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[[ImmagineFile:Purine Nucleoside Phosphorylase.jpg|thumb|right|300pxupright=1.4|Immagine generata al computer dell'enzima ''[[Purina nucleoside fosforilasi]]'']]
In biochimica, si definisce '''enzima''' un [[catalizzatore]] dei processi [[biologia|biologici]].<ref name="iupac">{{en}} [http://goldbook.iupac.org/E02159.html IUPAC Gold Book, "enzymes"] {{Webarchive|url=https://web.archive.org/web/20130806121445/http://goldbook.iupac.org/E02159.html |data=6 agosto 2013 }}</ref>
Un '''enzima''' (dal [[lingua greca|greco]] ἐν ζύμῳ [''en zýmō''], ''nel lievito'') è una [[proteina]] in grado di [[catalizzatore|catalizzare]] una [[reazione chimica]]<ref>{{en}} Smith AD (Ed) ''et. al.'' (1997) ''Oxford Dictionary of Biochemistry and Molecular Biology'' Oxford University Press ISBN 0-19-854768-4</ref>. Il processo di [[catalisi]] indotto da un enzima (come da un qualsiasi altro catalizzatore) consiste in una accelerazione della velocità della reazione e quindi in un più rapido raggiungimento dello stato di equilibrio termodinamico. Un enzima accelera unicamente le velocità delle reazioni chimiche, diretta ed inversa (dal composto A al composto B e viceversa), senza intervenire sui processi che ne regolano la spontaneità.
 
Gli enzimi sono costituiti da [[proteine|proteine globulari]] idrosolubili in grado di catalizzare una [[reazione chimica]] similmente ai [[ribozimi]], che invece sono costituiti da [[molecole]] di [[RNA]].
Il suo ruolo consiste nel facilitare le reazioni attraverso l'interazione tra il ''[[substrato (biochimica)|substrato]]'' (la molecola o le molecole che partecipano alla reazione) ed il proprio ''[[sito attivo]]'' (la parte di enzima in cui avvengono le reazioni), formando un ''complesso''. Avvenuta la reazione, il prodotto viene allontanato dall'enzima, che rimane disponibile per iniziarne una nuova. L'enzima infatti non viene consumato durante la reazione.
 
Il processo di [[catalisi]] [[Catalisi enzimatica|indotto da un enzima]] (come da un qualsiasi altro catalizzatore positivo) consiste in un aumento della [[velocità di reazione]]<ref name=iupac/> e quindi in un più rapido raggiungimento dello stato di [[equilibrio termodinamico]]. Un enzima incrementa unicamente le velocità delle reazioni chimiche, diretta e inversa (dal composto A al composto B e viceversa), intervenendo sui processi che ne regolano la spontaneità, mediante riduzione dell'[[energia di attivazione]]. In altre parole, agiscono dal punto di vista [[cinetica chimica|cinetico]], senza modificare la [[termodinamica]] del processo, favorendo così reazioni che, a causa di un'elevata energia d'attivazione, avverrebbero troppo lentamente o non avverrebbero affatto (pur essendo termodinamicamente favorite), se non in condizioni non compatibili con la vita stessa, ad esempio a temperature troppo elevate (vedi l'ossidazione degli zuccheri).
==Concetti generali==
Come tutti i catalizzatori, anche gli enzimi permettono una riduzione dell'[[energia di attivazione]] (ΔG<sup>‡</sup>) di una reazione, accelerando in modo consistente la sua velocità. La maggior parte delle reazioni biologiche catalizzate da enzimi hanno una velocità superiore di milioni di volte alla velocità che avrebbero senza alcun catalizzatore. Come per tutti i catalizzatori, gli enzimi non sono ''consumati'' dalla reazione che catalizzano, né alterano l'[[equilibrio chimico]] della reazione.
 
La spontaneità di una reazione è infatti legata strettamente all'energia d'attivazione, cioè alla cinetica, prima ancora che alla stabilità termodinamica dei prodotti. A titolo d'esempio si pensi al legno, la cui reazione con l'ossigeno (combustione) è termodinamicamente molto favorita, ma non può avvenire spontaneamente a causa dell'elevata energia d'attivazione richiesta dalla stessa (necessita infatti elevata temperatura per innescarla).
In ogni caso, la differenza principale degli enzimi dagli altri catalizzatori chimici è la loro estrema specificità di [[substrato]]. Essi infatti sono in grado di catalizzare solo una reazione o pochissime reazioni simili, poiché il sito attivo interagisce con i reagenti in modo ''stereospecifico'' (è sensibile anche a piccolissime differenze della struttura tridimensionale).
 
Il ruolo di un enzima consiste nel facilitare le reazioni attraverso l'interazione tra il ''[[substrato (biochimica)|substrato]]'' (la molecola o le molecole che partecipano alla reazione) e il proprio ''[[sito attivo]]'' (la parte di enzima in cui avvengono le reazioni), formando un ''complesso''. Avvenuta la reazione, il prodotto viene allontanato dall'enzima, che rimane disponibile per iniziarne una nuova. L'enzima infatti non viene consumato durante la reazione.
Secondo la [[banca dati]] [[BRENDA]], esistono poco più di 4500 reazioni biochimiche catalizzate da enzimi<ref>Dato ottenuto direttamente dalla [http://www.brenda.uni-koeln.de/ pagina di ricerca] di BRENDA (release 2007-1)</ref>. Tutti gli enzimi sono proteine, ma non tutti i catalizzatori biologici sono enzimi, dal momento che esistono anche catalizzatori costituiti di [[RNA]], chiamati [[ribozimi]]<ref>{{en}} {{cite journal |author=Lilley D |title=Structure, folding and mechanisms of ribozymes |journal=Curr Opin Struct Biol |volume=15 |issue=3 |pages=313-23 |year=2005 |pmid=15919196}}</ref>.
 
== Concetti generali ==
L'attività enzimatica può essere influenzata da altre molecole. Esistono infatti molecole in grado di [[inibizione enzimatica|inibire]] tale attività (molti [[farmaco|farmaci]] e [[veleno|veleni]] sono inibitori enzimatici). Sono note anche molecole [[attivazione enzimatica|attivatrici]] dell'enzima, in grado di aumentarne l'attività. L'attività può essere anche influenzata dalla [[temperatura]], dal [[pH]] e dalla concentrazione di substrato.
Come tutti i catalizzatori positivi, anche gli enzimi permettono una riduzione dell'[[energia di attivazione]] (Ea) di una reazione, accelerando in modo consistente la sua velocità. La maggior parte delle reazioni biologiche catalizzate da enzimi ha una velocità superiore di milioni di volte alla velocità che avrebbero senza alcun [[catalizzatore]]. Come per tutti i catalizzatori, gli enzimi non sono solitamente ''consumati'' dalla reazione che catalizzano, né alterano l'[[equilibrio chimico]] della reazione.
 
In ogni caso, la differenza principale degli enzimi dagli altri catalizzatori chimici è la loro estrema specificità di [[substrato (biochimica)|substrato]]. Essi infatti sono in grado di catalizzare solo una reazione o pochissime reazioni simili, poiché il sito attivo interagisce con i reagenti in modo ''stereospecifico'' (è sensibile anche a piccolissime differenze della struttura tridimensionale).
Alcuni enzimi sono utilizzati per fini industriali. La [[sintesi chimica]] di numerosi farmaci, ad esempio, è portata a termine attraverso l'utilizzo di enzimi. Anche diversi prodotti di uso domestico fanno ampio uso di enzimi. Diversi [[detersivo|detersivi]] contengono enzimi per velocizzare la degradazione delle proteine e dei [[lipidi]] che compongono le macchie. La [[papaina]], enzima estratto dalla [[papaya]], è invece utilizzato in numerosi prodotti per le sue caratteristiche [[proteasi|proteolitiche]]: dall'intenerimento della carne, processo noto già agli [[indigeno|indigeni]] americani, all'utilizzo in applicazioni topiche sulle ferite e sulle cicatrici.
 
Secondo la [[banca dati]] ''ExplorEnz'' della [[IUBMB]], sono state individuate finora {{formatnum:4038}} reazioni biochimiche catalizzate da enzimi.<ref>Fonte: [http://www.enzyme-database.org/stats.php ''ExplorEnz''] {{Webarchive|url=https://web.archive.org/web/20070222054503/http://www.enzyme-database.org/stats.php |data=22 febbraio 2007 }}</ref> Tutti gli enzimi sono [[proteine]], ma non tutti i catalizzatori biologici sono enzimi, dal momento che esistono anche catalizzatori costituiti di [[RNA]], chiamati [[ribozimi]].<ref>{{en}} {{Cita pubblicazione |autore=Lilley D |anno=2005 |titolo=Structure, folding and mechanisms of ribozymes |rivista=Curr Opin Struct Biol |volume=15 |numero=3 |pp=313-23 |PMID=15919196}}</ref>
==Storia==
[[Image:Louis Pasteur, foto av Félix Nadar.jpg|thumb|175px|left|[[Louis Pasteur]]]]
Gli uomini primitivi trovandosi nella necessità di conservare il più a lungo possibile il [[latte]] cominciarono a produrre il [[formaggio]]: per caso o per osservazione dei visceri di animali macellati scoprirono che lo [[abomaso|stomaco]] dei [[vitello|vitelli]] e delle giovani [[capre]] cagliava il latte. Solo molte centinaia di anni dopo si comprese che il caglio altro non era se non un enzima.<ref>[http://www.taccuinistorici.it/newsbrowser.php?news_id=129&news_dove=2 Leggende e fonti letterarie sull'uso del caglio nell'antichità]</ref>Fino alla fine del [[XVII secolo]] processi come la digestione della [[carne]] ad opera dei [[secrezione|secreti]] [[stomaco|gastrici]]<ref name="Reaumur1752">{{cite journal | last = de Réaumur | first = RAF | authorlink = René Antoine Ferchault de Réaumur | year = 1752 | title = Observations sur la digestion des oiseaux | journal = Histoire de l'academie royale des sciences | volume = 1752|pages = 266, 461}}</ref> o la conversione di [[amido]] a [[zucchero]] attraverso la [[saliva]] erano ampiamente noti. Gli esatti meccanismi attraverso cui questi eventi avessero luogo, invece, erano del tutto sconosciuti<ref>{{en}} Williams, H. S. (1904) [http://etext.lib.virginia.edu/toc/modeng/public/Wil4Sci.html A History of Science: in Five Volumes. Volume IV: Modern Development of the Chemical and Biological Sciences] Harper and Brothers (New York) Accessed 04 April 2007</ref>.
 
L'[[attività enzimatica]] può essere influenzata da altre molecole. Esistono infatti molecole in grado di [[inibizione enzimatica|inibire]] tale attività (molti [[farmaco|farmaci]] e [[veleno|veleni]] sono inibitori enzimatici). Sono note anche molecole [[attivazione enzimatica|attivatrici]] dell'enzima, in grado di aumentarne l'attività. L'attività è anche influenzata dalla [[temperatura]], dal [[pH]] e dalla concentrazione di substrato.
Nel [[XIX secolo]], [[Louis Pasteur]] suggerì che fosse la presenza di entità da lui chiamate [[fermento|fermenti]], contenute all'interno delle [[cellula|cellule]] di [[lievito]], e prive di ogni funzione all'esterno delle cellule. Scrisse che ''la fermentazione alcolica è un processo correlato con la vita e l'organizzazione delle cellule di lievito, e non con la morte e la putrefazione delle cellule stesse<ref>{{en}} {{cite journal |author=Dubos J.|year= 1951|title= Louis Pasteur: Free Lance of Science, Gollancz. Quoted in Manchester K. L. (1995) Louis Pasteur (1822–1895)--chance and the prepared mind.|journal= Trends Biotechnol|volume=13|issue=12|pages=511-515|id= PMID 8595136}}</ref>.''
 
Alcuni enzimi sono utilizzati per fini industriali. La [[sintesi chimica]] di numerosi farmaci, ad esempio, è portata a termine attraverso l'utilizzo di enzimi. Anche diversi prodotti di uso domestico fanno ampio uso di enzimi. Diversi [[detersivo|detersivi]] contengono enzimi per velocizzare la degradazione delle proteine e dei [[lipidi]] che compongono le macchie. La [[papaina]], enzima estratto dalla [[papaia]], è invece utilizzato in numerosi prodotti per le sue caratteristiche [[proteasi|proteolitiche]]: dall'intenerimento della carne, processo noto già agli [[indigeno|indigeni]] americani, all'utilizzo in applicazioni topiche sulle ferite e sulle cicatrici.
La parola ''enzima'' fu utilizzata per la prima volta nel [[1878]] dal [[fisiologia|fisiologo]] [[Wilhelm Kühne]]. Egli scelse tale parola (in greco ένζυμο significa ''all'interno del lievito'') proprio perché si riteneva che entità del genere potessero trovarsi solo all'interno di cellule di lievito.
 
== Storia ==
[[Image:Eduardbuchner.jpg|thumb|175px|right|[[Eduard Buchner]]]]
[[File:Louis Pasteur, foto av Paul Nadar, Crisco edit.jpg|thumb|upright|left|[[Louis Pasteur]]]]
Nel [[1897]] [[Eduard Buchner]] iniziò a studiare la capacità degli estratti di lievito di portare a termine le fermentazione di zuccheri, anche in assenza di cellule di lievito integre. Gli esperimenti che portò a termine presso l'[[Università di Berlino]] gli permisero di determinare che tali fermentazioni avvengono anche in assenza di cellule vive di lievito<ref>{{en}} [http://nobelprize.org/nobel_prizes/chemistry/laureates/1907/buchner-bio.html Biografia di Eduard Buchner presso http://nobelprize.org]</ref>. Egli chiamò ''[[zimasi]]'' l'enzima che aveva portato a termine la fermentazione del [[saccarosio]]<ref>{{en}} [http://nobelprize.org/nobel_prizes/chemistry/laureates/1907/buchner-lecture.html Testo della lettura magistrale di Eduard Buchner in occasione della consegna del Premio Nobel del 1907]</ref>. Nel [[1907]] Buchner ricevette il [[Premio Nobel per la Chimica]] per ''le ricerche biochimiche e la scoperta della fermentazione indipendente dalla cellula''.
Gli uomini primitivi trovandosi nella necessità di conservare il più a lungo possibile il [[latte]] cominciarono a produrre il [[formaggio]]: per caso o per osservazione dei visceri di animali macellati scoprirono che lo [[abomaso|stomaco]] dei [[Bos taurus|vitelli]] e delle giovani [[Capra hircus|capre]] cagliava il latte. Solo molte centinaia di anni dopo si comprese che il caglio non era altro che il prodotto di un enzima.<ref>{{Cita web |url=http://www.taccuinistorici.it/newsbrowser.php?news_id=129&news_dove=2 |titolo=Leggende e fonti letterarie sull'uso del caglio nell'antichità |accesso=7 giugno 2007 |urlarchivio=https://web.archive.org/web/20070928093756/http://www.taccuinistorici.it/newsbrowser.php?news_id=129&news_dove=2 |dataarchivio=28 settembre 2007 |urlmorto=no}}</ref> Sebbene fin dalla fine del [[XVII secolo]] processi come la digestione della [[carne]] a opera dei [[secrezione|secreti]] [[stomaco|gastrici]]<ref name="Reaumur1752">{{Cita pubblicazione |nome=RAF |cognome=de Réaumur |wkautore=René Antoine Ferchault de Réaumur |anno=1752 |titolo=Observations sur la digestion des oiseaux |rivista=Histoire de l'academie royale des sciences |volume=1752 |pp=266, 461}}</ref> o la conversione di [[amido]] a [[glucosio]] attraverso la [[saliva]] erano ampiamente noti, gli esatti meccanismi attraverso cui questi eventi avessero luogo, invece, erano del tutto sconosciuti.<ref>{{en}} Williams, H. S. (1904) [http://etext.lib.virginia.edu/toc/modeng/public/Wil4Sci.html A History of Science: in Five Volumes. Volume IV: Modern Development of the Chemical and Biological Sciences] {{Webarchive|url=https://web.archive.org/web/20120509114830/http://etext.lib.virginia.edu/toc/modeng/public/Wil4Sci.html |data=9 maggio 2012 }} Harper and Brothers (New York) Accessed 04 April 2007</ref>
 
Nel [[XIX secolo]], [[Louis Pasteur]] suggerì che fosse la presenza di entità da lui chiamate [[fermento|fermenti]], contenute all'interno delle [[cellula|cellule]] di [[lievito]], e prive di ogni funzione all'esterno delle cellule, a far avvenire questi processi. Scrisse che ''la fermentazione alcolica è un processo correlato con la vita e l'organizzazione delle cellule di lievito, e non con la morte e la putrefazione delle cellule stesse.''<ref>{{en}} {{Cita pubblicazione |autore=Dubos J. |anno=1951 |titolo=Louis Pasteur: Free Lance of Science, Gollancz. Quoted in Manchester K. L. (1995) Louis Pasteur (1822-1895)--chance and the prepared mind. |rivista=Trends Biotechnol |volume=13 |numero=12 |pp=511-515 |PMID=8595136}}</ref>
In seguito alla dimostrazione del funzionamento degli enzimi indipendentemente da una cellula vivente, la ricerca si focalizzò sulla natura chimica degli enzimi stessi. Numerose evidenze mostravano la stretta associazione tra proteine ed attività enzimatica, ma una parte influente della comunità scientifica del primo [[XX secolo|Novecento]] (tra cui il Premio Nobel [[Richard Willstätter]]) sosteneva che le proteine non fossero altro che semplici ''trasportatori'' degli enzimi.
 
La parola ''enzima'' fu utilizzata per la prima volta nel [[1878]] dal [[fisiologia|fisiologo]] [[Wilhelm Kühne]]. Egli scelse tale parola (in [[lingua greca|greco]] {{lang|grc|ἐν ζύμῳ}} - ''en zýmō'' - significa ''all'interno del lievito'')<ref>{{en}} Smith AD (Ed) ''et al.'' (1997) ''Oxford Dictionary of Biochemistry and Molecular Biology'' Oxford University Press ISBN 0-19-854768-4</ref> proprio perché si riteneva che entità del genere potessero trovarsi solo all'interno di cellule di lievito.
Nel [[1926]], in ogni caso, [[James Sumner]] mostrò come l'enzima [[ureasi]] fosse una proteina vera e propria [[cristallografia|cristallizzandolo]]. Nel [[1937]] Sumner dimostrò lo stesso per la [[catalasi]]. Furono comunque i lavori di [[John Howard Northrop|Northrop]] e [[Wendell Meredith Stanley|Stanley]] sugli enzimi digestivi [[pepsina]], [[tripsina]] e [[chimotripsina]] a confermare definitivamente le ipotesi di Sumner. I tre ricercatori furono premiati con il Premio Nobel nel [[1946]]<ref>{{en}} [http://nobelprize.org/nobel_prizes/chemistry/laureates/1946/ I Premi Nobel 1946]</ref>.
 
[[File:Eduardbuchner.jpg|thumb|upright|[[Eduard Buchner]]]]
La scoperta che gli enzimi fossero cristallizzabili diede il via ad una corsa tesa alla definizione delle strutture tridimensionali degli enzimi attraverso tecniche come la [[cristallografia a raggi X]]. La prima [[macromolecola]] ad essere definita con questa tecnica fu il [[lisozima]], enzima deputato alla digestione della [[parete batterica]] e contenuto nelle [[lacrima|lacrime]], nella [[saliva]], nell'[[albume]]. La cristallizzazione del lisozima fu portata a termine dal gruppo coordinato da [[David Chilton Phillips]] nel [[1965]]<ref>{{en}} {{cite journal |author=Blake CC, Koenig DF, Mair GA, North AC, Phillips DC, Sarma VR.|year= 1965|title= Structure of hen egg-white lysozyme. A three-dimensional Fourier synthesis at 2 Angstrom resolution. |journal= Nature |volume=22|issue=206|pages=757-761|id= PMID 5891407}}</ref> e segnò di fatto l'inizio della [[biologia strutturale]].
Nel [[1897]] [[Eduard Buchner]] iniziò a studiare la capacità degli estratti di lievito di portare a termine le fermentazioni di zuccheri, anche in assenza di cellule di lievito integre. Gli esperimenti che portò a termine presso l'[[Humboldt-Universität zu Berlin|Università di Berlino]] gli permisero di determinare che tali fermentazioni avvengono anche in assenza di cellule vive di lievito.<ref>{{en}} [https://www.nobelprize.org/nobel_prizes/chemistry/laureates/1907/buchner-bio.html Biografia di Eduard Buchner presso http://nobelprize.org] {{Webarchive|url=https://web.archive.org/web/20180724062819/https://www.nobelprize.org/nobel_prizes/chemistry/laureates/1907/buchner-bio.html |data=24 luglio 2018 }}</ref> Egli chiamò ''[[zimasi]]'' l'enzima che aveva portato a termine la fermentazione del [[saccarosio]].<ref>{{en}} [https://www.nobelprize.org/nobel_prizes/chemistry/laureates/1907/buchner-lecture.html Testo della lettura magistrale di Eduard Buchner in occasione della consegna del Premio Nobel del 1907] {{Webarchive|url=https://web.archive.org/web/20180813144305/https://www.nobelprize.org/nobel_prizes/chemistry/laureates/1907/buchner-lecture.html |data=13 agosto 2018 }}</ref> Nel [[1907]] Buchner ricevette il [[Premio Nobel per la Chimica]] per ''le ricerche biochimiche e la scoperta della fermentazione indipendente dalla cellula''.
 
In seguito alla dimostrazione del funzionamento degli enzimi indipendentemente da una cellula vivente, la ricerca si focalizzò sulla natura chimica degli enzimi stessi. Numerose evidenze mostravano la stretta associazione tra proteine e attività enzimatica, ma una parte influente della comunità scientifica del primo [[XX secolo|Novecento]] (tra cui il Premio Nobel [[Richard Willstätter]]) sosteneva che le proteine non fossero altro che semplici ''trasportatori'' degli enzimi. Lo scienziato affermava che gli enzimi fossero formati da una parte colloidale proteica, chiamata [[apoenzima]] (o apofermento) e da un gruppo attivo chiamato [[coenzima]] (o cofermento). I cofermenti determinerebbero la specificità dell'azione degli enzimi.
==Nomenclatura==
{{vedi anche|classificazione EC}}
A partire dalla ''zimasi'' caratterizzata da Buchner, tutti gli enzimi sono stati denominati utilizzando il [[suffisso]] ''-asi''. Comunemente, il nome dell'enzima viene composto dalla fusione del substrato con il suffisso. Ad esempio la [[lattasi]] è in grado di scindere la molecola di [[lattosio]], la [[DNA polimerasi]] è coinvolta nella formazione di polimeri di [[DNA]].
 
Nel [[1926]], in ogni caso, [[James Sumner]] mostrò come l'enzima [[ureasi]] fosse una proteina vera e propria [[cristallografia|cristallizzandolo]]. Nel [[1937]] Sumner dimostrò lo stesso per la [[catalasi]]. Furono comunque i lavori di [[John Howard Northrop|Northrop]] e [[Wendell Meredith Stanley|Stanley]] sugli enzimi digestivi [[pepsina]], [[tripsina]] e [[chimotripsina]] a confermare definitivamente le ipotesi di Sumner. I tre ricercatori furono premiati con il Premio Nobel nel [[1946]].<ref>{{en}} [https://www.nobelprize.org/nobel_prizes/chemistry/laureates/1946/ I Premi Nobel 1946] {{Webarchive|url=https://web.archive.org/web/20171206074601/https://www.nobelprize.org/nobel_prizes/chemistry/laureates/1946/ |data=6 dicembre 2017 }}</ref>
Esistono in ogni caso delle norme precise per la definizione del nome degli enzimi, messe a punto dalla ''[[International Union of Biochemistry and Molecular Biology]]'' attraverso la ''[[classificazione EC|Enzyme Commission]]'', costituita nel [[1955]]. La classificazione degli enzimi si basa sui numeri EC: ad ogni enzima viene associato un codice composto di quattro numeri ed un nome sistematico a seconda della reazione catalizzata.
 
La scoperta che gli enzimi fossero cristallizzabili diede il via a una corsa tesa alla definizione delle strutture tridimensionali degli enzimi attraverso tecniche come la [[cristallografia a raggi X]]. La prima [[macromolecola]] a essere definita con questa tecnica fu il [[lisozima]], enzima deputato alla digestione della [[parete batterica]] e contenuto nelle [[lacrima|lacrime]], nella [[saliva]], nell'[[albume]]. La cristallizzazione del lisozima fu portata a termine dal gruppo coordinato da [[David Chilton Phillips]] nel [[1965]]<ref>{{en}} {{Cita pubblicazione |autore=Blake CC, Koenig DF, Mair GA, North AC, Phillips DC, Sarma VR. |anno=1965 |titolo=Structure of hen egg-white lysozyme. A three-dimensional Fourier synthesis at 2 Angstrom resolution. |rivista=Nature |volume=22 |numero=206 |pp=757-761 |PMID=5891407}}</ref> e segnò di fatto l'inizio della [[biologia strutturale]].
Esistono sei differenti classi di enzimi<ref>{{en}} La nomenclatura completa può essere visualizzata presso il sito della [http://www.chem.qmul.ac.uk/iubmb/enzyme/ International Union of Biochemistry and Molecular Biology]</ref>.
 
* EC 1 - ''[[Ossidoreduttasi]]'': catalizzano reazioni di [[ossidoriduzione]];
Oggi la ricerca sugli enzimi focalizza l'attenzione ai componenti derivati, ovvero i cosiddetti [[substrati]] (anche detti componenti enzimatici), che vengono lavorati dagli enzimi esternamente al corpo umano.
* EC 2 - ''[[Transferasi]]'': catalizzano il trasferimento di un [[gruppo funzionale]];
 
* EC 3 - ''[[Idrolasi]]'': catalizzano l'[[idrolisi]] di vari tipi di [[legame chimico]];
Tramite processi industriali e reattori sequenziali vengono elaborate e combinate sostanze primarie, come il [[mais]], con delle cascate enzimatiche, ottenendo dei prodotti che vengono immediatamente riconosciuti dalla cellula e quindi utilizzabili senza ulteriori processi a carico della cellula stessa.
* EC 4 - ''[[Liasi]]'': catalizzano la rottura di vari legami attraverso metodi alternativi all'idrolisi o all'ossidoriduzione;
 
* EC 5 - ''[[Isomerasi]]'': catalizzano le [[isomeri]]zzazioni all'interno di una [[molecola]];
I componenti generati dagli enzimi hanno la primaria funzione di alimentare energeticamente le cellule umane. Il lavoro di trasformazione dei componenti è già stato effettuato a monte da processi enzimatici indotti, o comunque artificiali, ottenendo in questo modo un prodotto utilizzabile immediatamente dalla cellula spesso riconducibile all'[[Adenosina trifosfato|ATP]].
* EC 6 - ''[[Ligasi]]'': catalizzano il legame tra due molecole attraverso un [[legame covalente]].
Con questa procedura di lavorazione le molecole ottenute non rischiano di avere un deficit deformazionale che, nel caso fosse presente, come ad esempio la modifica di un aminoacido, la proteina ottenuta avrebbe una struttura tridimensionale alterata che spesso sono causa di malattie.
 
Si configura in questo modo la capacità di utilizzo dell'energia cellulare anche da parte di cellule malate (o comunque in stato di deficit) che riescono in questo modo ad approvvigionarsi energeticamente e quindi continuare a svolgere le loro funzioni. Questo nuovo approccio all'utilizzo degli enzimi viene identificato con il termine [[enzimologia]].
 
== Funzioni biologiche ==
 
[[Image:Phosphoglucose Isomerase.png|thumb|250px|L'enzima [[glicolisi|glicolitico]] [[fosfoglucosio isomerasi]]]]
Gli enzimi portano a termine una gran quantità di funzioni all'interno degli organismi viventi.
* Una delle caratteristiche più importanti degli enzimi è la possibilità di lavorare in successione, creando un [[pathway metabolico|''pathway'' metabolico]]. Nei pathways''pathway'', ogni enzima utilizza il prodotto della reazione precedente come substrato. È la presenza degli enzimi a determinare i passaggi del ''pathway'': senza enzimi, il metabolismo non passerebbe attraverso gli stessi passaggi e non sarebbe in grado di generare prodotti ada una velocità sufficiente per le esigenze della cellula. Ad esempio, un ''pathway'' come la [[glicolisi]] non potrebbe esistere in assenza degli enzimi che la compongono. Il [[glucosio]], ad esempio, è in grado di reagire direttamente con l'[[adenosintrifosfato]] (ATP) per essere [[fosforilazione|fosforilato]] su uno o più [[carbonio|carboni]], ma in assenza di enzimi questo avverrebbe a velocità tanto ridotte da essere insignificante. La rete del metabolismo cellulare dipende dunque dal set di enzimi funzionali presenti.
* Un'altra importante funzione degli enzimi è correlata alla [[digestione]] negli [[animali]]. Enzimi come le [[amilasi]] e le [[proteasi]] sono in grado di ridurre le macromolecole (nella fattispecie [[amido]] e [[proteine]]) in unità semplici ([[maltosio]] e [[amminoacidi]]), assorbibili dall'[[intestino]]. In alcuni casi gli enzimi necessari alla digesionedigestione possono essere prodotti da organismi ospiti del tubo digerente: nei [[ruminanti]], ad esempio, la [[cellulasi]] necessaria alla degradazione della [[cellulosa]] è prodotta da alcune [[specie]] [[batteri]]che.
* Essi sono anche fondamentali per la [[trasduzione del segnale]] e la regolazione dei processi cellulari. In particolare, questi processi sono coordinati solitamente da [[chinasi]] e [[fosfatasi]].<ref>{{en}} {{citeCita journalpubblicazione |authorautore= Hunter T. |yearanno=1995 1995|titletitolo= Protein kinases and phosphatases: the yin and yang of protein phosphorylation and signaling. |journalrivista= Cell. |volume= 80(2) |pagespp= 225-236 |idPMID= PMID 7834742}}</ref>.
* Gli enzimi sono anche in grado di generare movimento, come avviene ad esempio con la [[miosina]], che [[idrolisi|idrolizza]] l'ATP generando la [[contrazione muscolare]] o con il trasporto di molecole nei vari dipartimenti cellulari attraverso il [[citoscheletro]].<ref>{{en}} {{Cita pubblicazione |autore=Berg JS, Powell BC, Cheney RE. |anno=2001 |titolo=A millennial myosin census. |rivista=Mol Biol Cell. |volume=12(4) |pp=780-794 |url=http://www.pubmedcentral.nih.gov/articlerender.fcgi?tool=pubmed&pubmedid=11294886 |PMID=11294886}}</ref>
[[Image:Myosin.JPG|thumb|350px|Due teste di [[miosina]]]]
* Altre [[ATPasi]], localizzate presso le [[membrana cellulare|membrane cellulari]], sono le [[pompa ionica|pompe ioniche]], coinvolte nel [[trasporto attivo]].
*Gli enzimi sono anche in grado di generare movimento, come avviene ad esempio con la [[miosina]], che [[idrolisi|idrolizza]] l'ATP generando la [[contrazione muscolare]] o con il trasporto di molecole nei vari dipartimenti cellulari attraverso il [[citoscheletro]]<ref>{{en}} {{cite journal |url=http://www.pubmedcentral.nih.gov/articlerender.fcgi?tool=pubmed&pubmedid=11294886|author= Berg JS, Powell BC, Cheney RE.|year= 2001|title= A millennial myosin census.|journal= Mol Biol Cell.|volume= 12(4)|pages= 780-794|id= PMID 11294886}}</ref>.
* I [[Vira|virus]] contengono numerosi enzimi che permettono loro di [[infezione|infettare]] le cellule. Tra di essi figurano le [[integrasi]] e le [[trascrittasi inversa|retrotrascrittasi]].
*Altre [[ATPasi]], localizzate presso le [[membrana cellulare|membrane cellulari]], sono le [[pompa ionica|pompe ioniche]], coinvolte nel [[trasporto attivo]].
* Gli enzimi sono anche coinvolti in funzioni più ''esotiche'', come la generazione di [[luce]] nella [[luciola|lucciola]], resa possibile dalla presenza della [[luciferasi]].<ref>{{en}} {{Cita pubblicazione |autore=Meighen EA. |anno=1991 |titolo=Molecular biology of bacterial bioluminescence. |rivista=Microbiol Rev. |volume=55(1) |pp=123-142 |url=http://www.pubmedcentral.nih.gov/articlerender.fcgi?tool=pubmed&pubmedid=2030669 |PMID=2030669}}</ref>
*I [[virus]] contengono numerosi enzimi che permettono loro di [[infezione|infettare]] le cellule. Tra di essi figurano le [[integrasi]] e le [[trascrittasi inversa|retrotrascrittasi]].
*Gli enzimi sono anche coinvolti in funzioni più ''esotiche'', come la generazione di [[luce]] nella [[lucciola]], resa possibile dalla presenza della [[luciferasi]]<ref>{{en}} {{cite journal |url=http://www.pubmedcentral.nih.gov/articlerender.fcgi?tool=pubmed&pubmedid=2030669|author= Meighen EA.|year= 1991|title= Molecular biology of bacterial bioluminescence.|journal= Microbiol Rev.|volume= 55(1)|pages= 123-142|id= PMID 2030669}}</ref>.
 
== Struttura e funzionamento ==
L'attività degli enzimi è determinata dalla [[struttura quaternariaterziaria]] (ovvero la conformazione tridimensionale)<ref>{{en}} {{cite journal|author=Anfinsen C.B.|year= 1973|title= Principles that Govern the Folding of Protein Chains|journal= Science|pages= 223-230|id= PMID 4124164}}</ref> degli enzimi stessi.
La maggior parte degli enzimi presenta dimensioni decisamente maggiori dei substrati su cui agiscono. Solitamente la regione dell'enzima coinvolta nell'attività catalitica è molto ridotta (conta spesso solo 3–43-4 [[amminoacidi]]).<ref>{{en}} [httphttps://www.ebi.ac.uk/thornton-srv/databases/CSA/ L'atlante dei siti catalitici] {{Webarchive|url=https://web.archive.org/web/20190507010020/http://www.ebi.ac.uk/thornton-srv/databases/CSA/ |data=7 maggio 2019 }} dell'[[European Bioinformatics Institute|EBI]]</ref> La regione contenente questi residui catalitici, nota come [[sito attivo]], si occupa di prendere contatto con il substrato e di portare a termine la reazione. Gli enzimi possono anche contenere regioni che legano [[Cofattore (biologia)|cofattori]] necessari per la catalisi. Alcuni enzimi presentano anche siti di legame per piccole molecole, spesso prodotti diretti o indiretti della reazione catalizzata. Tale legame può incrementare o ridurre l'attività dell'enzima, attraverso una regolazione a [[feedback negativo]].
 
=== Specificità ===
[[ImageFile:Diagramma adattamento indotto.svg|thumb|450pxupright=2|Schema del modello dell'adattamento indotto]]
La maggior parte degli enzimi presenta una notevolissima specificità per la reazione catalizzata e per i substrati coinvolti. Tale specificità è legata a diversi fattori che caratterizzano l'associazione tra il substrato ede il sito attivo, come la complementarietàcomplementarità dal punto di vista strutturale, le [[carica elettrica|cariche]] elettriche]], la natura [[idrofilia|idrofilicaidrofila]] o [[idrofobia|idrofobicaidrofoba]]. Gli enzimi mostrano spesso livelli elevatissimi di [[stereospecificità]], [[regioselettività]] e [[chemoselettività]].<ref>{{en}} {{citeCita journalpubblicazione |authorautore= Jaeger KE, Eggert T. |yearanno= 2004 |titletitolo= Enantioselective biocatalysis optimized by directed evolution.| journal|rivista=Curr Opin Biotechnol. |volume= 15(4) |pagespp= 305-313 |idPMID= PMID 15358000}}</ref>.
 
Alcuni degli enzimi che mostrano la maggiore specificità sono coinvolti nella [[replicazione del DNA|replicazione]] e nell'[[espressione genica|espressione]] del [[genoma]]. Tali enzimi presentano meccanismi di ''[[proof-reading]]'' (correzione di bozze). Ad esempio un enzimaenzimi come lale [[DNA polimerasi]] èsono in grado di catalizzare inizialmente la reazione di elongazione del filamento di DNA, quindi di valutare in un secondo momento l'efficienza e la correttezza dell'operazione stessa.<ref>{{en}} {{citeCita journalpubblicazione |authorautore= Shevelev IV, Hubscher U. |yearanno=2002 2002|titletitolo= The 3' 5' exonucleases. | journalrivista= Nat Rev Mol Cell Biol. |volume= 3 |issuenumero=5 5|pagespp= 364-376|id= |PMID =11988770}}</ref>. Questo processo in due passaggi permette di ridurre enormemente gli errori compiuti (si stima che le DNA polimerasi di [[mammifero]] abbiano un tasso di errore di 1 su 100 milioni di reazioni catalizzate.<ref>{{en}} Berg J., Tymoczko J. and Stryer L. (2002) ''Biochemistry.'' W. H. Freeman and Company ISBN 0-7167-4955-6</ref>). Simili meccanismi di ''proof-reading'' sono presenti anche nelle [[RNA polimerasi]],<ref>{{en}} {{citeCita journalpubblicazione |authorautore= Zenkin N, Yuzenkova Y, Severinov K. |yearanno= 2006 |titletitolo= Transcript-assisted transcriptional proofreading.| journal|url=https://archive.org/details/sim_science_2006-07-28_313_5786/page/518 |rivista=Science. |volume=313 313|pagespp= 518-520 |idPMID= PMID 16873663}}</ref>, nelle [[amminoacil-tRNA sintetasi]]<ref>{{en}} {{citeCita journalpubblicazione |authorautore= Ibba M, Soll D. |yearanno=2000 2000|titletitolo= Aminoacyl-tRNA synthesis.| journal|url=https://archive.org/details/sim_annual-review-of-biochemistry_2000_69/page/617 |rivista=Annu Rev Biochem. |volume= 69 |pagespp= 617-650|id= |PMID =10966471}}</ref> e nei [[ribosomi]].<ref>{{en}} {{citeCita journalpubblicazione |authorautore= Rodnina MV, Wintermeyer W. |yearanno= 2001 |titletitolo= Fidelity of aminoacyl-tRNA selection on the ribosome: kinetic and structural mechanisms.| journal|url=https://archive.org/details/sim_annual-review-of-biochemistry_2001_70/page/415 |rivista=Annu Rev Biochem. |volume= 70 |pagespp= 415-435 |id= PMID =11395413}}</ref>.
 
Esistono in ogni caso anche diversi enzimi caratterizzati da una specificità relativamente più bassa. Diversi enzimi sono infatti in grado di agire su un numero ampio di substrati. Una possibile spiegazione di questa evidenza è legata al fatto che, dal punto di vista [[evoluzione|evolutivo]], essa permetterebbe la costituzione di nuovi ''[[pathway]]s'' metabolici.<ref>{{en}} {{citeCita web |url=http://www-users.york.ac.uk/~drf1/rdf_sp1.htm |titletitolo=The Screening Hypothesis - a new explanation of secondary product diversity and function |accessdatecognome=Firn |nome=Richard |lingua=en |accesso=2006-10-11 ottobre 2006 |lasturlarchivio=Firnhttps://web.archive.org/web/20061031063451/http://www-users.york.ac.uk/~drf1/rdf_sp1.htm |firstdataarchivio=Richard31 ottobre 2006 |urlmorto=sì}}</ref>.
 
==== Modello ''chiave-serratura'' ====
Il primo modello ada essere stato messo a punto per spiegare la specificità degli enzimi è quello suggerito da [[Hermann Emil Fischer]] innel [[1894]], secondo il quale l'enzima ede il substrato possiedono una forma esattamente complementare che ne permette un ''incastro'' perfetto.<ref>{{ende}} {{citeCita journalpubblicazione |authorautore= Fischer E. |yearanno= 1894 |titletitolo= Einfluss der Configuration auf die Wirkung der Enzyme| journal|rivista=Ber. Dt.Chem. Ges. |volume=27 |pp=2985-2993 |accesso=25 aprile 2007 |url=http://gallica.bnf.fr/ark:/12148/bpt6k90736r/f364.chemindefer |urlarchivio=https://web.archive.org/web/20110511082519/http://gallica.bnf.fr/ark:/12148/bpt6k90736r/f364.chemindefer |dataarchivio=11 maggio 2011 |urlmorto=no}}</ref> Tale modello è spesso definito come ''chiave-[[serratura]]''. In ogni caso tale modello esplica bene la specificità degli enzimi, ma è decisamente meno affidabile nello spiegare la stabilizzazione dello [[stato di transizione]] che l'enzima raggiunge durante il legame con il substrato.
Chem. Ges.|volume=27|pages=2985-2993|url = http://gallica.bnf.fr/ark:/12148/bpt6k90736r/f364.chemindefer}}</ref>. Tale modello è spesso definito come ''[[chiave]]-[[serratura]]''. In ogni caso tale modello esplica bene la specificità degli enzimi, ma è decisamente meno affidabile nello spiegare la stabilizzazione dello [[stato di transizione]] che l'enzima raggiunge durante il legame con il substrato.
 
==== Modello dell'adattamento indotto ====
[[Immagine:Hexokinase.png|300px|thumb|L'enzima [[esochinasi]] è un buon esempio del modello dell'adattamento indotto: quando il [[glucosio]] si avvicina al sito attivo (immagine a sinistra - freccia), l'enzima cambia conformazione, avvolgendosi attorno al substrato (destra)]]
Nel [[1958]] [[Daniel Koshland]] propose una modifica del modello ''chiave-serratura'': dal momento che gli enzimi sono strutture relativamente flessibili, egli suggerì che il sito attivo potesse continuamente modellarsi in base alla presenza o meno del substrato<ref>{{en}} {{cite journal|url=http://www.pnas.org/cgi/reprint/44/2/98|author=Koshland D. E.|year= 1958|title= Application of a Theory of Enzyme Specificity to Protein Synthesis|journal=Proc. Natl. Acad. Sci.|volume=44|issue=2|pages=98-104|id= PMID 16590179}}</ref>. Come risultato, il substrato non si lega semplicemente ad un sito attivo ''rigido'', ma genera un rimodellamento del sito stesso, che lo porta ad un legame più stabile in modo da portare correttamente a termine la sua attività catalitica<ref>{{en}} {{cite book |last=Boyer |first=Rodney |title=Concepts in Biochemistry |origyear=2002 |accessdate=2007-04-21 |edition=2nd ed.|publisher=John Wiley & Sons, Inc. |___location=New York, Chichester, Weinheim, Brisbane, Singapore, Toronto. |language=English |isbn=0-470-00379-0 |pages=137-138 |chapter=6}}</ref>, come succede ad esempio per la [[esochinasi]]<ref>{{en}} [http://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/bv.fcgi?rid=stryer.figgrp.2210 Immagine dell'adattamento indotto nella esochinasi]</ref> e per altri enzimi [[glicolisi|glicolitici]]. In alcuni casi, come avviene per le [[glicosidasi]], anche il substrato può cambiare leggermente la propria forma all'ingresso nel sito attivo<ref>{{en}} {{cite journal|author=Vasella A, Davies GJ, Bohm M.|year= 2002|title= Glycosidase mechanisms.|journal=Curr Opin Chem Biol.|volume=6|issue=5|pages=619-629|id= PMID 12413546}}</ref>.
 
Nel [[1958]] [[Daniel Koshland]] propose una modifica del modello ''chiave-serratura'': dal momento che gli enzimi sono strutture relativamente flessibili, egli suggerì che il sito attivo potesse continuamente modellarsi in base alla presenza o meno del substrato.<ref>{{en}} {{Cita pubblicazione |autore=Koshland D. E. |anno=1958 |titolo=Application of a Theory of Enzyme Specificity to Protein Synthesis |rivista=Proc. Natl. Acad. Sci. |volume=44 |numero=2 |pp=98-104 |accesso=25 aprile 2007 |url=http://www.pnas.org/cgi/reprint/44/2/98 |PMID=16590179 |urlarchivio=https://web.archive.org/web/20070303145503/http://www.pnas.org/cgi/reprint/44/2/98 |dataarchivio=3 marzo 2007 |urlmorto=no}}</ref> Come risultato, il substrato non si lega semplicemente a un sito attivo ''rigido'', ma genera un rimodellamento del sito stesso, che lo porta a un legame più stabile in modo da portare correttamente a termine la sua attività catalitica,<ref>{{en}} {{Cita libro |nome=Rodney |cognome=Boyer |titolo=Concepts in Biochemistry |url=https://archive.org/details/conceptsinbioche0002boye |accesso=21 aprile 2007 |edizione=2nd ed. |annooriginale=2002 |editore=John Wiley & Sons, Inc. |città=New York, Chichester, Weinheim, Brisbane, Singapore, Toronto. |lingua=en |pp=137-138 |capitolo=6 |ISBN=0-470-00379-0}}</ref> come succede ad esempio per la [[esochinasi]]<ref>{{en}} [https://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/bv.fcgi?rid=stryer.figgrp.2210 Immagine dell'adattamento indotto nella esochinasi] {{Webarchive|url=https://web.archive.org/web/20090207222627/http://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/bv.fcgi?rid=stryer.figgrp.2210 |data=7 febbraio 2009 }}</ref> e per altri enzimi [[glicolisi|glicolitici]]. In alcuni casi, come avviene per le [[glicosidasi]], anche il substrato può cambiare leggermente la propria forma all'ingresso nel sito attivo.<ref>{{en}} {{Cita pubblicazione |autore=Vasella A, Davies GJ, Bohm M. |anno=2002 |titolo=Glycosidase mechanisms. |rivista=Curr Opin Chem Biol. |volume=6 |numero=5 |pp=619-629 |PMID=12413546}}</ref>
===Funzionamento===
Il legame iniziale tra enzima e substrato è necessario anche da un punto di vista energetico. L'energia del legame deriva non solo da eventuali legami [[legame covalente|covalenti]], ma anche da una fitta rete di interazioni deboli, [[legame ionico|ioniche]] o [[legame elettrostatico|elettrostatiche]]. Solo il corretto substrato è in grado di partecipare a tutte le interazioni previste. Ciò, oltre a spiegare la sorprendente stabilità del legame tra enzima e substrato, permette di comprendere i meccanismi che conferisco elevata specificità all'enzima stesso.
 
=== Funzionamento ===
La riduzione dell'energia di attivazione può essere invece spiegata dal fatto che tutte le interazioni tra enzima e substrato sono possibili solo quando il substrato si trova nello stato di transizione. Tale stato è dunque stabilizzato (in un certo senso esso viene ''forzato'') dal legame tra enzima e substrato. Il substrato nello stato di transizione può essere considerato un vero e proprio ''nuovo'' substrato di una ''nuova'' reazione, avente una energia di attivazione inferiore a quella ''originale''. La riduzione della ΔG<sup>‡</sup> può dunque essere intesa come conseguenza della creazione di una sorta di ''nuova'' reazione, impossibile senza la presenza dell'enzima corretto.
Il legame iniziale tra enzima e substrato è necessario anche da un punto di vista energetico. L'energia del legame deriva non solo da eventuali legami [[legame covalente|covalenti]], ma anche da una fitta rete di interazioni deboli, [[legame ionico|ioniche]] o [[interazione elettrostatica|elettrostatiche]]. Solo il corretto substrato è in grado di partecipare a tutte le interazioni previste. Ciò, oltre a spiegare la sorprendente stabilità del legame tra enzima e substrato, permette di comprendere i meccanismi che conferiscono elevata specificità all'enzima stesso.
 
La riduzione dell'energia di attivazione può essere invece spiegata dal fatto che tutte le interazioni tra enzima e substrato sono possibili solo quando il substrato si trova nello stato di transizione. Tale stato è dunque stabilizzato (in un certo senso esso viene ''forzato'') dal legame tra enzima e substrato. Il substrato nello stato di transizione può essere considerato un vero e proprio ''nuovo'' substrato di una ''nuova'' reazione, avente un'energia di attivazione inferiore a quella ''originale''. La riduzione della ΔG<sup>‡</sup> può dunque essere intesa come conseguenza della creazione di una sorta di ''nuova'' reazione, impossibile senza la presenza dell'enzima corretto.
L'affinità dell'enzima per il substrato è quindi la condizione necessaria per il suo funzionamento; ma questo non significa che nel ''complesso'' le forze di interazione debbano essere molto elevate: se il complesso enzima-substrato fosse eccessivamente stabile, per esempio, l'enzima non tenderebbe a formare i prodotti. Se l'affinità troppo alta fosse invece tra enzima e stato di transizione (o tra enzima e prodotto) la reazione si bloccherebbe, non permettendo al complesso di dissociarsi e liberare i prodotti.
 
L'affinità dell'enzima per il substrato è quindi la condizione necessaria per il suo funzionamento; ma questo non significa che nel ''complesso'' le forze di interazione debbano essere molto elevate: se il complesso enzima-substrato fosse eccessivamente stabile, per esempio, l'enzima non tenderebbe a formare i prodotti. Se fosse invece troppo alta l'affinità tra enzima e stato di transizione (o tra enzima e prodotto) la reazione si bloccherebbe, non permettendo al complesso di dissociarsi e liberare i prodotti.
====Strategie catalitiche====
[[Image:Carbonic anhydrase inhibition by a sulfonamide.png|thumb|left|250px|L'enzima [[anidrasi carbonica]] (in verde una [[sulfonamide]], inibitore dell'attività enzimatica)]]
Alcune delle strategie comunemente messe in atto dagli enzimi per catalizzare reazioni sono le seguenti<ref>{{en}} [http://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/bv.fcgi?rid=stryer.chapter.1163 Berg Jeremy M., Tymoczko John L. and Stryer Lubert ''Biochemistry - Fifth Edition'' - W. H. Freeman and Company]</ref>.
 
==== Strategie catalitiche ====
*Catalisi covalente. Il sito attivo contiene un gruppo reattivo (solitamente [[nucleofilo]]), che viene legato covalentemente in modo temporaneo nel corso della reazione. Questo è il meccanismo sfruttato da enzimi come la [[chimotripsina]].
 
Alcune delle strategie comunemente messe in atto dagli enzimi per catalizzare reazioni sono le seguenti.<ref>{{en}} [https://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/bv.fcgi?rid=stryer.chapter.1163 Berg Jeremy M., Tymoczko John L. and Stryer Lubert ''Biochemistry - Fifth Edition'' - W. H. Freeman and Company] {{webarchive|url=https://web.archive.org/web/20090207212358/http://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/bv.fcgi?rid=stryer.chapter.1163 |data=7 febbraio 2009 }}</ref>
*Catalisi acido-base. Nel sito attivo è presente un residuo [[amminoacidi]]co che funge da donatore o accettore di [[elettroni]]. Nella stessa chimotripsina, ad esempio, è presente un'[[istidina]] in grado di incrementare il potere nucleofilo della [[serina]], responsabile del legame con il substrato.
 
* Catalisi covalente. Il sito attivo contiene un gruppo reattivo (solitamente [[nucleofilo]]), che viene legato covalentemente in modo temporaneo nel corso della reazione. Questo è il meccanismo sfruttato da enzimi come la [[chimotripsina]].
*Catalisi mediata da ioni metallici. Gli ioni metallici possono svolgere funzioni catalitiche in diversi modi. Ad esempio, possono funzionare da catalizzatori [[elettrofilo|elettrofili]], che stabilizzano la carica negativa di un intermedio di reazione. In modo analogo, uno ione metallico può generare un nucleofilo incrementando l'acidità di una molecola posta nelle vicinanze, come avviene per la molecola di [[acqua]] durante l'idratazione dell'[[anidride carbonica]] catalizzata dall'[[anidrasi carbonica]]. In alcuni casi, lo ione metallico può anche legare direttamente il substrato, incrementando così l'energia di legame. Questa è la strategia seguita ad esempio dalle [[nucleosidemonofosfato chinasi]] (dette anche NMP chinasi).
* Catalisi acido-base. Nel sito attivo è presente un residuo [[amminoacidi]]co che funge da donatore o accettore di [[elettroni]]. Nella stessa chimotripsina, ad esempio, è presente un'[[istidina]] in grado di incrementare il potere nucleofilo della [[Serina (chimica)|serina]], responsabile del legame con il substrato.
* Catalisi mediata da ioni metallici. Gli ioni metallici possono svolgere funzioni catalitiche in diversi modi. Ad esempio, possono funzionare da catalizzatori [[elettrofilo|elettrofili]], che stabilizzano la carica negativa di un [[intermedio di reazione]]. In modo analogo, uno ione metallico può generare un nucleofilo incrementando l'acidità di una molecola posta nelle vicinanze, come avviene per la molecola di [[acqua]] durante l'idratazione dell'[[anidride carbonica]] catalizzata dall'[[anidrasi carbonica]]. In alcuni casi, lo ione metallico può anche legare direttamente il substrato, incrementando così l'energia di legame. Questa è la strategia seguita ad esempio dalle [[nucleoside monofosfato chinasi]] (dette anche NMP chinasi).
* Catalisi da avvicinamento. In numerose reazioni che coinvolgono più substrati, il fattore limitante è la scarsa possibilità che i substrati si dispongano vicini e nel corretto orientamento. Enzimi come le stesse NMP chinasi sono ad esempio in grado di disporre due nucleotidi vicini tra loro, facilitando il trasferimento di un [[gruppo fosfato]] da un nucleotide all'altro.
 
Analisi recenti hanno svelato ulteriori correlazioni tra le dinamiche interne dell'enzima e l'efficienza di catalisi risultante.<ref>{{en}} Eisenmesser EZ, Bosco DA, Akke M, Kern D. ''Enzyme dynamics during catalysis.'' Science. 2002 February 22;295(5559):1520-3. PMID 11859194</ref><ref>{{en}} Agarwal PK. ''Role of protein dynamics in reaction rate enhancement by enzymes.'' J Am Chem Soc. 2005 November 2;127(43):15248-56. PMID 16248667</ref><ref>{{en}} Eisenmesser EZ, Millet O, Labeikovsky W, Korzhnev DM, Wolf-Watz M, Bosco DA, Skalicky JJ, Kay LE, Kern D. ''Intrinsic dynamics of an enzyme underlies catalysis.'' Nature. 2005 November 3;438(7064):117-21. PMID 16267559</ref>
*Catalisi da avvicinamento. In numerose reazioni che coinvolgono più substrati, il fattore limitante è la scarsa possibilità che i substrati si dispongano vicini e nel corretto orientamento. Enzimi come le stesse NMP chinasi sono ad esempio in grado di disporre due nucleotidi vicini tra loro, facilitando il trasferimento di un [[gruppo fosfato]] da un nucleotide all'altro.
Le regioni interne di un enzima (dai singoli amminoacidi fino alle [[Alfa elica|eliche alfa]]) possono cambiare posizione e conformazione in tempi che vanno dai [[femtosecondo|femtosecondi]] ai secondi: sono tali spostamenti a cambiare la rete di interazioni possibili con il substrato, con conseguenze importanti a livello di aumento o un calo dell'efficienza catalitica.<ref>{{en}} {{Cita pubblicazione |autore=Yang LW, Bahar I. |anno=2005 |mese=giugno |titolo=Coupling between catalytic site and collective dynamics: A requirement for mechanochemical activity of enzymes. |rivista=Structure. |volume=13 |pp=893-904 |url=http://www.structure.org/content/article/abstract?uid=PIIS096921260500167X |PMID=15939021 |urlmorto=sì |giorno=5 |accesso=25 aprile 2007 |dataarchivio=26 maggio 2012 |urlarchivio=https://archive.is/20120526191929/http://www.cell.com/structure/abstract/S0969-2126(05)00167-X }}</ref><ref>{{en}} {{Cita pubblicazione |autore=Agarwal PK, Billeter SR, Rajagopalan PT, Benkovic SJ, Hammes-Schiffer S. |anno=2002 |mese=marzo |titolo=Network of coupled promoting motions in enzyme catalysis. |rivista=Proc. Natl. Acad. Sci. U S A. |volume=99 |pp=2794-9 |accesso=25 aprile 2007 |url=http://www.pnas.org/cgi/content/full/99/5/2794 |PMID=11867722 |urlarchivio=https://web.archive.org/web/20070214012600/http://www.pnas.org/cgi/content/full/99/5/2794 |dataarchivio=14 febbraio 2007 |urlmorto=no |giorno=5}}</ref><ref>{{en}} Agarwal PK, Geist A, Gorin A. ''Protein dynamics and enzymatic catalysis: investigating the peptidyl-prolyl cis-trans isomerization activity of cyclophilin A.'' Biochemistry. 2004 August 24;43(33):10605-18. PMID 15311922</ref><ref>{{en}} {{Cita pubblicazione |autore=Tousignant A, Pelletier JN. |anno=2004 |mese=agosto |titolo=Protein motions promote catalysis. |rivista=Chem Biol. |volume=11 |numero=8 |pp=1037-42 |PMID=15324804}}</ref> Questo ha conseguenze fondamentali a livello dello studio della modulazione allosterica, dell'inibizione e dell'attivazione enzimatica.
 
=== Modulazione allosterica ===
Analisi recenti hanno svelato ulteriori correlazioni tra le dinamiche interne dell'enzima e l'efficienza di catalisi risultante<ref>{{en}} Eisenmesser EZ, Bosco DA, Akke M, Kern D. ''Enzyme dynamics during catalysis.'' Science. 2002 February 22;295(5559):1520-3. PMID: 11859194 </ref><ref>{{en}} Agarwal PK. ''Role of protein dynamics in reaction rate enhancement by enzymes.'' J Am Chem Soc. 2005 November 2;127(43):15248-56. PMID: 16248667</ref><ref>{{en}} Eisenmesser EZ, Millet O, Labeikovsky W, Korzhnev DM, Wolf-Watz M, Bosco DA, Skalicky JJ, Kay LE, Kern D. ''Intrinsic dynamics of an enzyme underlies catalysis.'' Nature. 2005 November 3;438(7064):117-21. PMID: 16267559</ref>.
{{vedi anche|Regolazione allosterica}}
Le regioni interne di un enzima (dai singoli amminoacidi fino alle [[Alfa elica|eliche alfa]]) possono cambiare posizione e conformazione in tempi che vanno dai [[femtosecondo|femtosecondi]] ai secondi: sono tali spostamenti a cambiare la rete di interazioni possibili con il substrato, con conseguenze importanti a livello di aumento o un calo dell'efficienza catalitica<ref>{{en}} {{cite journal|url=http://www.structure.org/content/article/abstract?uid=PIIS096921260500167X|author=Yang LW, Bahar I.|title=Coupling between catalytic site and collective dynamics: A requirement for mechanochemical activity of enzymes.| journal=Structure.|year=2005|month=June|day=5|volume=13|pages=893-904|id=PMID 15939021}}</ref><ref>{{en}} {{cite journal|url=http://www.pnas.org/cgi/content/full/99/5/2794|author=Agarwal PK, Billeter SR, Rajagopalan PT, Benkovic SJ, Hammes-Schiffer S.|title=Network of coupled promoting motions in enzyme catalysis.| journal=Proc. Natl. Acad. Sci. U S A.|year=2002|month=March|day=5|volume=99|pages=2794-9|id=PMID 11867722}}</ref><ref>{{en}} Agarwal PK, Geist A, Gorin A. ''Protein dynamics and enzymatic catalysis: investigating the peptidyl-prolyl cis-trans isomerization activity of cyclophilin A.'' Biochemistry. 2004 August 24;43(33):10605-18. PMID: 15311922 </ref><ref>{{en}} {{cite journal|url=http://www.sciencedirect.com/science?_ob=ArticleURL&_udi=B6VRP-4D4JYMC-6&_coverDate=08%2F31%2F2004&_alid=465962916&_rdoc=1&_fmt=&_orig=search&_qd=1&_cdi=6240&_sort=d&view=c&_acct=C000050221&_version=1&_urlVersion=0&_userid=10&md5=613585a6164baa38b4f6536d8da9170a|author=Tousignant A, Pelletier JN.|title=Protein motions promote catalysis.|journal=Chem Biol.|year=2004|month=Aug|volume=11|issue=8|pages=1037-42|id=PMID 15324804}}</ref>. Questo ha conseguenze fondamentali a livello dello studio della modulazione allosterica, dell'inibizione e dell'attivazione enzimatica.
[[File:Phosphofructokinase 6PFK wpmp.png|thumb|L'enzima [[6-fosfofruttochinasi]], dotato di siti di modulazione allosterica]]
 
Alcuni enzimi sono provvisti, oltre che del sito attivo, anche di cosiddetti siti [[allosteria|allosterici]], che funzionano come degli interruttori, potendo bloccare o attivare l'enzima. Quando una molecola particolare fa infatti da substrato per questi siti, la struttura dell'enzima viene completamente modificata, al punto che esso può non funzionare più. Al contrario, può avvenire che la deformazione metta in funzione l'enzima. Molto spesso la deformazione consiste in un riorientamento dei domini che compongono l'enzima in modo da rendere il sito attivo più accessibile (attivatori) o meno accessibile (inibitori).
===Modulazione allosterica===
[[Image:Phosphofructokinase.png|thumb|250px|L'enzima [[fosfofruttochinasi]]. Gli asterischi indicano i siti di modulazione allosterica]]
{{vedi anche|Allosteria}}
Alcuni enzimi sono provvisti, oltre che del sito attivo, anche di cosiddetti siti [[allosteria|allosterici]], che funzionano come degli interruttori, potendo bloccare o attivare l'enzima. Quando una molecola particolare fa infatti da substrato per questi siti, la struttura dell'enzima viene completamente modificata, al punto che esso può non funzionare più. Al contrario, può avvenire che la deformazione metta in funzione l'enzima. Molto spesso la deformazione consiste in un riorentamento dei domini che compongono l'enzima in modo da rendere il sito attivo più accessibile (attivatori) o meno accessibile (inibitori).
Queste molecole che regolano l'attività enzimatica sono dette [[effettori allosterici]] o ''modulatori allosterici''.
Il sito allosterico può essere anche lo stesso sito attivo dell'enzima: in questo caso, in genere, gli attivatori sono i stessi reagenti, mentre gli inibitori allosterici saranno i prodotti.
 
Il sito allosterico può essere anche lo stesso sito attivo dell'enzima: in questo caso, in genere, gli attivatori sono gli stessi reagenti, mentre gli inibitori allosterici saranno i prodotti.
Molti effettori hanno effetti simili su più enzimi diversi: in questo modo l'allosteria può essere utilizzata per sincronizzare diverse reazione che si trovano lungo la stessa via o su vie diverse. Ad esempio l'ATP è un'inibitore allosterico di molti enzimi che operano su reazioni di [[catabolismo]] ([[glicolisi]], [[ciclo di Krebs]]..): così quando la sua concentrazione è alta, ovvero la cellula ha molta energia a dispozione, lo stesso ATP rallenta le vie che portano alla produzione di ulteriori molecole ad alto contenuto energetico.
 
Molti effettori hanno effetti simili su più enzimi diversi: in questo modo l'allosteria può essere utilizzata per sincronizzare diverse reazioni che si trovano lungo la stessa via o su vie diverse. Ad esempio l'ATP è un inibitore allosterico di molti enzimi che operano su reazioni di [[catabolismo]] (quali ad esempio [[glicolisi]] e [[ciclo di Krebs]]), per cui quando la sua concentrazione è alta (ovvero la cellula ha molta energia a disposizione) lo stesso [[adenosintrifosfato|ATP]] rallenta le vie che portano alla produzione di ulteriori molecole ad alto contenuto energetico.
<!-- [[Allosteric]] enzymes change their structure in response to binding of [[effector (biology)|effector]]s. Modulation can be direct, where the effector binds directly to [[binding site]]s in the enzyme, or indirect, where the effector binds to other proteins or [[protein subunit]]s that interact with the allosteric enzyme and thus influence catalytic activity. -->
 
=== Meccanismi di reazione a due substrati ===
==Cofattori==
I meccanismi di reazione a due substrati sono:
[[Image:Catalase.png|thumb|left|220px|Gruppi prostetici [[eme]] (rosso) all'interno dell'enzima [[catalasi]]. In evidenza gli [[ione|ioni]] [[ferro]] (verde).]]
* '''Bi-Bi ordinato''': si legano i substrati S1 e S2 e si staccano i prodotti P1 e P2 in ordine (come in molte [[ossidoreduttasi]] NAD<sup>+</sup>(P) dipendenti).
* '''Bi-Bi Random''': si legano i due substrati e si staccano i due prodotti in vari ordini (come in molte [[chinasi]] e alcune [[deidrogenasi]]).
* '''Ping Pong''' (o '''doppio spostamento'''): si attacca il substrato S1 e si stacca il prodotto P1, poi si attacca S2 e si stacca P2 (come per le [[aminotransferasi]] e [[serina proteasi]]).
 
== Cofattori ==
{{vedi anche|Cofattore (biologia)}}
Molti enzimi contengono molecole non proteiche che partecipano alla funzione catalitica. Queste molecole, che si legano spesso all'enzima nelle vicinanze del sito attivo, vengono definite ''[[cofattore (biologia)|cofattori]]''. Combinandosi con la forma non attiva dell'enzima (''apoenzima''), esse danno origine ad un enzima cataliticamente attivo (''oloenzima'').
 
Molti enzimi contengono molecole non proteiche che partecipano alla funzione catalitica. Queste molecole, che si legano spesso all'enzima nelle vicinanze del sito attivo, vengono definite ''[[cofattore (biologia)|cofattori]]''. Combinandosi con la forma non attiva dell'enzima (''apoenzima''), esse danno origine a un enzima cataliticamente attivo (''oloenzima'').
Queste molecole spesso vengono divise in due categorie sulla base della natura chimica: i metalli ed i coenzimi (piccole molecole organiche).
 
Queste molecole spesso vengono divise in due categorie sulla base della natura chimica: i metalli e i coenzimi (piccole molecole organiche).
 
Sulla base del legame con l'enzima, invece, si distinguono i gruppi prostetici ede i cosubstrati. I gruppi prostetici sono di solito strettamente legati agli enzimi, generalmente in modo permanente. I cosubstrati sono invece legati più debolmente agli enzimi (una singola molecola di cosubstrato a volte può associarsi successivamente con enzimi diversi) e servono come portatori di piccole molecole da un enzima ada un altro. La maggior parte delle [[vitamine]], composti che gli esseri umani e altri animali non sono in grado di sintetizzare autonomamente, sono cofattori (o precursori di cofattori).
 
== Termodinamica ==
{{vedi anche|Energia di attivazione|Equilibrio termodinamico|Equilibrio chimico}}
[[ImageFile:Diagramma attivazione.svg|thumb|400pxupright=1.8|Diagramma di una reazione catalitica che mostra l'energia richiesta a vari stadi lungo l'asse del tempo (''[[coordinata di reazione|coordinate di reazione]]''). I substrati normalmente necessitano di una notevole quantità di energia (picco rosso) per giungere allo stato di transizione, onde reagire per formare il prodotto. L'enzima crea un microambiente nel quale i substrati possono raggiungere lo stato di transizione (picco blu) più facilmente, riducendo così la quantità d'energia richiesta. Essendo più facile arrivare a uno stato energetico minore la reazione può avere luogo più frequentemente e di conseguenza la velocità di reazione sarà maggiore.]]
Come per tutti i [[catalizzatori]], gli enzimi non modificano l'[[equilibrio chimico]] della reazione. Solitamente, in presenza di un enzima, la reazione si svolge nella stessa direzione in cui si svolgerebbe senza. L'unica differenza è la velocità della reazione. Di conseguenza, gli enzimi possono catalizzare in modo equivalente sia la reazione diretta che quella inversa. Ad esempio, l'[[anidrasi carbonica]] catalizza la reazione in entrambe le direzioni a seconda della concentrazione dei reagenti.
 
: <math>\mathrm{CO_2 + H_2O
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\!\!\!\!\!\!\!\!\!\!\!\!\!\!\!\!\!\!\!\!\!\!\!\!\!\!\!\!\!\!\!\!\!\!\!\!\!\!\!\!\!\!
\overrightarrow{\qquad\qquad\qquad\qquad}
H_2CO_3}</math> (nei [[tessuto (biologia)|tessuti]], con alta concentrazione di CO<sub>{{apici e pedici|b=2</sub>}})
: <math>\mathrm{H_2CO_3
{}^\mathrm{\quad anidrasi\ carbonica}
\!\!\!\!\!\!\!\!\!\!\!\!\!\!\!\!\!\!\!\!\!\!\!\!\!\!\!\!\!\!\!\!\!\!\!\!\!\!\!\!\!\!
\overrightarrow{\qquad\qquad\qquad\qquad}
CO_2 + H_2O}</math> (nel [[polmone]], con bassa concentrazione di CO<sub>{{apici e pedici|b=2</sub>}})
 
In ogni caso, se l'equilibrio è decisamente spostato in una direzione (in caso ad esempio di una [[reazione esoergonica]]), la reazione diventa irreversibile, e l'enzima si trova ''de facto'' a poter catalizzare la reazione solo in quella direzione.
Riga 143 ⟶ 145:
 
== Cinetica ==
{{mainVedi anche|Cinetica di Michaelis-Menten}}
[[ImageFile:Catalisi enzimatica.svg|thumb|left|300pxupright=1.4|Meccanismo di una reazione a substrato (S) singolo catalizzata da un enzima (E) a generare un prodotto (P)]]
La [[cinetica enzimatica]] si occupa in modo particolare degli aspetti cinetici (cioè legati al fattore tempo) del legame enzima-substrato e della conseguente generazione di un prodotto. I dati di velocità utilizzati nelle analisi cinetiche sono ottenuti da saggi enzimatici. Nel [[1913]] [[Leonor Michaelis]] e [[Maud Menten]] proposero una teoria quantitativa della cinetica enzimatica, che è tutt'oratuttora nota come [[cinetica di Michaelis-Menten]].<ref>{{en}} {{citeCita pubblicazione journal|authorautore=Michaelis L., Menten M. |yearanno=1913 |titletitolo= Die Kinetik der Invertinwirkung |journalrivista=Biochem. Z. |volume= 49 |pagespp= 333-369}} [http://web.lemoyne.edu/~giunta/menten.html English translation] {{Webarchive|url=https://web.archive.org/web/20080509152745/http://web.lemoyne.edu/~giunta/menten.html |data=9 maggio 2008 }} Accessed 6 April 2007</ref>. Il loro lavoro è stato ulteriormente ampliato nel [[1925]] da [[George Edward Briggs]] e [[John Burdon Sanderson Haldane]], che hanno messo a punto le equazioni cinetiche utilizzate comunemente ancora oggi.<ref>{{en}} {{citeCita pubblicazione journal|url=http://www.biochemj.org/bj/019/0338/bj0190338_browse.htm|authorautore=Briggs G. E., Haldane J. B. S. |yearanno=1925 |titletitolo= A note on the kinetics of enzyme action |journalrivista=Biochem. J. |volume=19 |pagespp=339-339 |idaccesso=30 PMIDaprile 2007 |url=http://www.biochemj.org/bj/019/0338/bj0190338_browse.htm |PMID=16743508 |urlarchivio=https://web.archive.org/web/20150319090436/http://www.biochemj.org/bj/019/0338/bj0190338_browse.htm |dataarchivio=19 marzo 2015 |urlmorto=no}}</ref>.
 
Il maggior contributo di Michaelis e Menten fu quello di suddividere idealmente l'azione degli enzimi in due fasi. Nella prima fase, il substrato si lega reversibilmente all'enzima, formando il complesso enzima-substrato (ES), a volte chiamato complesso di Michaelis-Menten in loro onore. La fase successiva è la vera e propria conversione del substrato a prodotto.
 
[[ImageFile:MM curve.png|thumb|300px|rightupright=1.4|Curva di saturazione per una reazione enzimatica: evidenziata la relazione tra la concentrazione di substrato (S) e la velocità di reazione (''v'')]]
Gli enzimi sono in grado di catalizzare alcuni milioni di reazioni al secondo. Per esempio, la reazione catalizzata dalla [[Orotidina-5'-fosfato decarbossilasi|orotidina-5-fosfato decarbossilasi]] impiega circa 25 [[millisecondo|millisecondi]] per processare la stessa quantità di substrato che, in assenza dell'enzima, verrebbe convertita in 78 milioni di anni.<ref>{{en}} {{citeCita journalpubblicazione |authorautore=Radzicka A, Wolfenden R. |yearanno= 1995 |titletitolo= A proficient enzyme. |journalrivista= Science |volume=6 |issuenumero=267 |pagespp=90-931 |idPMID= PMID 7809611}}</ref>.
 
La velocità enzimatica dipende dalle condizioni della soluzione e dalla concentrazione del substrato. Condizioni [[denaturazione delle proteine|denaturanti]], come le alte [[temperatura|temperature]], [[pH]] lontani dalla [[neutralità]] o alte concentrazioni [[sale|saline]] riducono l'attività enzimatica. Alte concentrazioni di substrato, invece, tendono ada incrementare l'attività.
 
La velocità massima di una reazione enzimatica è individuabile incrementando la concentrazione di substrato fino a raggiungere unaun livello a cui la velocità stessa rimane costante (nella curva di saturazione, è il livello indicato in alto a destra). La saturazione ha luogo perché, all'aumentare della concentrazione di substrato, una quantità sempre maggiore di enzima libero è convertita nella forma ES. Alla velocità massima (definita ''V''<sub>max</sub>) dell'enzima, tutti i siti attivi dell'enzima sono saturi di substrato, e l'ammontare del complesso ES è pari a quello dell'enzima stesso.
 
=== Le costanti cinetiche degli enzimi ===
[[Immagine:Triose Phosphate Isomerase.png|250px|thumb|left|La [[trioso fosfato isomerasi]], uno degli ''enzimi cataliticamente perfetti'']]
La ''V''<sub>max</sub> è solo una delle costanti cinetiche che caratterizzano gli enzimi. Un'altra molto usata fornisce informazioni sulla quantità di substrato necessaria per raggiungere una determinata velocità di reazione. Si tratta della [[costante di Michaelis-Menten]] (abbreviata comunemente come ''K''<sub>m</sub>), definita come la concentrazione di substrato necessaria per raggiungere la metà della ''V''<sub>max</sub>. Ogni enzima presenta una ''K''<sub>m</sub> caratteristica relativamente ad ogni diverso substrato.
 
La ''V''{{apici e pedici|b=max}} è solo una delle costanti cinetiche che caratterizzano gli enzimi. Un'altra molto usata fornisce informazioni sulla quantità di substrato necessaria per raggiungere una determinata velocità di reazione. Si tratta della [[costante di Michaelis-Menten]] (abbreviata comunemente come ''K''{{apici e pedici|b=m}}), che è un indice di affinità tra l'enzima e il substrato e coincide con la concentrazione di substrato a cui si realizza metà della ''V''<sub>max</sub>. Ogni enzima presenta una ''K''{{apici e pedici|b=m}} caratteristica relativamente a ogni diverso substrato.
Altra costante molto utilizzata è la ''k''<sub>cat</sub> (o ''numero di turnover''), definita come il numero di molecole di substrato convertite per secondo.
 
Altra costante molto utilizzata è la ''k''{{apici e pedici|b=cat}} (o ''numero di turnover''), definita come il numero di molecole di substrato convertite per secondo da una singola molecola di enzima quando è saturata con il substrato.
L'efficienza dell'enzima può essere espressa come rapporto tra ''k''<sub>cat</sub> e ''K''<sub>m</sub>. Tale rapporto è anche definito ''costante di specificità''. Dal momento che tale costante incorpora sia l'affinità che l'abilità catalitica, spesso si utilizza per confrontare l'efficienza di diversi enzimi o quella di un unico enzima con differenti substrati. Il massimo teoretico per la costante di specificità è chiamato ''limite di diffusione'' ed è compreso tra 10<sup>8</sup> e 10<sup>9</sup> [[molarità|M]]<sup>-1</sup> [[secondo|s]]<sup>-1</sup>. In questo intervallo, ogni collisione tra enzima e substrato ha come effetto la produzione di un prodotto, e la velocità di formazione del prodotto non è limitata dalla velocità di reazione ma dal limite di diffusione. Enzimi che presentano una tale proprietà sono detti ''enzimi cataliticamente perfetti'' o ''cineticamente perfetti''. Esempi di enzimi di questo tipo sono la [[trioso fosfato isomerasi]], l'[[anidrasi carbonica]], l'[[acetilcolinesterasi]], la [[catalasi]], la [[fumarasi]], la [[beta lattamasi]] e la [[superossido dismutasi]].
 
L'efficienza dell'enzima può essere espressa come rapporto tra ''k''{{apici e pedici|b=cat}} e ''K''{{apici e pedici|b=m}}. Tale rapporto è anche definito ''costante di specificità''. Dal momento che tale costante incorpora sia l'affinità che l'abilità catalitica, spesso si utilizza per confrontare l'efficienza di diversi enzimi o quella di un unico enzima con differenti substrati. Il massimo teoretico per la costante di specificità è chiamato ''limite di diffusione'' ed è compreso tra 10{{apici e pedici|p=8}} e 10{{apici e pedici|p=9}} [[molarità|M]]{{apici e pedici|p=-1}} [[secondo|s]]{{apici e pedici|p=-1}}. In questo intervallo, ogni collisione tra enzima e substrato ha come effetto la produzione di un prodotto, e la velocità di formazione del prodotto è limitata solo dalla velocità di diffusione. Enzimi che presentano una tale proprietà sono detti ''enzimi cataliticamente perfetti'' o ''cineticamente perfetti''. Esempi di enzimi di questo tipo sono la [[trioso fosfato isomerasi]], l'[[anidrasi carbonica]], l'[[acetilcolinesterasi]], la [[catalasi]], la [[fumarasi]], la [[beta lattamasi]] e la [[superossido dismutasi]].
Alcuni enzimi possono operare con velocità maggiori dei limiti di diffusione. Sebbene ciò possa sembrare impossibile, esistono alcuni modelli in grado di spiegare il fenomeno<ref>{{en}} {{cite journal|author= Garcia-Viloca M., Gao J., Karplus M., Truhlar D. G.|year= 2004|title= How enzymes work: analysis by modern rate theory and computer simulations.|journal= Science|volume=303|issue=5655|pages=186 - 195|id= PMID 14716003}}</ref><ref>
{{en}} {{cite journal|author=Olsson M. H., Siegbahn P. E., Warshel A.|year= 2004|title= Simulations of the large kinetic isotope effect and the temperature dependence of the hydrogen atom transfer in lipoxygenase|journal = J. Am. Chem. Soc.|volume=126|issue=9|pages=2820-1828|id= PMID 14995199}}</ref>.
 
Alcuni enzimi possono operare con velocità maggiori dei limiti di diffusione. Sebbene ciò possa sembrare impossibile, esistono alcuni modelli in grado di spiegare il fenomeno.<ref>{{Cita pubblicazione|lingua=en |autore=Garcia-Viloca M., Gao J., Karplus M., Truhlar D. G. |anno=2004 |titolo=How enzymes work: analysis by modern rate theory and computer simulations. |rivista=Science |volume=303 |numero=5655 |pp=186-195 |PMID=14716003}}</ref><ref>{{Cita pubblicazione|lingua=en |autore= Olsson M. H., Siegbahn P. E., Warshel A. |anno=2004 |titolo=Simulations of the large kinetic isotope effect and the temperature dependence of the hydrogen atom transfer in lipoxygenase |rivista=J. Am. Chem. Soc. |volume=126 |numero=9 |pp=2820-1828 |PMID= 14995199}}</ref>
==Inibizione enzimatica==
 
== Inibizione enzimatica ==
{{Vedi anche|Inibitore enzimatico}}
[[ImageFile:Inibizione competitiva.svg|thumb|350pxupright=1.6|Gli inibitori competitivi legano l'enzima in modo reversibile, impedendo il legame con il substrato. Il legame con il substrato, viceversa, impedisce il legame dell'inibitore.]]
[[ImageFile:Inibizione non competitiva.svg|thumb|350pxupright=1.6|Gli inibitori non competitivi legano siti alternativi a quello che lega il susbstratosubstrato. Il legame di tali inibitori, tuttavia, genera cambiamenti conformazionali tali da impedire l'ingresso del substrato o generarne la sua espulsione.]]
Gli ''inibitori'' enzimatici sono sostanze in grado di diminuire o annullare l'azione catalitica di un enzima. Possono agire legandosi al sito attivo competitivamente al substrato ''(inibizione competitiva)'' o legandosi ada un sito allosterico. L'inibizione può essere ''reversibile'', rendendo possibile il ripristino della funzione catalitica dell'enzima tramite aumento della [[concentrazione (chimica)|concentrazione]] del substrato rispetto all'inibitore; o ''irreversibile'' con l'impossibilità di potere ripristinare l'attività catalitica. Gli ''induttori'', invece, sono sostanze in grado di interagire con i siti enzimatici in modo da aumentare la funzionalità dell'enzima.
 
=== Inibitori reversibili ===
{{vedi anche|Inibitore reversibile}}
Sono molecole che si legano non covalentemente all'enzima motivo per cui dopo la loro rimozione l'enzima torna a essere funzionante.
 
==== Inibizione competitiva ====
{{vedi anche|Inibitore competitivo}}
Gli inibitori competitivi occupano il sito di legame del substrato, impedendo al substrato di legarsi correttamente (formazione di un complesso EI al posto di uno ES). Se però si verifica prima il legame enzima-substrato, l'inibitore competitivo perde di efficacia. La consistenza dell'inibizione dipende dunque sia dalla concentrazione di inibitore che da quella di substrato. Spesso gli inibitori competitivi mimano in modo notevole la forma dei substrati di cui inibiscono il legame. Ad esempio il [[metotrexato]] è un inibitore competitivo della [[diidrofolato reduttasi]], che catalizza la [[Riduzione (chimica)|riduzione]] del [[diidrofolato]] a [[tetraidrofolato]].
 
All'aumentare della concentrazione di inibitore la ''k''<sub>m</sub>app aumenta la velocità della reazione. Asintoticamente però la velocità tende ancora a ''V''<sub>max</sub> per cui l'effetto dell'inibitore può essere annullato aumentando la concentrazione di substrato.
 
==== Inibizione acompetitiva (e incompetitiva) ====
{{vedi anche|Inibitore acompetitivo}}
Un inibitore acompetitivo si lega a un sito diverso da quello del substrato, presente solamente nel complesso ES: interagisce solo con ES e non con E.
 
''V''<sub>max</sub> e ''k''<sub>m</sub> diminuiscono di uno stesso fattore all'aumentare della concentrazione di inibitore: ''V''<sub>max</sub>/''k''<sub>m</sub> è costante.
 
===Inibitori= reversibiliInibizione mista ====
{{vedi anche|Inibitore di tipo misto}}
====Inibizione competitiva====
Variano sia ''V''<sub>max</sub> che ''k''<sub>m</sub> in modo diverso. È una generalizzazione dell'inibizione non competitiva, la quale è piuttosto rara sperimentalmente.
Gli inibitori competitivi occupano il sito di legame del substrato, impedendo al substrato di legarsi correttamente (formazione di un complesso EI al posto di uno ES). Se però si verifica prima il legame enzima-substrato, l'inibitore competitivo perde di efficacia. La consistenza dell'inibizione dipende dunque sia dalla concentrazione di inibitore che da quella di substrato. Spesso gli inibitori competitivi mimano in modo notevole la forma dei substrati di cui inibiscono il legame. Ad esempio il [[metrotrexato]] è un inibitore competitivo della [[diidrofolato reduttasi]], che catalizza la [[riduzione]] del [[diidrofolato]] a [[tetraidrofolato]].
 
===== Inibizione non competitiva =====
{{vedi anche|Inibitore non competitivo}}
Gli inibitori non competitivi sono in grado di legare siti differenti dal sito attivo. Essi sono dunque in grado di legare sia l'enzima libero, sia in configurazione ES. Il loro legame all'enzima genera un cambiamento conformazionale dell'enzima stesso, che può avere come conseguenza l'inibizione del legame tra enzima e substrato. Non essendoci dunque competizione tra inibitore e substrato, l'importanza dell'inibizione dipende esclusivamente dalla concentrazione dell'inibitore stesso.
L'inibitore causa una diminuzione della ''V''<sub>max</sub> ma non modifica la ''k''<sub>m</sub>.
In pratica l'inibizione acompetitiva e l'inibizione mista avvengono solo negli enzimi con due o più substrati.
 
=== Inibitori irreversibili ===
{{vedi anche|Inibitore irreversibile}}
Alcuni inibitori sono in grado di reagire con l'enzima e formare un [[legame covalente]]. L'inattivazione così indotta è irreversibile. Esistono diversi composti di questo tipo: una classe importante è quella dei cosiddetti [[inibitori suicidi]], che contano al loro interno la [[eflornitina]], un [[farmaco]] utilizzato per trattare la [[malattia del sonno]]<ref name=Poulin>Poulin R, Lu L, Ackermann B, Bey P, Pegg AE. [http://www.jbc.org/cgi/reprint/267/1/150 ''Mechanism of the irreversible inactivation of mouse ornithine decarboxylase by alpha-difluoromethylornithine. Characterization of sequences at the inhibitor and coenzyme binding sites.''] J Biol Chem. 1992 Jan 5;267(1):150–8. PMID 1730582</ref>. Anche la [[penicillina]] ed i suoi derivati agiscono in questo modo. Gli [[antibiotici]] di questa classe vengono legati dal sito attivo dell'enzima bersaglio (le [[transpeptidasi]]) e vengono convertiti in un intermedio che reagisce in modo irreversibile con alcuni residui presenti nel sito attivo.
Alcuni inibitori sono in grado di reagire con l'enzima e formare un [[legame covalente]]. L'inattivazione così indotta è irreversibile. Esistono diversi composti di questo tipo: una classe importante è quella dei cosiddetti [[inibitori suicidi]], che contano al loro interno la [[eflornitina]], un [[farmaco]] utilizzato per trattare la [[malattia del sonno]].<ref name="Poulin">Poulin R, Lu L, Ackermann B, Bey P, Pegg AE. [http://www.jbc.org/cgi/reprint/267/1/150 ''Mechanism of the irreversible inactivation of mouse ornithine decarboxylase by alpha-difluoromethylornithine. Characterization of sequences at the inhibitor and coenzyme binding sites.''] {{Webarchive|url=https://web.archive.org/web/20090124095637/http://www.jbc.org/cgi/reprint/267/1/150|data=24 gennaio 2009}} J Biol Chem. 1992 Jan 5;267(1):150-8. PMID 1730582</ref> Anche la [[penicillina]] e i suoi derivati agiscono in questo modo. Gli [[antibiotici]] di questa classe vengono legati dal sito attivo dell'enzima bersaglio (le [[transpeptidasi]]) e vengono convertiti in un intermedio che reagisce in modo irreversibile con alcuni residui presenti nel sito attivo.
 
=== Utilizzi degli inibitori ===
 
Gli inibitori sono spesso utilizzati come farmaci, ma possono agire anche come veri e propri veleni. In realtà, la differenza tra farmaco e veleno è esclusivamente una questione di dose del composto: la maggior parte dei farmaci, infatti, se somministrati ad alte dosi può risultare tossica, come già [[Paracelso]] evidenziò nel [[XVI secolo]]: "''In tutte le cose c'è un veleno, e senza un veleno non c'è nulla''.<ref>{{en}} Ball, Philip (2006) ''The Devil's Doctor: Paracelsus and the World of Renaissance Magic and Science.'' Farrar, Straus and Giroux ISBN 0-374-22979-1</ref>. Il principio della dose è lo stesso per cui gli antibiotici e gli altri agenti anti-[[infezione]] sono veleni per il [[patogenicità|patogeno]] e non per l'[[organismo]] [[Homo sapiens|umano]].
 
* Un esempio di inibitore utilizzato come farmaco è l'[[aspirina]], che inibisce l'attività delle [[ciclossigenasi]] COX-1 e COX-2, che producono le [[prostaglandine]], mediatori dell'[[infiammazione]], riducendo dunque la sensazione di dolore.
* Il [[cianuro]] è invece un inibitore irreversibile che si combina con il [[rame]] ede il [[ferro]] presenti nel sito attivo dell'enzima [[citocromo -c ossidasi]], bloccando la [[catena di trasporto degli elettroni]] e, di conseguenza, la [[respirazione cellulare]].<ref>{{en}} {{citeCita pubblicazione journal|url=http://www.jbc.org/cgi/reprint/265/14/7945|authorautore=Yoshikawa S and Caughey WS. |yearanno=1990 |monthmese=May|volume=265maggio |issuetitolo=14|title= Infrared evidence of cyanide binding to iron and copper sites in bovine heart cytochrome c oxidase. Implications regarding oxygen reduction. |journalrivista= J Biol Chem. |pagesvolume=265 |numero=14 |pp=7945-7958 |idaccesso=29 PMIDaprile 2007 |url=http://www.jbc.org/cgi/reprint/265/14/7945 |PMID=2159465 |urlarchivio=https://web.archive.org/web/20080925034139/http://www.jbc.org/cgi/reprint/265/14/7945 |dataarchivio=25 settembre 2008 |urlmorto=sì}}</ref>.
 
In molti organismi anche i prodotti degli enzimi possono agire come una sorta di inibitori, attraverso un meccanismo di [[feedback negativo]]. Se un enzima produce troppo prodotto, esso può infatti agire come inibitore dell'enzima stesso, riducendo o bloccando la produzione di ulteriore prodotto. Tale meccanismo è molto frequente negli enzimi coinvolti in ''[[pathway]]'' metabolici: la esochinasi, ad esempio, è inibita da alte quantità di [[glucosio-6-fosfato]].
 
== Regolazione dell'attività enzimatica ==
{{vedi anche|Inibizione enzimatica retroattiva da prodotto finale}}
 
==Regolazione dell'attività enzimatica==
[[Image:Hemagglutinin.png|thumb|250px|L'[[emagglutinina]] adesa alla [[membrana]]]]
La cellula è in grado di controllare l'attività degli enzimi in almeno cinque modalità principali.
 
# '''Produzione degli enzimi'''. La [[trascrizione (biologia)|trascrizione]] e la [[sintesi proteica]] dei [[gene|geni]] relativi agli enzimi sono controllati con i comuni meccanismi che regolano l'[[espressione genica]]. In particolare, tale regolazione spesso risponde a stimoli esterni alla cellula. Ad esempio, alcuni batteri possono diventare [[Resistenza_agli_antibioticiResistenza agli antibiotici|resistenti agli antibiotici]] attraverso l'induzione di enzimi ''ad hoc'' (ad esempio la resistenza alla [[penicillina]] è dovuta all'enzima [[beta-lattamasi]], che genera l'idrolisi dell'anello beta-lattamico che caratterizza la molecola). Un altro esempio è l'induzione delle [[citocromo P450 ossidasi]] nel [[fegato]], coinvolte nel [[Metabolismo di farmaci|metabolismo dei farmaci]].
# '''Compartimentalizzazione degli enzimi'''. L'utilizzo di vescicole ede organelli da parte della cellula è essenziale per permettere lo svolgimento di diversi ''pathway'' metabolici (anche partendo dagli stessi substrati di base). Ad esempio gli [[acidi grassi]] sono biosintetizzati da un set di enzimi presenti nel [[citosol]], nel [[reticolo endoplasmatico]] e nell'[[apparato del Golgi]], mentre gli stessi acidi grassi sono utilizzati nel [[mitocondrio]], come fonte di [[energia]] attraverso la [[beta ossidazione]].<ref>{{en}} {{citeCita journalpubblicazione |url=http://www.pubmedcentral.nih.gov/picrender.fcgi?artid=1218279&blobtype=pdf|authorautore=Faergeman N. J, Knudsen J. |yearanno= 1997 |monthmese=Aprilaprile |titletitolo= Role of long-chain fatty acyl-CoA esters in the regulation of metabolism and in cell signalling |journalrivista= Biochem J |volume=323 |pagespp=1-12 |idurl=http://www.pubmedcentral.nih.gov/picrender.fcgi?artid=1218279&blobtype=pdf |PMID =9173866}}</ref>.
# '''Feedback negativo'''. I prodotti finali di un ''pathway'' metabolico sono spesso inibitori dei primi enzimi della stessa via metabolica (solitamente quelli che caratterizzano le reazioni ''irreversibili''), regolando così l'intero flusso della via metabolica. Un tale meccanismo di regolazione è definito a [[feedback negativo]], perché la quantità di prodotto generato dipende dalla concentrazione del prodotto stesso. I meccanismi di feedback negativo sono in grado di regolare finemente l'attività degli enzimi in base alle necessità della cellula, permettendo una ottimizzazione della gestione dei metaboliti a disposizione ede un corretto mantenimento dell'[[omeostasi]].
# '''[[Modificazioni post traduzionali]]'''. La [[fosforilazione]], la [[miristoilazionemiristilazione]] e la [[glicosilazione]] sono solo alcune delle possibili modificazioni che i singoli amminoacidi di un enzima possono subire in seguito alla sua [[sintesi proteica|traduzione]]. Tali modificazioni sono molto utilizzate per la regolazione della [[trasduzione del segnale]]. Ad esempio la cellula [[fegato|epatica]] è in grado di rispondere al segnale [[ormone|ormonale]] dell'[[insulina]] attraverso la fosforilazione di numerosi enzimi, tra cui la [[glicogeno sintetasi]], che così avvia la [[glicogenosintesi]], riducendo la [[glicemia]].<ref>{{en}} {{citeCita journalpubblicazione |urlautore=http://jcs.biologists.org/cgi/content/full/116/7/1175|author= Doble B. W., Woodgett J. R. |yearanno=2003 |monthmese=Aprilaprile |titletitolo= GSK-3: tricks of the trade for a multi-tasking kinase |journalrivista=J. Cell. Sci. |volume=116 |pagespp=1175-1186 |idaccesso=8 PMIDmaggio 2007 |url=http://jcs.biologists.org/cgi/content/full/116/7/1175 |PMID=12615961 |urlarchivio=https://web.archive.org/web/20070930043534/http://jcs.biologists.org/cgi/content/full/116/7/1175 |dataarchivio=30 settembre 2007 |urlmorto=no}}</ref>. Un altro esempio di modificazione post traduzionale è il taglio di intere sezioni di [[Proteine|proteina]]. La [[chimotripsina]], ad esempio, è biosintetizzata in forma inattiva (come [[chimotripsinogeno]]) nel [[pancreas]] e viene trasportata nell'[[intestino tenue]], dove è attivata. Questo permette all'enzima di non avviare la sua attività [[proteasi|proteolitica]] nel sito di produzione (nel pancreas anche perché, in questo caso, essendo un enzima proteolitico causerebbe l'autodigestione della cellula stessa), ma solo dove ce n'è davvero bisogno (nel tubo digerente). Questi tipi di precursori inattivi sono detti [[zimogeno|zimogeni]].
# '''Attivazione in ambienti differenti da quelli di produzione'''. Un'ultima via di regolazione molto usata è la biosintesi di enzimi attivi solo in condizioni molto differenti. L'[[emagglutininaemoagglutinina]] del virus dell'[[influenza]], ad esempio, viene attivata solo in seguito ada un notevole cambiamento conformazionale indotto dal contatto con l'ambiente [[pH|acido]] dell'[[endosoma]] della cellula infettata.<ref>{{en}} {{citeCita pubblicazione journal|url=http://dx.doi.org/10.1016/0092-8674(93)90260-W|authorautore=Carr C. M. , Kim P. S. |yearanno=2003 |monthmese=Aprilaprile |titletitolo= A spring-loaded mechanism for the conformational change of influenza hemagglutinin |journalrivista=Cell |volume=73 |pagespp=823-832 |idaccesso=1 PMIDmaggio 2019 |url=https://dx.doi.org/10.1016/0092-8674(93)90260-W |PMID=8500173 |urlarchivio=https://web.archive.org/web/20210424163106/https://www.cell.com/cell/pdf/0092-8674(93)90260-W.pdf?_returnURL=https%3A%2F%2Flinkinghub.elsevier.com%2Fretrieve%2Fpii%2F009286749390260W%3Fshowall%3Dtrue |dataarchivio=24 aprile 2021 |urlmorto=no}}</ref>. Simile processo subiscono gli enzimi [[lisosomi]]ali, che vengono attivati solo in presenza del pH acido tipico dell'organello.
 
== Cascate enzimatiche ==
Le [[cascate enzimatiche]] sono sistemi costituiti da più enzimi i quali agiscono tra loro causando delle modificazioni covalenti. Le cascate possono essere monocicliche, bicicliche o multicicliche.
 
== Effetto del pH sull'attività degli enzimi ==
Gli enzimi, come le altre [[proteine]], presentano attività massima a un [[pH]] ottimale. A [[pH]] diversi alcuni residui amminoacidici si protonano o deprotonano modificando la struttura del [[sito attivo]] e dell'enzima in generale. Questo ne diminuisce o inibisce l'attività catalitica.
 
== Enzimi e patologie ==
 
Dal momento che il controllo dell'attività enzimatica è necessario per l'omeostasi cellulare, qualsiasi suo malfunzionamento può indurre risultati patologici. [[Mutazioni]], sovrapproduzione o sottoproduzione del gene codificante per un enzima può indurre ad esempio una [[patologia genetica]]. L'importanza degli enzimi nei processi cellulari può essere ulteriormente dimostrata dal fatto che il malfunzionamento di un solo enzima (su migliaia) è in grado di indurre una patologia seria. Per ogni enzima esiste una patologia da malfunzionamento presente solitamente in percentuali di popolazione tale da renderle le tipiche patologie rare (tipicamente caratterizzate da ritardo mentale, qualora non sia possibile evitare l'assunzione alimentare dei substrati di quell'enzima o ciò sia stato fatto troppo tardi); eccezione per gli enzimi il cui malfunzionamento è incompatibile con la vita stessa che perciò nel caso di mutazione o affioramento del gene recessivo il concepimento è abortito sul nascere.<ref>{{Cita web |url=https://www.citozeatec.it/images/documenti_ricerche/NOTEVOLE_RIDUZIONE_DI-ROS.pdf |titolo=SOD e stress ossidativo |accesso=2 settembre 2019 |urlarchivio=https://web.archive.org/web/20190902081914/https://www.citozeatec.it/images/documenti_ricerche/NOTEVOLE_RIDUZIONE_DI-ROS.pdf |dataarchivio=2 settembre 2019 |urlmorto=no}}</ref>
==Enzimi e patologie==
[[Image:Phenylalanine_Hydroxylase.png|thumb|220px|L'enzima [[fenilalanina idrossilasi]]]]
Dal momento che il controllo dell'attività enzimatica è necessario per l'omeostasi cellulare, qualsiasi suo malfunzionamento può indurre risultati patologici. [[Mutazioni]], sovraproduzione o sottoproduzione del gene codificante per un enzima può indurre ad esempio una [[patologia genetica]]. L'importanza degli enzimi nei processi cellulari può essere ulteriormente dimostrata dal fatto che il malfunzionamento di un solo enzima (su migliaia) è in grado di indurre una patologia seria.
 
Ad esempio la [[fenilchetonuria]] è dovuta alla mutazione di un solo amminoacido nel gene per la [[fenilalanina idrossilasi]], che catalizza il primo step nella conversione della [[fenilalanina]] a [[tirosina]], essenziale per evitare all'[[organismo]] gli effetti tossici dovuti all'accumulo [[sangue|ematico]] di fenilalanina. Tale mutazione genera la perdita di ogni attività enzimatica, con conseguenze [[neurologia|neurologiche]] gravi, tra cui un importante [[ritardo mentale]].<ref>{{en}} [httphttps://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/bv.fcgi?call=bv.View..ShowSection&rid=gnd.section.234 La fenilchetonuria presso ''NCBI Genes and Disease''] {{Webarchive|url=https://web.archive.org/web/20090927134528/http://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/bv.fcgi?call=bv.View..ShowSection&rid=gnd.section.234 |data=27 settembre 2009 }}</ref>.
 
== Applicazioni industriali ==
Gli enzimi sono enormemente utilizzati nell'[[industria chimica]] ede in altre applicazioni industriali che richiedono catalizzatori estremamente specifici. Le principali limitazioni al loro impiego sono la scarsa stabilità in solventi differenti da quello biologico e - ovviamente - il numero limitato di reazioni per cui l'evoluzione ha messo a punto enzimi efficaci. Di conseguenza, sta assumendo un'importanza sempre crescente una nuova area di ricerca che punta alla messa a punto di enzimi con determinate proprietà, sia attraverso la modifica di enzimi esistenti, sia attraverso una sorta di ''evoluzione [[in vitro]]''.<ref>{{en}} {{citeCita pubblicazione journal|authorautore=Renugopalakrishnan V, Garduno-Juarez R, Narasimhan G, Verma CS, Wei X, Li P. |yearanno=2005 2005|titletitolo= Rational design of thermally stable proteins: relevance to bionanotechnology. |journalrivista= J Nanosci Nanotechnol. |volume=5 |issuenumero=11 |pagespp= 1759-1767 |idPMID= PMID 16433409}}</ref><ref>{{en}} {{citeCita pubblicazione journal|authorautore=Hult K, Berglund P. |yearanno=2003 2003|titletitolo= Engineered enzymes for improved organic synthesis. |journalrivista= Curr Opin Biotechnol. |volume=14 |issuenumero=4 |pagespp= 395-400 |idPMID=12943848}}</ref> PMIDSebbene 12943848le reazioni catalizzate da enzimi siano altamente efficienti, alcuni enzimi dipendono dai cofattori della nicotinamide ([[Nicotinammide adenina dinucleotide|NADH]]/NAD+, NADPH/ NADP+). A causa del prezzo elevato di tali cofattori, questi processi non sarebbero economicamente competitivi. Nel recente passato alcuni composti sintetici sono stati identificati come controparti biomimetiche economicamente e funzionalmente molto promettenti dei cofattori naturali<ref>{{Cita pubblicazione |nome=Claudia |cognome=Nowak |nome2=André |cognome2=Pick |nome3=Lénárd-István |cognome3=Csepei |data=2017 |titolo=Characterization of Biomimetic Cofactors According to Stability, Redox Potentials, and Enzymatic Conversion by NADH Oxidase from Lactobacillus pentosus |rivista=ChemBioChem |volume=18 |numero=19 |pp=1944-1949 |lingua=en |accesso=2020-12-11 |doi=10.1002/cbic.201700258 |url=https://chemistry-europe.onlinelibrary.wiley.com/doi/abs/10.1002/cbic.201700258}}</ref><ref>{{Cita pubblicazione |nome=Marine Desage-El |cognome=Murr |data=2020 |titolo=Nature is the Cure: Engineering Natural Redox Cofactors for Biomimetic and Bioinspired Catalysis |rivista=ChemCatChem |volume=12 |numero=1 |pp=53-62 |lingua=en |accesso=2020-12-11 |doi=10.1002/cctc.201901642 |url=https://chemistry-europe.onlinelibrary.wiley.com/doi/abs/10.1002/cctc.201901642}}</ref>.
{| class="wikitable"
{| {{prettytable}}
|bgcolorstyle="background:#6495ed" width=10% align=center|'''Settore'''
|bgcolorstyle="background:#6495ed" width=10% align=center|'''Applicazione'''
|bgcolorstyle="background:#6495ed" width=25% align=center|'''Enzimi utilizzati'''
|bgcolorstyle="background:#6495ed" width=55% align=center|'''Funzioni'''
|-
|style="border-top: solid 3px #aaaaaa;" rowspan="17" | '''[[Industria alimentare]]'''
|style="border-top: solid 3px #aaaaaa;" rowspan="2" | '''[[Pane|Panificazione]]'''
|style="border-top: solid 3px #aaaaaa;" |''α-[[α-amilasi]]'' [[fungi]]ne.
|style="border-top: solid 3px #aaaaaa;" |Catalizzano la conversione dell'[[amido]] presente nella [[farina]] in [[zuccheri]] semplici. Utilizzate nella produzione di pane in genere, si inattivano intorno ai 50&nbsp;°C e sono dunque distrutte durante il processo di cottura.
|-
| ''[[Proteasi]]''
Riga 228 ⟶ 256:
|style="border-top: solid 3px #aaaaaa;" |Proteasi utilizzata per ''predigerire'' gli alimenti destinati ai neonati.
|-
|style="border-top: solid 3px #aaaaaa;" rowspan="6" | '''[[Birra|Birrificazione]]'''
|style="border-top: solid 3px #aaaaaa;" | Enzimi contenuti nell'[[Orzo (alimento)|orzo]].
|style="border-top: solid 3px #aaaaaa;" | Degradano amido e proteine producendo zuccheri semplici, amminoacidi e brevi peptidi, utilizzati dai lieviti per la fermentazione.
Riga 253 ⟶ 281:
|style="border-top: solid 3px #aaaaaa;" rowspan="4" | '''[[Industria casearia]]'''
|style="border-top: solid 3px #aaaaaa;" |''[[Rennina]]''
|style="border-top: solid 3px #aaaaaa;" | Derivata dallo [[stomaco]] di giovani [[ruminanti]] (come [[vitelloBos taurus|vitelli]] e [[agnelloOvis aries|agnelli]]), è usata nella manifattura di formaggi per idrolizzare proteine.
|-
| Vari enzimi prodotti da microrganismi
Riga 259 ⟶ 287:
|-
| ''[[Lipasi]]''
| Utilizzata nella produzione di formaggi come il [[Roquefort (formaggio)|Roquefort]].
|-
| ''[[Lattasi]]''
Riga 277 ⟶ 305:
|style="border-top: solid 3px #aaaaaa;" colspan="2"|'''[[carta|industria cartiera]]'''
|style="border-top: solid 3px #aaaaaa;" |''Amilasi'', ''[[xilanasi]]'', ''cellulasi'' e ''[[ligninasi]]''
|style="border-top: solid 3px #aaaaaa;" |Le amilasi favoriscono la degradazione dell'amido, al fine di ottenere una [[viscosità]] inferiore. Le xilanasi favoriscono lo [[sbiancamento]] della carta. Le cellulasi ammorbidiscolo le fibre. Le ligninasi rimuovono la [[lignina]] per rendere la carta più morbida.
|-
|style="border-top: solid 3px #aaaaaa;" colspan="2"|'''Produzione di [[biocarburanti]]'''
Riga 284 ⟶ 312:
|-
|style="border-top: solid 3px #aaaaaa;" rowspan="3" colspan="2"| '''[[Detersivi]]'''
|style="border-top: solid 3px #aaaaaa;" |Soprattutto ''proteasi'', (in una specifica [[isoforma]] in grado di funzionare all'esterno delle cellule
|style="border-top: solid 3px #aaaaaa;" |Utilizzate nelle fasi di prelavaggio, con applicazione diretta sulle macchie di natura proteica.
|-
Riga 303 ⟶ 331:
|style="border-top: solid 3px #aaaaaa;" colspan="2"|'''[[Fotografia]]'''
|style="border-top: solid 3px #aaaaaa;" |''Proteasi'' (''[[ficina]]'')
|style="border-top: solid 3px #aaaaaa;" |Degradano la [[gelatina]] presente sulle [[pellicolaPellicola fotografica|pellicole]] di scarto per il recupero del contenuto di [[argento]].
|-
|style="border-top: solid 3px #aaaaaa;" colspan="2"|'''[[Biologia molecolare]]'''
Riga 311 ⟶ 339:
|}
 
== Note ==
<references/>
<div class="references-small" style="-moz-column-count:3; column-count:3;">
<references />
</div>
==Bibliografia==
*{{cita libro|Halvor|Christensen|Cinetica enzimatica|1971|Franco Angeli|}}
*{{cita libro|Hans|Bergmeyer|Principi di analisi enzimatica|1982|Piccin-Nuova Libraria|}}
*{{cita libro|Alan|Fersht|Struttura e meccanismi d'azione degli enzimi|1989|[[Zanichelli]]|Bologna}}
*{{cita libro|Nicholas|Price|Principi di enzimologia|1996|Delfino Antonio Editore|}}
*{{cita libro|Lauro|Galzigna| Elementi di enzimologia|1996|Piccin-Nuova Libraria|}}
*{{cita libro|Riccardo|Muzzarelli|Enzimologia|1998|[[Università di Ancona]]|}}
 
==Voci correlateBibliografia ==
* {{Cita libro |nome=Halvor |cognome=Christensen |titolo=Cinetica enzimatica |anno=1971 |editore=Franco Angeli |Halvor |Christensen |Cinetica enzimatica |1971 |Franco Angeli}}
*[[Proteina]]
* {{Cita libro |nome=Hans |cognome=Bergmeyer |titolo=Principi di analisi enzimatica |anno=1982 |editore=Piccin-Nuova Libraria |Hans |Bergmeyer |Principi di analisi enzimatica |1982 |Piccin-Nuova Libraria}}
*[[Catalizzatore]]
* {{Cita libro |nome=Alan |cognome=Fersht |titolo=Struttura e meccanismi d'azione degli enzimi |anno=1989 |editore=[[Nicola Zanichelli Editore|città=Zanichelli]] |Alan |Fersht |Struttura e meccanismi d'azione degli enzimi |1989 |[[Nicola Zanichelli Editore|Zanichelli]] |Bologna}}
*[[Ribozima]]
* {{Cita libro |nome=Nicholas |cognome=Price |titolo=Principi di enzimologia |anno=1996 |editore=Delfino Antonio Editore |Nicholas |Price |Principi di enzimologia |1996 |Delfino Antonio Editore}}
*[[Abzima]]
* {{Cita libro |nome=Lauro |cognome=Galzigna |titolo=Elementi di enzimologia |anno=1996 |editore=Piccin-Nuova Libraria |Lauro |Galzigna |Elementi di enzimologia |1996 |Piccin-Nuova Libraria}}
*[[Isoenzima]]
* {{Cita libro |nome=Riccardo |cognome=Muzzarelli |titolo=Enzimologia |anno=1998 |editore=[[Università di Ancona]] |Riccardo |Muzzarelli |Enzimologia |1998 |[[Università di Ancona]]}}
*[[Cinetica di Michaelis-Menten]]
* {{Cita libro |nome=David L. |cognome=Nelson |titolo=I Principi di Biochimica di Lehninger |ed=3 |anno=febbraio 2002 |editore=[[Nicola Zanichelli Editore|città=Zanichelli]] |ISBN=88-08-09035-3 |David L. |Nelson |I Principi di Biochimica di Lehninger |febbraio 2002 |[[Nicola Zanichelli Editore|Zanichelli]] |Bologna |coautori=Michael M. Cox}}
* {{Cita libro |nome=Umberto |cognome=Mura |curatore=L. Bolognani |titolo=Sistemi enzimatici a cascata |anno=1990 |editore=Piccin-Nuova Libraria |città=collana: Quaderni di Biochimica (n°44) |ISBN=88-299-0871-1 |Umberto |Mura |Sistemi enzimatici a cascata |1990 |Piccin-Nuova Libraria |collana: Quaderni di Biochimica (n°44) |coautori=Antonella Del Corso; Marcella Camici}}
 
== Voci correlate ==
==Altri progetti==
* [[Cascata enzimatica]]
{{interprogetto
* [[Inibitore enzimatico]]
|commons=Category:Enzymes
* [[Proteina]]
|commons_preposizione=riguardanti gli
* [[Catalizzatore]]
|commons_etichetta=enzimi}}
* [[Ribozima]]
==Collegamenti esterni==
* [[Abzima]]
* {{en}} [http://www.ebi.ac.uk/intenz/spotlight.jsp ''Enzyme spotlight'']: approfondimento mensile di un enzima a cura dell'[[Istituto europeo di bioinformatica]].
* [[Isoenzima]]
* {{en}} [http://www.brenda.uni-koeln.de BRENDA]: banca dati contenente informazioni e dati di letteratura relativi a tutti gli enzimi conosciuti.
* [[Cinetica di Michaelis-Menten]]
* {{en}} [http://www.genome.jp/kegg/ KEGG]: banca dati contenente informazioni complete sugli enzimi ed i relativi pathway.
* [[Profili specifici enzimatici (PRIAM)]]
* {{en}} [http://www-mitchell.ch.cam.ac.uk/macie MACiE]: banca dati contenente informazioni sui meccanismi di reazione.
* [[Zimogramma]]
* {{en}} [http://www.ebi.ac.uk/thornton-srv/databases/enzymes/ Enzyme Structures Database]: fornisce il collegamento da un determinato enzima alla sua struttura tridimensionale nella [[Protein Data Bank]].
* [[BRENDA]]
* {{en}} [http://us.expasy.org/enzyme/ ExPASy enzyme]: fornisce il collegamento da un determinato enzima alle informazioni ad esso correlate nel database [[Swiss-Prot]].
* [[Enzima factotum]]
* [[Enzimologia]]
 
== Altri progetti ==
{{vetrina}}
{{interprogetto|wikt=enzima|commons_preposizione=riguardanti gli|commons_etichetta=enzimi}}
 
== Collegamenti esterni ==
[[Categoria:Enzimologia]]
* {{Collegamenti esterni}}
{{Link AdQ|bg}}
* {{en}} [https://web.archive.org/web/20181215222257/https://www.ebi.ac.uk/intenz/spotlight.jsp ''Enzyme spotlight'']: approfondimento mensile di un enzima a cura dell'[[Istituto europeo di bioinformatica]].
{{Link AdQ|de}}
* {{en}} [https://web.archive.org/web/20150506193454/http://www.brenda-enzymes.org/ BRENDA]: banca dati contenente informazioni e dati di letteratura relativi a tutti gli enzimi conosciuti.
{{censbio}} <!--Template di servizio del Progetto Bio - Si prega di non cancellare!-->
* {{en}} [http://www.genome.jp/kegg/ KEGG]: banca dati contenente informazioni complete sugli enzimi e i relativi pathway.
{{Link AdQ|de}}
* {{en}} [https://web.archive.org/web/20090907184708/http://www-mitchell.ch.cam.ac.uk/macie/ MACiE]: banca dati contenente informazioni sui meccanismi di reazione.
{{Link AdQ|en}}
* {{en}} [https://www.ebi.ac.uk/thornton-srv/databases/enzymes/ Enzyme Structures Database]: fornisce il collegamento da un determinato enzima alla sua struttura tridimensionale nella [[Protein Data Bank]].
* {{en}} [http://us.expasy.org/enzyme/ ExPASy enzyme]: fornisce il collegamento da un determinato enzima alle informazioni a esso correlate nel database [[Swiss-Prot]].
 
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[[hu:Enzim]]
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[[io:Enzimo]]
[[is:Ensím]]
[[ja:酵素]]
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[[ko:효소]]
[[ksh:Enzym]]
[[la:Enzymum]]
[[lt:Fermentas]]
[[mk:Ензим]]
[[ms:Enzim]]
[[nl:Enzym]]
[[nn:Enzym]]
[[no:Enzym]]
[[oc:Enzim]]
[[pl:Enzymy]]
[[pt:Enzima]]
[[ro:Enzimă]]
[[ru:Ферменты]]
[[simple:Enzyme]]
[[sk:Enzým]]
[[sl:Encim]]
[[sr:Ензим]]
[[su:Énzim]]
[[sv:Enzym]]
[[ta:நொதியம்]]
[[th:เอนไซม์]]
[[tr:Enzim]]
[[uk:Ферменти]]
[[vi:Enzyme]]
[[yi:ענזיים]]
[[zh:酶]]
[[zh-min-nan:Kàⁿ-sò͘]]