Carboni salì alla ribalta del mondo finanziario e immobiliare negli anni '70. Ha intrattenuto rapporti con personaggi controversi quali l'[[agente segreto]] [[Francesco Pazienza]], il capo della [[P2]] [[Licio Gelli]], il boss mafioso [[Pippo Calò]], l'ex gran maestro del [[Grande Oriente d'Italia]], [[Armando Corona]], nonché l'allora imprenditore [[Silvio Berlusconi]], di cui è stato socio in affari per il progetto "Costa Turchese", noto anche come "Olbia 2".<ref>Il Sole 24 Ore [http://www.ilsole24ore.com/art/notizie/2010-07-08/dalla-contatti-mafia-tante-171709.shtml].</ref> Secondo il collaboratore di giustizia [[Francesco Marino Mannoia]], Flavio Carboni e [[Licio Gelli]] si erano occupati di numerosi investimenti di [[riciclaggio di denaro sporco|denaro sporco]] per conto di [[Pippo Calò]], che curava gli interessi finanziari del [[clan dei Corleonesi]]<ref>[http://ricerca.repubblica.it/repubblica/archivio/repubblica/1992/04/18/calvi-storia-di-banche-di-cosche.html?ref=search CALVI, STORIA DI BANCHE E DI COSCHE - la Repubblica.it<!-- Titolo generato automaticamente -->]</ref>. [[Antonio Mancini (criminale)|Antonio Mancini]], esponente della [[banda della Magliana]] divenuto collaboratore di giustizia, dichiarò che Carboni costituiva «un anello di raccordo tra la [[banda della Magliana]], la [[mafia]] di [[Pippo Calò]] e gli esponenti della loggia [[P2]] di [[Licio Gelli]]»<ref>{{Cita news|url=http://www.philipwillan.com/images/calvi%5B1%5D.pdf|titolo=Motivazione della sentenza per il processo per l'omicidio di Roberto Calvi - Tribunale di Roma|urlmorto=sì|urlarchivio=https://web.archive.org/web/20081120230851/http://www.philipwillan.com/images/calvi%5B1%5D.pdf|dataarchivio=20 novembre 2008}}</ref>.
A partire dal [[1982]] Carboni subì numerosi arresti, scontando brevi periodi di detenzione e venendo imputato di numerosi crimini.
