Dal 1986 al 2002 diventa un allenatore di scuola federale, allenando le rappresentative nazionali francesi, ad eccezione di un breve periodo nel 1997, quando allenerà il Lens.
Dopo esseressere stato per dieci anni selezionatore della rappresentativa militare, diventa il vice di [[Aimé Jacquet]] in nazionale, succedendogliper poi succedergli in panchina dopo iil vittoriosivittorioso [[Campionato mondiale di calcio 1998|Mondialicampionato del mondo del 1998]].<ref>{{cita news|url=http://archiviostorico.gazzetta.it/1998/luglio/28/Francia_vince_continuita_Lemerre_erede_ga_0_980728982.shtml|titolo=Francia, vince la continuità|pubblicazione=[[La Gazzetta dello Sport]]|data=28 luglio 1998}}</ref> Sotto la sua gestione conducecondusse i transalpini a vincere il titolo europeo nel [[Campionato europeo di calcio 2000|2000]] — sconfiggendo l'[[Nazionale di calcio dell'Italia|Italia]] al [[golden goal]] —<ref>{{cita web|url=https://www.repubblica.it/online/camp_europeo/finale/finale/finale.html|titolo=La beffa più amara, k.o. al golden gol|autore=Giancarlo Mola|data=3 luglio 2000}}</ref> e la [[FIFA Confederations Cup 2001|Confederations Cup 2001]], ainella dannifinale delcontro il [[Nazionale di calcio del Giappone|Giappone]].<ref>{{cita news|url=https://ricerca.repubblica.it/repubblica/archivio/repubblica/2001/10/08/la-francia-al-centro-del-calcio-quanti.html|titolo=La Francia al centro del calcio|autore=Giuseppe Smorto|pubblicazione=[[la Repubblica (quotidiano)|la Repubblica]]|data=8 ottobre 2001|p=42}}</ref>
Nell'estate del 2002, in seguito al flop francese nel [[Campionato mondiale di calcio 2002|Mondiale nippo-coreano]] (con l'uscitauna clamorosa eliminazione al primo turno), vienevenne esonerato e sostituito da [[Jacques Santini]].<ref>{{cita web|url=http://news.bbc.co.uk/sport3/worldcup2002/hi/team_pages/france/newsid_2097000/2097020.stm|titolo=Lemerre sacked as France coach|data=5 luglio 2002|lingua=inglese}}</ref>
