I Wari' furono menzionati per la prima volta dal colonnello Ricardo France nel 1798, e localizzati lungo le coste del fiume Pacaas Novos. Verso la fine del XIX secolo, i Wari' occupavano le regioni amazzoniche sud-ovest del fiume Lage, l'affluente della riva destra del fiume Mamoré, i bacini del fiume Ouro Preto, le baie di Gruta e Santo André e il fiume Negro. Tutti questi fiumi sono affluenti del corso inferiore e medio della riva destra del fiume Pacaas Novos. Inoltre, occupavano anche le regioni dei fiumi Ribeirão e Formoso. In questo periodo, parte della popolazione migrò verso i fiumi Dois Irmãos e Novo, affluenti della riva sinistra del Pacaas Novos.<ref name=":0" /> Nonostante furono avvisati, rimasero in isolamento per quasi un altro secolo, probabilmente a causa delle difficoltà nel raggiungere le aree dove erano stanziati, o perché non c'erano forti interessi economici che potevano spingere a colonizzare quella regione.
Tutto ciò cambiò nellenei primeprimi decadidecenni del XX secolo, con la scoperta del processo di [[vulcanizzazione della gomma]] e l'invasione delle terre da parte di raccoglitori di lattice, che si fiondarono verso la foresta in cerca di materia prima. Per favorire l'estrazione e il commercio dei materiali fu iniziata la costruzione di una ferrovia che avrebbe collegato il [[Madeira (fiume)|fiume Madeira]] a [[Guajará-Mirim]], dove il lattice estratto sarebbe stato trasportato a [[Manaus]]. Nel 1919 fu registrato il primo scontro documentato fra alcuni membri della tribù e i lavoratori della ferrovia, che riuscirono ad avere la meglio, rapendo alcuni indios e portandoli con sé in città per mostrarli alla popolazione. I Wari' quindi si trasferirono alle foci dei fiumi, aree difficili da raggiungere per gli invasori. Nel 1912 però, dato che la produzione di lattice malesiano si stava imponendo a livello mondiale, l'interesse per il lattice amazzonico calò visibilmente, provocando l'allontanamento dei lavoratori dall'area. Gli indigeni riuscirono quindi a ritornare in alcuni villaggi prima abbandonati. Decenni più tardi furono "pacificati" dall'opera di missionari e agenti del SPI (Serviço de Proteção ao Índio, il Servizio di Protezione Indigena, l'antenato del Funai). La pacificazione avvenne alla fine degli anni cinquanta e l'inizio degli anni sessanta. Ridotti a circa metà della popolazione a causa di epidemie, i Wari' si trasferirono negli insediamenti della SPI nel giro di pochi anni.<ref name=":0" />
