]], come ad esempio la localizzazione di RNA,<ref>{{Cita pubblicazione|autore=Blower MD, Feric E, Weis K, Heald R|titolo=Genome-wide analysis demonstrates conserved localization of messenger RNAs to mitotic microtubules|rivista=The Journal of Cell Biology|volume=179|numero=7|pp=1365–731365-73|data=Dic 2007|pmid=18166649|pmc=2373496|doi=10.1083/jcb.200705163|url=http://www.jcb.org/cgi/pmidlookup?view=long&pmid=18166649}}</ref> l'interazione molecolare studiata tramite trasferimento energetico di fluorescenza ([[Trasferimento di energia per risonanza|FRET]]) e saggi immunometrici fluorescenti.

Le cianine sono disponibili con varie modificazione, come ad esempio provvisti di sostituenti [[metile|metilici]], [[etile|etilici]] o [[butile|butilici]], oppure con gruppi [[carbossilici]], acetilmetossilici o sulfurei (che donano idrofilicità alla molecola).<ref name="CYanine">[http://www.interchim.fr/ft/B/BB7493.pdf CYanine] dyes</ref>

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| 670

| 792

| QY 0.27<ref name="Mujumdar_1993">{{Cita pubblicazione|coautori=Mujumdar B, Ernst A, Mujumdar SR, Lewis CJ, Waggoner AS|titolo=Cyanine dye labeling reagents: Sulfoindocyanine succinimidyl esters|rivista=Bioconjugate Chemistry|data=Mar 1993|volume=4|numero=2|pp=105–111105-111|doi=10.1021/bc00020a001}}</ref>

|-

| Cy5.5

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| 694

| 1128

| QY 0.28<ref>{{Cita pubblicazione|coautori=Umezawa K, Matsui A, Nakamura Y, Citterio D, Suzuki K|titolo=Bright, color-tunable fluorescent dyes in the Vis/NIR region: establishment of new "tailor-made" multicolor fluorophores based on borondipyrromethene|rivista=Chemistry|volume=15|numero=5|pp=1096–1061096-106|anno=2009|pmid=19117043|doi=10.1002/chem.200801906}}</ref>

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| Cy7

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=== Suscettibilità del Cy5 all'ozono ===

Nel 2003, i ricercatori della Inpharmatics e di [[Agilent Technologies|Agilent]] hanno pubblicato, sulla rivista ''[[Analytical Chemistry]]'', un articolo circa il fatto che i microarrays che sfruttavano Cy5 mostravano una qualità dei dati variabile in progressivo peggioramento, ciò a causa della presenza dell'[[ozono]] ambientale. L'esposizione a livelli di ozono superiori a 5-10 ppm per 10-30 secondi causava una caduta della riproducibilità dei dati acquisiti con Cy5-microarrays. Livelli di ozono ancora superiori (>100 ppb) causano danni anche su Cy3.<ref name="fare">{{Cita pubblicazione| autore = Fare TL, Coffey EM, Dai H, He YD, Kessler DA, Kilian KA, Koch JE, LeProust E, Marton MJ, Meyer MR, Stoughton RB, Tokiwa GY, Wang Y | titolo = Effects of atmospheric ozone on microarray data quality | rivista = Analytical Chemistry | volume = 75 | numero = 17 | data = Set 2003 | pp=4672–54672-5|doi=10.1021/ac034241b|PMID=14632079}}</ref> Esistono sul mercato strumenti che sembra riescano ad allontanare l'ozono ambientali entro determinati limiti, ma non è stata ancora verificata l'effettiva efficacia.

== Applicazioni ==

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Cy5 è sensibile ai campi elettrici, infatti può subire variazioni nell'emissione (sia in positivo, sia in negativo) a causa di conformazioni differenti della proteina a cui è legato (diversi gruppi carichi esposti). La velocità di questa variazione può essere misurata per la determinazione di parametri cinetici enzimatici, sfruttando esperimenti di [[Trasferimento di energia per risonanza|FRET]].

Cy3 e Cy5 sono adoperati in proteomica per marcare due campioni distinti e poterli mescolare, in maniera tale da poter condurre un unico esperimento e avere sempre i due campioni riconoscibili.<ref>{{Cita pubblicazione|autore = Unlü M, Morgan ME, Minden JS | titolo = Difference gel electrophoresis: a single gel method for detecting changes in protein extracts | rivista= Electrophoresis | volume = 18 | numero = 11 | pp = 2071–72071-7 | data = Ott 1997 | doi=10.1002/elps.1150181133|PMID=9420172}}</ref><ref>{{Cita pubblicazione|autore= Osterman IA, Ustinov AV, Evdokimov DV, Korshun VA, Sergiev PV, Serebryakova MV, Demina IA, Galyamina MA, Govorun VM, Dontsova OA | titolo = A nascent proteome study combining click chemistry with 2DE | rivista = Proteomics | volume = 13 | numero = 1 | pp = 17–2117-21 | data = Gen 2013 | doi=10.1002/pmic.201200393|url=https://www.cyandye.com/A_nascent_proteome_study_combining_click_chemistry_with_2DE.pdf|PMID=23161590|Copia archiviata|accesso=14 settembre 2017|urlarchivio=https://web.archive.org/web/20150630075256/https://www.cyandye.com/A_nascent_proteome_study_combining_click_chemistry_with_2DE.pdf|dataarchivio=30 giugno 2015|urlmorto=sì}}</ref> Questa possibilità elimina la variabilità causata da differenti condizioni sperimentali, inevitabili quando si lanciano due esperimenti in tempi differenti. Questa variabilità generalmente impedisce l'uso di software automatici per l'acquisizione dei dati dopo l'esperimento, viceversa tramite questa marcatura l'automatizzazione diviene molto semplice.

== Note ==