Brainiac è un avversario molto arduo da sconfiggere perché il suo corpo è virtualmente indistruttibile e anche se distrutto viene continuamente ricostruito, e possiede una forza sovrumana in grado di competere con Superman. Possiede una grande nave spaziale che può controllare come se fosse un'estensione di sé e ha un livello di intelligenza pari a 12, estremamente superiore alla maggior parte deidegli uomini geniali sulla Terra, che gli conferisce abilità di calcolo super umane, una memoria stupefacente e un'eccezionale conoscenza tecnica. Tra le sue invenzioni più straordinarie vi sono un campo di forza in grado di respingere ogni attacco e un raggio in grado di rimpicciolire intere città. Gli ampi poteri psionici e telepatici di Brainiac gli permettono di leggere le menti e i ricordi degli altri, avvertire le emozioni e le sensazioni di chi lo circonda, manipolare le menti degli altri, deviare le loro menti per rendersi invisibile, creare illusioni mentali potenti, causare la perdita di particolari ricordi o amnesia totale, e indurre dolore o temporanea paralisi mentale e/o fisica in altri. Egli è in grado di percepire i pensieri degli altri o proiettare i propri pensieri in un raggio di circa 250 miglia (400 chilometri). Può anche telepaticamente togliere o modificare le funzioni di controllo naturali delle persone, del corpo e dei sensi, come la vista, l'udito, l'olfatto, il gusto, o anche i poteri dei metaumani. Un effetto secondario della sua telepatia è che è dotato di una memoria eidetica. Brainiac può proiettare la sua forma astrale in una dimensione psichica chiamata "piano astrale". Qui può creare oggetti, controllare i suoi dintorni e controllare e distruggere le forme astrali di altri. Non può però proiettare tale forma astrale su lunghe distanze.
