Il castello fu costruito dal religioso anglicano [[John Carswell]], che fu rettore di [[Kilmartin]], [[Cancelliere (ecclesiastico)|cancelliere]] della cappella reale di [[Stirling]] e più tardi [[Vescovo delle Isole]] (''Bishop of the Isles''), una carica religiosa con giurisdizione sulle [[Ebridi]] e sull'[[isola di Man]]. Carswell fu autore del primo libro a stampa scritto in [[Gaelico scozzese]], una traduzione dell'opera di [[John Knox]] ''[[Book of Common Order]]''.<ref>{{cita web|cognome1=McCaulay|nome1=Murdo|titolo=Religious History of Lewis|url=http://www.alastairmcintosh.com/islandspirituality/1980-Murdo-Macaulay-Religious-History-Lewis.pdf|website=www.alastairmcintosh.com|accesso=13 dicembre 2017|lingua = en}}</ref> I lavori di costruzione iniziarono nel 1565 ad opera di muratori che provenivano da Stirling.
Alla morte di Carswell, avvenuta nel 1572, il castello passò al conte di Argyll e venne poi venduto nel 1643 a Sir Dugald Campbell, 3rdterzo [[Campbell''Baronetto baronets#Campbell of Auchinbreck|Baronet ofdi [[Auchinbreck]]. HisIl successorsuo successore, Duncan Campbell, wasfu oneuna ofdelle thepoche fewpersonalità todel activelytempo supportche [[appoggiarono attivamente la ribellione dell'Argyll (''Argyll's Rising]]''), againstuna Jamessollevazione VIIavvenuta innel 1685 contro [['Giacomo II d'Inghilterra]].<ref>{{cita pubblicazione|last1cognome1=Kennedy|first1nome1=Allan|titolo=Rebellion, Government and the Scottish Response to Argyll's Rising of 1685|giornale=Journal of Scottish Historical Studies,|data=aprile 2016|volume=36|numero=1|pp=44|url=http://www.euppublishing.com/doi/abs/10.3366/jshs.2016.0167}}</ref> The Atholl Raid that followed the failure of the Rising devastated large parts of Argyllshire; despite recovering his estates in 1689, Duncan Campbell was financially ruined. In 1690, he petitioned Parliament claiming Maclean clansmen burnt Carnasserie Castle, stole 2,000 cattle and murdered his uncle Alexander Campbell of Strondour.<ref>{{cita libro |titolo=The New Statistical Account of Scotland, Volume VII|date=1845|publisher=Nabu Press|isbn=1276718632|page=545|edition=2012}}</ref> Although the outer walls remain largely undamaged, Carnasserie was never rebuilt and the Auchinbrecks eventually went bankrupt. In the 19th century the estate was sold to the [[Malcolms of Poltalloch]], who also own nearby [[Duntrune Castle]]. Today the castle and its surroundings are protected as a [[scheduled monument]].<ref name=schedule>{{cita web |url=http://portal.historicenvironment.scot/designation/SM90061 |titolo=Carnasserie Castle, castle, garden, enclosure and cup-marked stone. SM90061 |publisher=Historic Environment Scotland |accessdate=15 March 2017}}</ref> The castle is in the care of [[Historic Environment Scotland]] and is open to the public.<ref>{{cita web |url=https://www.historicenvironment.scot/visit-a-place/places/carnasserie-castle/ |titolo=Carnasserie Castle |publisher=Historic Environment Scotland |accessdate=15 March 2017}}</ref>