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== Trama ==
All'inizioSei delmesi giocodopo la missione su Aether, [[Samus Aran]] viene contattata dall'Ammiraglio Dane, un ufficiale della Federazione Galattica, capitano della nave spaziale ''G.F.S. Olympus'' con un passato simile a quello della cacciatrice (entrambi rimasti orfani per un attacco dei Pirati Spaziali), per un briefing dove incontrerà altri tre cacciatori di taglie [[Rundas]], [[Ghor]] e [[Gandrayda]]. Durante il briefing, l'Ammiraglio Dane spiegherà ai cacciatori dell'esistenza di super computer organici usati dalla Federazione, detti Unità Aurora, che hanno la forma di un cervello umano ma di dimensione decisamente più grande.
Dirà loro che tutte le UA, con l'eccezione della numero 313 che è stata rubata dai Pirati e dalla 242 a bordo della G.F.S. Olympus, sono state contaminate da un virus ed è necessario somministrare un antidoto. Improvvisamente, la G.F.S. Olympus e Norion, il pianeta attorno al quale orbitava la nave, vengono attaccate dai Pirati, che hanno disattivato i sistemi difensivi del pianeta, proprio prima che un [[meteorite]] apparisse dal nulla in rotta di collisione verso Norion. Il compito dei cacciatori è quello di riattivare i generatori e riattivare i sistemi di difesa prima dell'impatto.
Poco prima di riattivarli, arriva Samus Oscura che con un attacco basato sul Phazon stordisce i cacciatori presenti facendoli cadere in coma, ma Samus riesce a riattivare i sistemi di difesa poco prima di svenire.
Al suo risveglio dal coma, avvenuto un mese dopo, Samus scopre che quel [[meteorite]] è un [[Leviatano]], cioè un seme per il Phazon come quelli che si sono schiantati su Tallon IV e Aether. Altri 2 Leaviatani si sono schiantati su altrettanti pianeti: Bryyo ed Elysia.
Inoltre grazie all'attacco di Samus Oscura, i cacciatori sono stati contaminati dal Phazon, ma non sono in stato di pericolo. Ora hanno però la capacità di generare phazonPhazon spontaneamente, questo ha portato la Federazione ad equipaggiarli con il Dispositivo di Potenziamento al Phazon, un accessorio che permette di sfruttare l'energia del phazonPhazon per potenziare i sistemi offensivi e difensivi della tuta, già equipaggiamento di alcuni soldati, ed entrare in uno stato di [[Metroid Prime 3: Corruption#Iperfase|Iperfase]].
Gli altri cacciatori si sono rimessi due settimane prima di Samus e inviati su varisui pianeti ad indagare, ma da una settimana non hanno dato più notizie. In seguito, Samus scopriràtrova Rundas su Bryyo, Ghor su Elysia e Gandrayda nel Pianeta dei Pirati Spaziali, scoprendo che dopo la contaminazione, non sono più in grado di controllarsi e sono diventati degli alleati di Samus Oscura, costringendola a ucciderli, mentre Samus Oscura assorbe i loro resti. AAll'interno dei Leviatani dei vari pianeti, Samus spetteràsconfigge i guardiani, tra cui un Ridley potenziato dal Phazon, Ridley Omega, ma nel processo il compitolivello di utilizzarePhazon inel suoisuo nuovicorpo poteriaumenta, perdal salvare10% dallainiziale contaminazioneal i25% diversidopo Pianetila suidistruzione qualidel siSeme sonodi schiantatiBryyo, ial Leviatani50% edopo la distruzione del seme di Elysia fino al 75% dopo la sconfitta di Ridley Omega, infinerendendola pian piano sempre più contaminata dal Phazon. Rubando una Nave-Leviatano, distruggereSamus apre un passaggio per Phaaze, il pianeta dal quale hahanno origine il Phazon e tutti i Leviatani, e dove Samus Oscura passò i mesi ad assorbire il Phazon e riformarsi. Tuttavia, la superficie del pianeta fatto completamente di Phazon mette Samus in condizioni critiche, con la contaminazione da Phazon a livelli così alti che la sua navetta non la può più nemmeno riconoscere. Nonostante il rischio di soccombere alla contaminazione totale, Samus riesce a resistere, affronta Samus Oscura e la sconfigge definitivamente nonostante si sia fusa con l'Unità Aurora 313. La sua sconfitta causa l'autodistruzione del pianeta Phaaze e tutto il Phazon nell'universo scompare, mentre Samus, ormai sopravvissuta e libera dalla contaminazione annuncia il successo della missione.
Se si completa il gioco al 75%, si vedrà un video nel quale si vede Samus che si riposa finalmente senza tuta nel pianeta ElisyaElysia, riflettendo sui suoi compagni cacciatori che lei stessa aveva dovuto uccidere, per poi rientrare nella sua navetta e andare nello spazio; ma è a quel punto (quest'ultima scena si sblocca con il completamento al 100%) che si vede una navetta verde sospetta, probabilmente di Sylux, che la segue. Tempo dopo gli eventi del gioco, Samus viene poi inviata sul pianeta natale dei Metroid, SR-388 ([[Metroid II: Return of Samus]])
== Modalità di gioco ==
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