Sono presenti diciasettediciassette fazioni con cui si può giocare in ''Cossacks: European Wars'', più altre che si aggiungono con le espansioni. Ogni fazione ha una o più unità speciali e uniche che la caratterizzano. Inoltre, le diverse fazioni hanno anche diversi ''alberi tecnologici'' con cui si possono evolvere, e quindi possono svolgere determinate ricerche per migliorare le loro unità. Questo rende le fazioni molto diverse fra loro, con i loro vantaggi e svantaggi. In generale le fazioni europee sono fra loro molto simili, ad eccezione dell'Ucraina, che presenta alcune differenze fondamentali, mentre la Turchia ed l'Algeria sono invece molto più diverse dalle altre fazioni, in quanto appartenenti a continenti diversi.
