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Nel territorio delle Colline delle Cerbaie si ha una grande biodiversità zoologica grazie all'alternarsi di aree collinari di latifoglie e aghifoglie, prati e pascoli, vallini umidi ed ombrosi con zone antropizzate, biotopi ed ecosistemi ben definiti, contigui e in relazione tra loro. Gli assetti e la composizione dei boschi hanno subito modificazioni, soprattutto con l'introduzione di nuove specie arboree quali la robinia. Benché tali trasformazioni a carico degli ecosistemi naturali siano avvenuti nel corso di secoli, esse hanno influito sulla composizione della popolazione animale. La documentazione relativa a questo territorio (gli Statuti comunali di Santa Maria a Monte e Fucecchio) ne fornisce alcune evidenze, come la maggiore presenza della selvaggina stanziale (il cervo e il capriolo, attualmente quasi scomparsi allo stato libero) e quella di mammiferi predatori come i lupi. Questi ultimi erano considerati nocivi per il bestiame allevato e quindi ne era incoraggiata la caccia. Numerosi toponimi ancora oggi ricordano la presenza del lupo, rimasto sulle Cerbaie sino al 1651, quando risulta sia stato catturato l'ultimo esemplare presso la cosiddetta "Fonte del Lupo".
Tra i Molluschi ben note sono le chiocciole dei boschi (''[[Cepaea nemoralis]]'') e le lumache rosse o "limacce" (''[[Arion rufus]]'') che si nutrono di funghi, vegetali e di resti di piccoli animali. Nella lettiera di foglie e nel sottostante strato di humus vive un gran numero di piccoli organismi decompositori e detritivori: lombrichi, vermi nematodi, onischi (''[[Oniscus asellus]]'') e piccoli predatori quali opilioni o illitobio (''[[Lithobius forflcatus]]'').
Al di sopra della lettiera di foglie morte si trovano gli insetti fitofagi e xilofagi, tra cui gli scolitidi (''Scolytus sp.'', ''[[Tomicus destruens]]'') e i cerambici (''[[Cerambix cerdo]]'').
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