C6 è un progetto originario del sito Atlantide.it, allora chiamato C6 Multichat. È nato nel 19991998, quando aveva una grafica pressoché "rudimentale" e non si serviva della [[C6 Messenger#Accesso|Chiave Unica]], ma solo di un nick che era scelto dalla persona durante la registrazione e di una password. Il funzionamento è rimasto pressoché invariato, poiché C6 utilizza gli script di [[Internet Explorer]] per funzionare, ad esclusione delle modifiche e delle funzioni aggiunte nel 2004 in seguito al rinnovamento di C6 Messenger. Atlantide.it è stato quasi da subito ceduto a [[Telecom Italia]] che l'ha trasformato nell'attuale C6 Messenger.