Tale condizione patologica è, nella maggior parte dei casi, dovuta ada una delezione in 15q11-q13, nel cromosoma materno, ovvero ove risiedono i geni non imprintati coinvolti nella Angelman (discorso valido anche per la [[Sindrome di Prader-Willi]], che condivide con questa patologia la medesima delezione, ma sul cromosoma di origine paterno<ref>{{Cita web|url=https://www.nature.com/scitable/topicpage/imprinting-and-genetic-disease-angelman-prader-willi-923|titolo=Imprinting and Genetic Disease: Angelman, Prader-Willi and Beckwith-Weidemann Syndromes {{!}} Learn Science at Scitable|sito=www.nature.com|lingua=en|accesso=17 gennaio 2018}}</ref>).
In una percentuale inferiore di pazienti (circa il 30%) si riscontra [[Anomalia genomica#Disomia|disomia]] uniparentale del [[cromosoma 15]], ovvero quel fenomeno per il quale la coppia di cromosomi (in questo caso la 15) presente nella prole non è composta da un omologo paterno ede uno materno, bensì da due copie provenienti dallo stesso genitore (in questo caso il padre).
Diversamente dalla più comune delezione 15q11-q13, nella [[Sindromesindrome di Prader-Willi]] riscontriamo una [[Anomalia genomica#Disomia|disomia]] uniparentale materna del [[cromosoma 15]], e solo nel 3-5% dei pazienti.
Pertanto mentre nella sindrome di Prader-Willi è il cromosoma 15 materno ada essere presente in duplice copia, nella sindrome di Angelman abbiamo una duplice copia del cromosoma paterno, venendo a mancare il contributo genetico materno<ref>{{Cita web|url=http://www.ambulatorio.com/malattia/sindrome_di_angelman/1161/1.htm|sito=www.ambulatorio.com}}</ref>.
