Figlio di un amministratore immobiliare, terminò la sua carriera liceale ad Amberg. Iniziò quindi a studiare legge all'Università di Monaco, che abbandonò dopo un semestre. A causa della sua inclinazione, Faltlhauser passò alla facoltà di medicina e studiò per due anni a Monaco di Baviera. Nel 1899 si trasferì all'Università di Erlangen. La sua attenzione era sulle malattie nervose. Dopo aver completato gli studi, Faltlhauser divenne dapprima assistente medico eed infine, dal febbraio 1904, assistente medicotirocinante presso l'ospedale psichiatrico distrettuale di Erlangen. Faltlhauser completò il suo dottorato presso l'Università di Erlangen e la sua tesi fu pubblicata nel 1906. Come volontario di un anno, fecesvolse il servizio militare nel 1899/1900 e nel 1903/04.<ref name="KrArch">jeweils ein halbes Jahr; 1900 als Sanitätsgefreiter der Reserve, 1904 als Unterarzt der Reserve entlassen. Vgl. [[Bayerisches Kriegsarchiv|Bayerisches Hauptstaatsarchiv IV]]; digitalisierte Kopie (Kriegsrangliste 3279, Bild 455) bei ancestry.com, abgerufen am 29. Juli 2019</ref> Dall'ottobre 1914 alla metà di giugno 1918, Faltlhauser partecipò alla [[prima guerra mondiale]] come ufficiale medico nella riserva<ref name="KrArch" /> e come medico di reggimento nel reggimento di20 della fanteria di riserva bavarese 20.<ref name="Plötzl385f.">Ulrich Pötzl: ''Dr. Valentin Faltlhauser – Reformpsychiatrie, Erbbiologie und Lebensvernichtung'', in: [[Michael von Cranach]], Hans-Ludwig Siemen (Hrsg.): ''Psychiatrie im Nationalsozialismus – Die Bayerischen Heil- und Pflegeanstalten zwischen 1933 und 1945'', München 1999, S. 385f.</ref><ref>[[Bayerisches Kriegsarchiv]], Kriegsrangliste Nr. 3279</ref>
