Protein Data Bank: differenze tra le versioni
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[[File:Rate of Protein Structure Determination-2014.png|thumb|right|Tasso di determinazione della struttura delle proteine per metodo e per anno]]
Questi dati, ottenuti soprattutto grazie alla [[cristallografia]] ai [[raggi X]] o alla [[spettrografia]] NMR, depositati da biologi e biochimici di tutto il mondo, sono di pubblico dominio e sono accessibili gratuitamente. Il database è il deposito centrale dei dati biologici di struttura.▼
Il '''Protein Data Bank''' ('''PDB''') è un archivio per dati di struttura in [[Tridimensionalità|3-D]] di [[proteine]] e [[acidi nucleici]].
▲Questi dati, ottenuti soprattutto grazie alla [[cristallografia]] ai [[raggi X]] o alla [[spettrografia]] NMR, depositati da [[biologi]] e [[biochimico|biochimici]] di tutto il mondo, sono di pubblico dominio e sono accessibili gratuitamente. Il [[database]] è il deposito centrale dei dati biologici di struttura.
== Storia ==
Fondata nel [[1971]] dal [[Brookhaven National Laboratory]], la dirigenza del '''Protein Data Bank''' è
Il '''Worldwide Protein Data Bank''' (wwPDB) consiste nell'organizzazione che si esplica nell'inserimento, nell'analisi dei dati e nella distribuzione dei centri di raccolta dati PDB. I membri fondatori sono '''
Il gruppo BMRB (USA) si è unito al wwPDB nel [[2006]]. La missione del wwPDB è di mantenere un unico archivio Protein Data Bank di dati di strutture macromolecolari che sia liberamente accessibile alla comunità globale.
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Svariati database secondari e progetti sono stati sviluppati per integrare e classificare il PDB in termini di struttura funzione ed evoluzione delle [[proteine]].
== Crescita ==
Quando il PDB fu fondato, conteneva appena 7 strutture proteiche. Da allora si è reso protagonista di una crescita pressoché esponenziale nel numero di strutture, che non mostra alcun segno di rallentamento.
La percentuale di crescita del PDB è stato oggetto di analisi molto attente.
== Contenuti ==▼
Il
Nota che il database contiene informazioni sull'esatta posizione di tutti gli atomi in una grande [[biomolecola]]; se si è interessati solo alla sequenza dei dati, alla lista degli [[amminoacidi]] che formano una particolare proteina o alla lista dei [[nucleotidi]] che formano un particolare [[acido nucleico]], è consigliabile l'utilizzo dei più completi database creati da '''[[UniProt|Swiss-Prot]]''' e dall''''[[International Nucleotide Sequence Database Collaboration]]'''.▼
▲==Contenuti==
▲Il [[26 settembre]] 2006, il database ha raggiunto quota 39051 coordinate atomiche rilasciate, 35767 delle quali proteine, il resto formato da acidi nucleici, complessi acidi nucleici-proteine e alcune altre [[molecole]]. Circa 5000 nuove strutture sono rilasciate ogni anno. I dati sono immagazzinati in formato mmCIF specificamente sviluppato per lo scopo.
== Voci correlate ==
▲Nota che il database contiene informazioni sull'esatta posizione di tutti gli atomi in una grande [[biomolecola]]; se si è interessati solo alla sequenza dei dati, alla lista degli [[amminoacidi]] che formano una particolare proteina o alla lista dei [[nucleotidi]] che formano un particolare [[acido nucleico]], è consigliabile l'utilizzo dei più completi database creati da '''Swiss-Prot''' e dall''''International Nucleotide Sequence Database Collaboration'''.
* [[Database of Molecular Motion]]
* [[Pfam]]
* [[Proteopedia]]
== Altri progetti ==
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== Collegamenti esterni ==
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* {{
{{portale|biologia}}
[[Categoria:Banche dati bioinformatiche]]
[[Categoria:Basi di dati chimiche]]
[[Categoria:Struttura proteica]]
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