La situazione peggiorò ulteriormente dopo la nomina di [[Reinhard Heydrich]] a vice-protettore di Boemia e Moravia. Molti amici e colleghi di Hácha vennero arrestati (tra cui il premier [[Alois Eliáš]]).
Il 913 maggio [[1945]], dopo che le truppe sovietiche ebbero occupato la Cecoslovacchia, Hácha venne arrestato e trasferito innel unacarcere di Pankrác prigione ospedale, dove morì il 27 giugno in circostanze misteriose. <ref name=Snyder134>Louis L. Snyder, ''Hácha, Emil'' in ''Encyclopedia of the Third Reich'', McGraw-Hill, 1976, p. 134 ISBN 0070595259.</ref><ref name=hacha>{{en}} [http://www.hrad.cz/en/president-of-the-cr/former-presidents/emil-hacha.shtml Emil Hacha], hrad.cz</ref>. Fu sepolto in una tomba del cimitero di Vinohrady in cui non poté essere inciso il suo nome, che fu apposto solo in seguito.<ref name=hacha/>
