La sicurezza è intrinseca nel prodotto. Lotus Notes è stato il primo prodotto a larga distribuzione ad implementare la [[crittografia a chiave pubblica]] per l'autenticazione fra client e server e fra server e server e per la crittazione dei dati e rimane la più grossa infrastruttura di crittografia al mondo in termini di numero di utenti installati. Prima delle modifiche legislative avvenute negli Stati Uniti nel 2000 riguardo all'esportazione di tecnologie crittografiche, alla Lotus era stata proibita l'esportazione all'esterno degli Stati Uniti di versioni di Notes che supportassero la crittografia simmetrica con chiavi di dimensioni superiori ai 40 bit. Attualmente Lotus Notes supporta [[infrastruttura a chiave pubblica|PKI]] con chiavi simmetriche a 128 e chiavi pubbliche a 1024 bit (4096 con la R7). Il server Domino include strumenti [[S/MIME]], il supporto agli standard [[Transport Layer Security|SSL]] 3.0, [[X.509]] ed una completa gestione integrata per l'implementazione di una [[Autorità di Certificazione]].
