Rosetta@home: differenze tra le versioni

Versione delle 22:15, 27 nov 2024

Versione attuale delle 21:13, 11 ago 2025

(Una versione intermedia di un altro utente non mostrate)

Riga 22:

Rosetta@Home possiede anche una versione beta del progetto, [https://ralph.bakerlab.org/ Ralph@Home], in cui vengono testati i nuovi applicativi, le nuove impostazioni e tutto ciò che verrà poi introdotto nella versione definitiva sul progetto.

Oltre alla ricerca legata alle malattie, la rete di Rosetta@home funge da quadro di test per nuovi metodi di bioinformatica strutturale. Questi nuovi metodi sono poi utilizzati in altre applicazioni basate su Rosetta, come RosettaDock e il progetto [[Human Proteome Folding]], dopo essere stati sufficientemente sviluppati e giudicati stabili sull'ampio e diversificato gruppo di utenti di Rosetta@home. Due prove particolarmente importanti per i nuovi metodi sviluppati con Rosetta@home sono il Critical Assessment of Techniques for Protein Structure Prediction ([http://predictioncenter.org/ CASP]) e il Critical Assessment of Prediction of Interactions ([https://www.ebi.ac.uk/msd-srv/capri/ CAPRI]), esperimenti biennali che valutano rispettivamente lo stato dell'arte nella previsione della struttura delle proteine e dell'interazione proteina-proteina. Rosetta@home si classifica tra i principali programmi di simulazione delle interazioni tra proteine ed è uno dei migliori metodi di previsione della [[struttura terziaria]] disponibili.<ref name="CAPRI3">{{Cita pubblicazione |autore=Lensink MF, Méndez R, Wodak SJ |titolo=Docking and scoring protein complexes: CAPRI 3rd Edition |rivista=Proteins |volume=69 |numero=4 |pp=704–18704-18 |anno=2007 |mese=dicembre|pmid=17918726 |doi=10.1002/prot.21804 }}</ref>

==La piattaforma di calcolo==

Sia l'applicazione Rosetta@home che la piattaforma di calcolo distribuito BOINC sono disponibili per [[Microsoft Windows]], Linux e Macintosh (BOINC è disponibile anche per diverse altre piattaforme, come ad esempio [[FreeBSD]]). La partecipazione a Rosetta@home richiede un'unità centrale di elaborazione ([[CPU]]) con una velocità di clock di almeno 500 [[MHz]], 20 gigabyte di spazio libero sul disco, 512 megabyte di memoria [[RAM]] e una connessione a Internet. Al 27 novembre 2024, la versione dell'applicazione Rosetta Beta è la 6.06 per Windows, Mac e Linux, mentre è la 4.20 per i dispositivi Android. La versione di BOINC consigliata è la 8.0.2. Lo standard HTTP (porta 80) viene utilizzato per la comunicazione tra il client BOINC dell'utente e i server di Rosetta@home all'Università di Washington; HTTPS (porta 443) è usato durante lo scambio di password. Il controllo remoto e locale del client BOINC usa le porte 31.416 e 1043, che potrebbero aver bisogno di essere specificamente sbloccate se sono sotto un firewall. Le unità di lavoro (Workunits), che contengono dati sulle singole proteine, sono distribuite dai [[server]] situati nel laboratorio Baker all'Università di Washington ai computer dei volontari, i quali calcolano una previsione della struttura per la proteina assegnata. Per evitare previsioni di struttura duplicate su una data proteina, ogni Workunit viene inizializzata con dei numeri casuali. Questo dà ad ogni previsione una traiettoria unica di discesa lungo il panorama energetico della proteina. Le previsioni di struttura su Rosetta@home sono approssimazioni di un minimo globale nel paesaggio energetico di una data proteina. Questo minimo globale rappresenta la conformazione più energicamente favorevole della proteina, cioè il suo stato nativo.

Una caratteristica principale dell'interfaccia grafica ([[GUI]]) di Rosetta@home è un [[salvaschermo]] che mostra il progresso della workunit in esecuzione durante il processo di folding simulato. Nell'angolo in alto a sinistra dello screensaver, la proteina bersaglio è mostrata mentre adotta forme diverse (conformazioni) durante la ricerca della sua struttura a più bassa energia. Raffigurata subito a destra c'è la struttura più recente accettata. In alto a destra è mostrata la conformazione a più bassa energia finora trovata, al di sotto c'è la vera, o nativa, struttura della proteina, se è già stato determinata sperimentalmente. Tre grafici sono inclusi nello screensaver. Al centro, un grafico indica l'energia libera accettata, la quale fluttua via via che il modello accettato cambia. Un grafico della ''root mean square deviation'' (RMSD) del modello accettato, che misura quanto il modello accettato sia strutturalmente simile al modello originario, viene visualizzato a destra. Sulla destra del grafico dell'energia e sotto il grafico RMSD, i risultati di queste due funzioni vengono utilizzati per produrre il riquadro energia vs RMSD, mentre il modello viene progressivamente raffinato.

Riga 43:

[[Image:T0281-bakerprediction overlay.png|thumb|left | Il target T0281 del CASP6, la prima previsione ''ab initio'' di una struttura proteica che si è avvicinata ad una risoluzione a livello atomico. Rosetta ha prodotto un modello per T0281 (sovrapposto in magenta) con un RMSD di 1.5 Å dalla struttura cristallina (blu).]]

I progressi nella previsione della struttura delle proteine sono valutati ogni due anni nel Critical Assessment of Techniques for Protein Structure Prediction (CASP), in cui ricercatori di tutto il mondo cercano di ricavare la struttura di una proteina a partire dalla sequenza dei suoi [[amminoacido|amminoacidi]]. I gruppi di ricerca che ottengono alti punteggi in questo esperimento talvolta competitivo, sono considerati portatori di uno standard per quello che è lo stato dell'arte nella previsione della struttura delle proteine. Rosetta, il programma su cui Rosetta@home si basa, è stato utilizzato fin dal CASP5 nel 2002. Nell'esperimento CASP6 del 2004, Rosetta è passata alla storia per essere il primo programma a produrre, nel suo modello presentato per il CASP target T0281, una previsione di una struttura proteica ''ab initio'' vicina alla risoluzione a livello atomico.<ref name="R@H_ResearchOverview">{{Cita web |sito= Rosetta@home |titolo= Rosetta@home: Research Overview |editore= University of Washington |anno= 2007 |accesso= 7 ottobre 2008 |url= https://boinc.bakerlab.org/rosetta/rah_research.php |urlmorto= sì |urlarchivio= https://web.archive.org/web/20080925003459/http://boinc.bakerlab.org/rosetta/rah_research.php |dataarchivio= 25 settembre 2008 }}</ref> La previsione ''ab initio'' è considerata una categoria di previsione di strutture particolarmente difficile, in quanto non utilizza informazioni provenienti da omologia strutturale e può contare solo su informazioni provenienti da omologia di sequenza e modellazione fisica delle interazioni all'interno della proteina. Rosetta@home è stata utilizzata nel CASP dal 2006, ed è stata tra i migliori gruppi di previsione in ogni categoria di previsione della struttura nel CASP7.<ref>{{Cita pubblicazione |autore=Kopp J, Bordoli L, Battey JN, Kiefer F, Schwede T |titolo=Assessment of CASP7 predictions for template-based modeling targets |rivista=Proteins |volume=69 Suppl 8 |pp=38–5638-56 |anno=2007 |pmid=17894352 |doi=10.1002/prot.21753 }}</ref><ref>{{Cita pubblicazione |autore=Read RJ, Chavali G |titolo=Assessment of CASP7 predictions in the high accuracy template-based modeling category |rivista=Proteins |volume=69 Suppl 8 |pp=27–3727-37 |anno=2007 |pmid=17894351 |doi=10.1002/prot.21662 }}</ref><ref name="CASP7Assessment">{{Cita pubblicazione |autore=Jauch R, Yeo HC, Kolatkar PR, Clarke ND |titolo=Assessment of CASP7 structure predictions for template free targets |rivista=Proteins |volume=69 Suppl 8 |pp=57–6757-67 |anno=2007 |pmid=17894330 |doi=10.1002/prot.21771 }}</ref> Queste previsioni di alta qualità sono state possibili grazie alla potenza di calcolo messa a disposizione dai volontari di Rosetta@home.<ref name="CASP7_baker">{{Cita pubblicazione |autore=Das R, Qian B, Raman S, ''et al.'' |titolo=Structure prediction for CASP7 targets using extensive all-atom refinement with Rosetta@home |rivista=Proteins |volume=69 Suppl 8 |pp=118–28118-28 |anno=2007 |pmid=17894356 |doi=10.1002/prot.21636 }}</ref> Un aumento della potenza di calcolo, consentirà a Rosetta@home di sondare più regioni nello spazio conformazionale (le possibili forme che una proteina può assumere), che, secondo il [[paradosso di Levinthal]], aumentano in modo esponenziale con la lunghezza della proteina.

Rosetta@home è utilizzata anche nella previsione di interazioni proteiche, in cui si determina la struttura di complessi multiproteici, o [[struttura quaternaria|strutture quaternarie]]. Questo tipo di interazioni proteiche è presente in molte funzioni cellulari, tra cui [[antigene]]-[[anticorpo]], legame [[enzima]]-[[inibitore enzimatico|inibitore]] e import-export cellulare. Determinare queste interazioni è essenziale per lo sviluppo di farmaci. Rosetta è utilizzata nel Critical Assessment of Prediction of Interactions (CAPRI), che valuta lo stato dell'arte nel campo del docking proteico, analogamente a come il CASP misura i progressi nella previsione della struttura delle proteine. La potenza di calcolo messa a disposizione dai volontari del progetto Rosetta@home è stato considerato un fattore importante nelle prestazioni di Rosetta in CAPRI, dove le sue previsioni di docking sono state tra le più accurate e complete.<ref name="CAPRI3_1">{{Cita pubblicazione |autore=Wang C, Schueler-Furman O, Andre I, ''et al.'' |titolo=RosettaDock in CAPRI rounds 6-12 |rivista=Proteins |volume=69 |numero=4 |pp=758–63758-63 |anno=2007 |mese=dicembre|pmid=17671979 |doi=10.1002/prot.21684 }}</ref>

All'inizio del 2008, Rosetta è stata utilizzata per la progettazione computazionale di una proteina con una funzione mai osservata in natura.<ref name="RetroAldol">{{Cita pubblicazione |autore=Jiang L, Althoff EA, Clemente FR, ''et al.'' |titolo=De novo computational design of retro-aldol enzymes |rivista=Science|volume=319 |numero=5868 |pp=1387–911387-91 |anno=2008 |mese=marzo|pmid=18323453 |doi=10.1126/science.1152692 }}</ref> Questo è stato in parte ispirato da un articolo di alto profilo del 2004, che descrive la progettazione computazionale di una proteina con migliorata attività enzimatica rispetto alla sua forma naturale.<ref>{{Cita pubblicazione | titolo=Protein prize up for grabs after retraction | autore=Hayden EC | rivista=Nature | data=13 febbraio 2008 | doi=10.1038/news.2008.569 }}</ref> In un articolo del 2008 dal gruppo David Baker, in cui è citato il progetto Rosetta@home per le risorse computazionali che ha messo a disposizione, viene descritto come la proteina è stata fatta. L'articolo è stato un importante proof of concept per questo metodo di progettazione di proteine. Questo tipo progettazione di proteine potrebbe avere applicazioni future nella scoperta di farmaci, nella [[chimica verde]], e nel biorisanamento.

==Attinenza medica==