Amplified fragment length polymorphism: differenze tra le versioni

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La '''AFLP-PCR''' o semplicemente '''AFLP''' è un'analisi basata sulla [[Reazione a catena della polimerasi|PCR]] utilizzata in [[genetica]], per il [[DNA fingerprint]]ing, ed in [[Ingegneria genetica]].

È un metodo estremamente sensibile per individuare [[Polimorfismo (biologia)|polimorfismi]] a livello del [[DNA]], descritto per la prima volta da Vos et al. nel 1993.<ref>Zabeau, M and P. Vos. 1993. Selective restriction fragment amplification: a general method for DNA fingerprinting. European Patent Office, publication 0 534 858 A1, bulletin 93/13.</ref><ref name=autogenerato1>{{Cita pubblicazione |autore=Vos P, Hogers R, Bleeker M, ''et al.'' |titolo=AFLP: a new technique for DNA fingerprinting |rivista=Nucleic Acids Res. |volume=23 |numero=21 |pagine=4407–14 |anno=1995 |mese=novembre|id=PMID 7501463 |pmc=307397 |url=httphttps://nar.oxfordjournals.org/cgi/pmidlookup?view=long&pmid=7501463 |doi=10.1093/nar/23.21.4407}}</ref> La procedura è divisa in tre passaggi:<ref>{{cita web |url=http://www.keygene.com/keygene/techs-apps/FLASH3.php |titolo=Copia archiviata |accesso=16 marzo 2013 |urlmorto=sì |urlarchivio=https://web.archive.org/web/20081221174501/http://www.keygene.com/keygene/techs-apps/FLASH3.php |dataarchivio=21 dicembre 2008 }}</ref>

# Digestione del DNA cellulare totale con uno o più [[Enzimi di restrizione]] e legame delle [[Enzimi di restrizione|semi-sequenze di restrizione]] presenti sui frammenti a specifici ''adattori'' (frammenti a sequenza conosciuta);

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La tecnologia AFLP è stata usata in test di paternità e per analisi forensi, nonché per determinare sottili differenze tra popolazioni, ed in studi di [[Geni associati|linkage]] al fine di generare mappe per l'analisi dei [[Tratto quantitativo|Tratti quantitativi]].

Esistono numerosi vantaggi nell'usare l'AFLP piuttosto che altre metodiche di [[Marcatori genetici|marcatura]] come ad esempio [[RAPD]], [[RFLP]], e [[microsatelliti]]. L'AFLP non solo è caratterizzata da maggiore riproducibilità, risoluzione e sensibilità a livello genomico rispetto alle tecniche citate,<ref>{{Cita pubblicazione |autore=Mueller UG, Wolfenbarger LL |titolo=AFLP genotyping and fingerprinting |rivista=Trends Ecol. Evol. (Amst.) |volume=14 |numero=10 |pagine=389–394 |anno=1999 |mese=ottobre|id=PMID 10481200 |url=httphttps://linkinghub.elsevier.com/retrieve/pii/S0169534799016596 |doi=10.1016/S0169-5347(99)01659-6}}</ref> ma ha anche la capacità di amplificare un elevato numero di frammenti simultaneamente. Inoltre, non è necessaria per l'amplificazione alcuna informazione preventiva sulla natura della sequenza.<ref>{{Cita pubblicazione |autore=Meudt HM, Clarke AC |titolo=Almost forgotten or latest practice? AFLP applications, analyses and advances |rivista=Trends Plant Sci. |volume=12 |numero=3 |pagine=106–17 |anno=2007 |mese=marzo|id=PMID 17303467 |doi=10.1016/j.tplants.2007.02.001 }}</ref> Per questo, l'AFLP è diventata estremamente vantaggiosa nello studio di quei taxa per i quali le informazioni relative al genoma sono limitate, come batteri, funghi e piante.

La tecnologia AFLP è sottoposta a brevetti e applicazioni di brevetti da parte di Keygene N.V.

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Software gratuito per l'analisi di dati AFLP

*[httphttps://sourceforge.net/projects/genographer/ SourceForge] '''''Genographer''''' Free software for manual scoring (Java application)

*[httphttps://sourceforge.net/projects/rawgeno/ SourceForge] '''''RawGeno''''' Free automated scoring (R CRAN environment, including a user-friendly GUI)

Programmi online per la simulazione di AFLP-PCR