Protein Data Bank: differenze tra le versioni

Versione delle 15:31, 19 nov 2013

Versione attuale delle 17:47, 8 mag 2025

(12 versioni intermedie di 8 utenti non mostrate)

Riga 1:

Il '''Protein Data Bank''' ('''PDB''') è un archivio per dati[[File:Protein_structure_examples.png|thumb|right|Esempio di struttura indelle [[3-D]] di [[proteine]] edal [[acidi nucleiciPDB]].

[[File:Rate of Protein Structure Determination-2014.png|thumb|right|Tasso di determinazione della struttura delle proteine per metodo e per anno]]

Questi dati, ottenuti soprattutto grazie alla [[cristallografia]] ai [[raggi X]] o alla [[spettrografia]] NMR, depositati da biologi e biochimici di tutto il mondo, sono di pubblico dominio e sono accessibili gratuitamente. Il database è il deposito centrale dei dati biologici di struttura.

Il '''Protein Data Bank''' ('''PDB''') è un archivio per dati di struttura in [[Tridimensionalità|3-D]] di [[proteine]] e [[acidi nucleici]].

Questi dati, ottenuti soprattutto grazie alla [[cristallografia]] ai [[raggi X]] o alla [[spettrografia]] NMR, depositati da [[biologi]] e [[biochimico|biochimici]] di tutto il mondo, sono di pubblico dominio e sono accessibili gratuitamente. Il [[database]] è il deposito centrale dei dati biologici di struttura.

== Storia ==

Fondata nel [[1971]] dal [[Brookhaven National Laboratory]], la dirigenza del '''Protein Data Bank''' è stata trasferita nel [[1998]] a membri della '''Research Collaboratory for Structural Bioinformatics''' (RCSB).

Il '''Worldwide Protein Data Bank''' (wwPDB) consiste nell'organizzazione che si esplica nell'inserimento, nell'analisi dei dati e nella distribuzione dei centri di raccolta dati PDB. I membri fondatori sono '''[http://www.pdbe.org PDBe]''' ([[Europa]])''', [https://web.archive.org/web/20150407064348/http://www.PDBpdb.org/ RCSB PDB]''' ([[Stati Uniti d'America|USA]]), e '''[http://www.pdbj.org PDBj]''' ([[Giappone]]).

Il gruppo BMRB (USA) si è unito al wwPDB nel [[2006]]. La missione del wwPDB è di mantenere un unico archivio Protein Data Bank di dati di strutture macromolecolari che sia liberamente accessibile alla comunità globale.

Riga 18 ⟶ 20:

== Contenuti ==

Il 26 dicembre 2010, il database ha raggiunto quota 70231 coordinate atomiche rilasciate, 64995 delle quali [[proteine]], il resto formato da acidi nucleici, complessi acidi nucleici-proteine e alcune altre [[molecole]]. Circa 5000 nuove strutture sono rilasciate ogni anno. I dati sono immagazzinati in formato mmCIF specificamente sviluppato per lo scopo.

Nota che il database contiene informazioni sull'esatta posizione di tutti gli atomi in una grande [[biomolecola]]; se si è interessati solo alla sequenza dei dati, alla lista degli [[amminoacidi]] che formano una particolare proteina o alla lista dei [[nucleotidi]] che formano un particolare [[acido nucleico]], è consigliabile l'utilizzo dei più completi database creati da '''[[UniProt|Swiss-Prot]]''' e dall''''[[International Nucleotide Sequence Database Collaboration]]'''.

== Voci correlate ==

* [[Database of Molecular Motion]]

* [[Pfam]]

* [[Proteopedia]]

== CollegamentiAltri esterniprogetti ==

{{interprogetto}}

* {{en}} [http://www.ebi.ac.uk/pdbe/ Protein Data Bank Europe]

* {{en}} [http://www.wwpdb.org/ Worldwide Protein Data Bank]

== Collegamenti esterni ==

* {{en}}cita [httpweb|https://www.ebi.ac.uk/pdbe/ |Protein Data Bank Europe]|lingua=en}}

* {{en}}cita [web|http://www.wwpdb.org/ |Worldwide Protein Data Bank]|lingua=en}}

{{portale|biologia}}

[[Categoria:Banche dati bioinformatiche]]

[[Categoria:Basi di dati chimiche]]